永歷九年四月，在定遠大將軍和碩鄭親王濟度率領大軍抵達衢州未久，清廷便任命了漢軍旗固山額真石廷柱為鎮海將軍，統領八旗軍進駐京口以加強長江的江防。
與此同時，操江巡撫李日芃也重點加強鎮江附近的長江防務，以保障南京和南北漕運暢通：在鎮江城外長江中的檀家洲近水處植木樁，水深處編木筏，環以鐵索。在檀家洲相對的長江南北兩岸和金山安置大炮。以阻截明軍西上，在江南岸自鎮江至圌山、北岸自瓜州至三江口更筑新堤，造木橋，以便軍囦隊往來巡邏。更命圌山、瓜州等四營守備，率哨船水師更番巡邏防御，以防不測。
諸多布置，無非就是為了防止二張再度殺入長江，威脅到南京和運河的安全。而這兩處，也正是張名振和張煌言三入長江以來一度取得的兩方面最大的戰果。
但是，對此駐扎崇明的明軍并沒有因此而消停下來。七月初三，長江口的吳淞海面風大浪高，張名振率艦船七百余號，乘夜色于貳更時分突襲吳淞。
時，吳淞停有清廷日用千人、費時五年剛剛造成的二百余支戰船，船上“器械糧餉畢具”。清廷原本計劃于七月初五出征，借此驅逐崇明的明軍，結果還沒來得及動手，就先行被明軍悉數繳獲，未完工者則付之一炬。
隨后，明軍再度入黃浦江，在楊家嘴地方登陸，一直攻到上海縣的東溝、鐵鏈一帶，威逼上海縣城和松江府城。清軍沿江堵御，一時猝不及防，明軍旋即退回崇明。
明軍在長江沿岸頻繁出擊，清軍往往是顧此失彼。這樣的局面，一直持續到了蘇松提督張天祿因隱瞞兵敗被革職逮京聽勘，蘇松水師總兵王璟因防范不利而被參奏罷官，清廷調來了浙江寧波副將梁化鳳來署理蘇松總兵之職，才算是告一段落。
梁化鳳，字翀天，陜西長安人。順治三年武進士。曾從阿濟格攻姜鑲，因功于順治八年借補江南蕪永營參將，素以能征善戰著稱。張天祿、王璟已是宿將，但卻實在拿明軍的優勢水師沒有太大的辦法。可是這梁化鳳一旦到任，很快就將立足于此已近兩載的明軍趕出了崇明，幾乎沒有費太大的力氣。
崇明不復，明軍在長江口就失卻了立足之地。很快的，到了九月，清廷在蘇州、常州兩府沿江復設福山、楊舍、江陰、靖江、孟河、永生諸營，并在沿江一帶增設防汛兵丁1800名。如此，江防進一步得到了鞏固，而沒有崇明作為立足點，明軍在長江也無法站住腳跟，只得退而南下返回福建。可也就在這個時候，張名振和張煌言卻得到消息，說是鄭成功又派出了一支大軍北上，前來配合他們展開對南京的攻勢。
然而，自家人知道自家事，張名振和張煌言已經在梁化鳳面前碰了壁，清廷在這期間也不斷的加強了長江的江防，再想要如去年三入長江那般深入，只怕是已經不可復制了。于是乎，在經過了簡短的交流后，從崇明南下的張名振、張煌言，以及從福建出擊的北上大軍決定將目標調整為浙江沿海的舟山群島，那一處魯監國朝曾經的行在。