永歷五年五月二十二，鄭成功所部按照原定計劃進入磁灶地區。隨即，鄭成功所部明軍便開始收集糧草、稅賦，一如半個月前進攻永寧衛城和崇武千戶所城那般。
這是再正常不過的事情了，畢竟軍無糧則散。更離譜的鄭成功都做過，比如奪取廈門島后，鄭成功一度奪取了高浦寨，結果卻并非是為了占據，僅僅是把寨子的磚石都卸下來運走，最后留了一個被夷為平地的寨子給清軍。而那些被運走的磚石，則大多用在了修復五通寨以及鄭芝莞修復中左所城的用途上了。
收集物資是鄭成功所部向清軍占領區發動攻勢時幾乎必做的事情，福建這邊見識過太多次了，卻也并不新鮮。然而，新鮮與否不重要，重要的是磁灶一帶的地主們受苦了，鄭成功收集糧草時，對窮苦百姓往往會網開一面，但是這些地主家里有糧有錢的，肯給清廷交稅卻不肯給明軍納稅，這總是說不過去的吧。
這邊鄭成功開始收集糧草和賦稅，那邊地主們便派了人去向清軍求援，以求減免損失。數日后，漳州總兵王進率一千騎兵、兩千步兵抵達，便與明軍對峙于此。
原本的漳州總兵王邦俊已經死在了盤陀嶺，清廷以王進為總兵官，也是看上了永歷元年的泉州之戰，王進為泉州清軍解圍時的表現。奈何這位王老虎接下的卻是個爛攤子，王邦俊被殺，近兩千漳州清軍失蹤于盤陀嶺，被殺、被俘，他們連個大概的數字也無，唯有重建。而他的對手，也不再是當年的那個初出茅廬的鄭成功了，而是如今鄭氏集團的新首領，帶甲不下兩萬的國姓爺。
按照原定計劃，鄭成功以戎旗鎮埋伏于磁灶山坑南，以援剿右鎮埋伏于磁灶山坑北，以左先鋒鎮和援剿左鎮埋伏于磁灶社內，另遣親丁鎮、前鋒鎮、右沖鎮三鎮誘敵。
鎮守漳州府總兵官一職，前后二人皆是姓王。奈何，歷史上的王邦俊先是在盤陀嶺之戰大敗明軍，陣斬柯宸樞，全殲中沖鎮，隨后在第二年又順利的為潮州解圍，逼得鄭成功不得不重新下海，對鄭成功心存不屑，才會誤入包圍圈。而今時今日的王進，雖然也曾為泉州解圍，奈何他一不是王邦俊，二來鄭成功這幾年發展比之歷史上要順遂太多，前不久的馬得功、黃澍不說，就連王邦俊的腦袋都已經用來妝點福建明軍的功勞簿了，此時此刻的他是萬萬不敢再輕敵了。
王進一邊在此保持存在，與明軍對峙，一邊派人回漳州向協守的福建左路總兵王之綱求援。王之綱本是高杰的部將，所部比之他的那些前流寇部下的戰斗力更勝一籌。王進不敢托大，便在此對峙，只可惜鄭成功從不是個不知變通的榆木疙瘩，此刻一旦發現王進不肯進入圈套，便立刻解除設伏，出動全軍向清軍發起進攻。
明軍總兵力不下八千，是清軍的兩倍有余，王進透過探馬，發現明軍的編制似乎有些奇怪，仗著騎兵數量遠勝于明軍，擇一寬闊適于騎兵發揮的所在列陣，借交鋒權作試探，結果竟被明軍輕而易舉的擊潰。
王進小挫即逃，清軍仗著騎兵數量的壓制力，不斷的利用機動能力與明軍周旋，最終帶著大半的部下逃了回去，與剛剛出城的王之綱一同縮回到了漳州府城里。
磁灶之戰，最終以明軍取勝告終，鄭成功更是擊潰了多年前恨之入骨的敵軍。唯獨有些可惜的是，王進沒有王邦俊那般驕橫，沒有進入埋伏圈，雖說同樣是戰敗了，但是損失要少上太多，丟下了一些實在救不出來的殿后部隊便逃之夭夭了。
斬獲不及預期，但終究是一場勝仗，鄭成功按照眾將及各鎮表現，以蘇茂、林勝二鎮為首功，甘輝官兵為副功，萬禮、柯鵬官兵為又副功，照中敵賞格升賞。隨即，率部返回廈門，結果剛剛回來便聽說了施瑯越獄而逃的消息，當即便是勃然大怒。
施瑯其人，雖然權謀水平，或者說是情商方面不高，但是統兵、練兵的上面還是很有一套的。除此之外，施瑯一度作為鄭成功的謀主，對于鄭氏集團以及鄭成功麾下的這支福建明軍的內情知之甚深，一旦為清軍所用，危害極其巨大。
這方面乃是其一，更重要的在于，鄭成功將看押施家父子、兄弟的任務交給了他的親信部將林習山，結果人莫名其妙的沒了。林習山對此一無所知不說，其副將吳芳的供詞之中，也多有匪夷所思之處。比如來人持鄭成功下發公文，吳芳為何沒有仔細查看；再比如行至半路，吳芳一行人被打暈，一是來人為何沒有殺他們滅口，二是他們被突然打暈，是一起被打暈的，全部都沒有反應過來，就好像是商量好的一樣，這些疑點無不是在暗示著林習山大有存在著監守自盜，派遣部將設計暗放施瑯的可能。
鄭成功盛怒之下，便要處死林習山，以儆效尤。林習山是鄭成功的老部下了，追隨多年，與眾將的關系也都不錯，此刻當即便有眾將下跪請求鄭成功收回成命。