明軍至此，張名振和張煌言便有了長期駐扎的打算，但是想要長期駐扎，且維持著這支大軍，首先便要有充足的糧草。現階段，他們的糧草幾乎都仰賴于福建的供給，南直隸的抗清義士們倒也籌集了一些，但是對比這四百多艘戰船以及數千的大軍而言，也實在是顯得杯水車薪了。
為此，張煌言決定在崇明屯田。明軍將清軍圍困在縣城后，其實際上就已經開始為此準備了，崇明產米之鄉皆在平洋山前東、西阜沙，此間皆已為明軍控制。用清廷留下的檔案中記述的那般：“筑圩耕種，近城十里之外，賊眾充斥。百姓菜色相望，饑饉難支。為我用者懨懨待斃，為賊用者欣欣向榮。”
一如在上海、在金山那般，明軍在崇明同樣得到了百姓的擁護。民心如斯，只待休整數日，大軍便再度展開了對崇明城的全面圍攻。只是這一次，一戰打下來，城池不光是沒有拿下，反倒是就連姚志卓也沒于陣了。
“這叫我如何向牧翁交代！”
“子求確是竭盡全力了，奈何所部成軍日短，尤是子求在兵敗之際尚且親身鼓舞士氣，可也無力回天了。”
姚志卓的仁武伯是魯監國冊封的，當年張煌言在四明山立寨時，姚志卓則在天目山組織義軍抗清。雙方在跟腳上差別不大，一旦相見也甚是親近，豈料只此一戰，姚志卓麾下那支剛剛組建起來的義軍就被清軍當面擊破，連帶著姚志卓被殺、張起芬被俘，他們連使以救援的機會也無。
兵敗，且折了大將。明軍士氣低落，已不能再戰。張名振眼見于此，圍城繼續，另外由著張煌言繼續在崇明組織屯田。就這么一直到了三月，憑借著南直隸的抗清人士送來的情報，張名振找準了機會，直接北上突襲揚州府東南角的呂四場得手，擊敗防守清軍，繳獲大河營守備印，就此才總算是重振了士氣。
三月初六，張名振突襲得手，借著勝利重振了大軍的士氣，到了三月二十九的時候，張名振、張煌言等再度率領水師進入長江，四月初五，上鎮江，焚小閘，至儀真，向當地鹽商所要錢糧以供大軍使用，結果鹽商合議后決定不給，張名振一怒之下便將儀真的六百多艘鹽船盡數焚毀，隨后在馬國柱慌里慌張的調兵遣將之際，重新撤回到了崇明。
這已經是張名振和張煌言第二次進入長江了，時間很短，但依舊沒有等來關于西南明軍的任何消息。
說起來，此番出兵，經濟意義遠大于戰略意義，他們這支艦隊在崇明已經呆了整整半年了，耗用糧草甚為巨大。而張煌言在崇明的屯田也不可能違背自然規律，不到夏天是絕對不可能收獲的。可是問題在于，他們手里的糧草已經撐不到那個時候了，若是能夠獲取到這批錢糧還好說，現在就只能另尋他法了。
“侯爺，我部糧草匱乏，軍士的戰斗力也遠不及國姓的本部兵馬。為今之計，還是要想要國姓求援，如此，咱們才能在南直隸造起更大的聲勢來。”
張煌言如此說來，張名振又哪里不懂。可是此番出征，他本就有著擺脫鄭氏集團控制的打算，不為別的，魯王對他有知遇之恩，光是這份恩義他自覺著就要維系住軍隊的獨立性，借此讓鄭成功這個受過隆武帝優厚待遇的“準駙馬”投鼠忌器。
奈何，鄭成功又哪里是好相與的。與他們一同南下的平夷侯周鶴芝、英義伯阮駿等將帥現在都已經徹底納入了鄭氏集團的戰斗序列，成為了鄭成功麾下能夠直接指揮的軍事將領。現如今，他們的苦苦支撐其實也是不存在任何意義的，因為糧草握在了鄭成功的手里面，不說火藥什么的全部來自于福建和廣東，只要糧船晚來些時日，他們就要面臨著大軍在饑餓中分崩離析的危險。
“先去趟溫州，買幾船糧食回來再說。”
話雖如此，可是嘆了口氣過后，張名振卻還是認同了張煌言的建議，準備順路回一趟福建，向鄭成功請求一支援軍北上，協助他們展開對南直隸的攻勢。