官員的能量，自然比舉人的能量大，不僅要求徹查考官，還請旨探探調查小組十二人的底。后來，調查小組張信狀告主考劉三吾和副主考白蹈信，以“陋卷進呈”，以致調查小組沒查出問題。
朱元璋大怒，在沒有證據的情況下，將劉三吾、白蹈信等處理了，理由不是科考出了問題，而是他們都是“藍玉余黨”，并說劉三吾十幾年前為胡惟庸說過話，這就是同情反賊的反賊，于是，劉三吾等考官被發配了。
至于打小報告的張信，也因“辦事不利”被凌遲了，調查小組十二人中，只有兩個人幸免于難，原因是這兩個人復核之后，認為可以增補北方士子
人處理完了，朱元璋親自問策，這一次很干脆利索，選了六十一個人，全系北方人，一個南方人也沒有。
南北榜爭是一個極為復雜的問題，楊士奇說服朱允炆早日施行“主、副課業兩卷”之策的理由之一，便是避免新的南北榜爭。
楊士奇是一個聰明人，他清楚一旦國子監革新取得成效，南北榜爭便會演變為國子監與州府縣學之爭，若國子監一家獨大，那惹出來的麻煩，未必比南北榜爭小。
朱允炆調查過南北榜爭，得出的結論，這是一個冤案，徹頭徹尾的冤案。
理由很多，比如劉三吾不可能科場舞弊，因為這位爺當時主持科考的時候，已經八十五歲高齡了，沒錯，就是一老不死的正值之人。
史書稱其“至臨大節，屹乎不可奇”。
對于一個沒幾年活頭的老人來說，舞弊圖啥去沒利益可言啊，總不會是希望多結交幾個朋友，到時候奔喪用吧
再比如劉三吾等牽涉藍玉、胡惟庸案，這明顯是朱元璋找不到黑鍋，隨手就扣了一個過去，畢竟這兩個黑鍋威力大，覆蓋廣，什么時候想用，都能扣住人。
最讓朱允炆相信這是一個偶然事件的，還是數據，統計洪武朝中所有進士籍貫，屬于南方籍的達百分之七十一，而越是在洪武后期，這個比例越高。
出來一次百分之百南方人中第，在概率學上并不突兀。
然而南北榜爭雖然是偶發引起的冤獄，但朱元璋絕不能允許這樣的偶發出現，就如朱允炆現在，不能允許國子監與州府縣學對立。
朱元璋不能不處置，是因為他必須考慮南北對立、地域矛盾的問題，哪怕是沒有理由，也必須給北方人一個交代，同時借機打壓江南抬頭的地主勢力。
否則人心的分裂，遠比地域的分裂更可怕。
但需要說明一點的是，朱元璋雖然解決了南北榜爭案，卻沒有解決根本問題，他沒有考慮，也沒力氣考慮以后再出現這種情況如何是好。
歷史上，解決南北榜爭矛盾的是楊士奇，他在朱棣的兒子朱高熾當皇帝的時候，提出“南北分卷”。
朱允炆不打算搞什么南北分卷，這個政策雖然看似不錯，卻會帶來更厲害的“老鄉關系”，朝臣拉幫結派的后遺癥太厲害。
對于朱允炆而言，并不存在什么南北之爭的問題，原因也很簡單，就兩個字
擴招。
洪武朝一次科舉才招幾十個人，出點極端情況也算不得意外，可朱允炆一招就是三百余人，北方舉子再怎么差，也不可能沒一個人。
朱允炆不擔心南北對立與南北之爭，卻擔心教育革新能否聯動，朝廷百官反對者眾，雖也有他們的道理，但立足長遠，教育革新勢在必行。
“皇上，欽天監傳來消息，北地寒風將至，不出兩日，京師溫度將驟降。”