如此，三天之后，永歷九年的十月二十六，舟山城城門洞開，巴成功率領這舟山協的綠營守軍盡數出城，向明軍歸降。主帥洪旭親自解開了巴成功的自縛，安撫了一番，便將這支綠營送上了前往福建的海船，他們要到了福州那里聽候鄭成功的任用。
明軍重新攻取舟山，在浙海上便有了一個立足點。這年頭兒還沒有什么永不沉沒的航空母艦的說法，但是舟山在手，浙江東部以及南直隸東南部便在明軍的打擊范圍之內，于明軍而言無異于開辟了另一處戰場，使得清軍更加疲于奔命。
舟山城易手，張名振當即便入了城，先是魯監國故宮，祭奠魯監國元妃陳氏和殉難諸臣。一時間，大學士張肯堂、禮部尚書吳鐘巒、兵部尚書李向中、工部尚書朱永祐、通政使鄭遵儉、兵科給事中董志寧、兵部職方司郎中朱養時、安洋將軍劉世勛、中鎮總兵馬泰以及他的親弟弟都督張名揚等殉國臣僚的音容笑貌恍如重現眼前，巨大的自責感涌上心頭，不禁失聲痛哭。
當年的舟山之戰，說起來失敗是源于雙方的實力差距，從實戰角度，則是在于阮進的意外殉國，導致了明軍在橫水洋一役中的失利。沒有了海上屏障，任由清軍登島，那便已經是回天乏術了。
然而，作為魯監國朝的首席武將，以及舟山之戰的戰略策劃人，張名振心中的自責已經持續了四年了。如今重入舟山城，祭奠更是最易觸動心弦，萬般情緒涌上心頭，這份自責就更加顯得沉重萬分了。
祭奠過后，張名振便趕往他曾經的府邸去找尋親人的尸骸。四年過去了，這舟山城也并非是徹底荒棄，城內早已是物是人非，哪里還輕易找得到的。可是張名振不光是執意找尋，更是將軍務都交托給了張煌言，全然是一副不找到尸骸便誓不罷休的架勢。洪旭在旁看得分明，亦是不免對張煌言囑托一二，要他勸說張名振一二。
“洪伯爺說的是，只是侯服性子倔強，現在去說只怕也是不會聽的。過兩日，我再去勸說。”
“也好。”
數萬明軍盤踞舟山，輔兵大肆興建營盤以為長久之計。這里于鄭氏集團而言，便是又一個南澳島、中左所以及香港島，自然要加以重視。
軍務上并沒有因為戰事告一段落而閑暇下來，反倒是更加忙碌了起來。張煌言還在極力維持，打算數日后借著軍務的事情再去分一分張名振的心思。可是，沒等他等到預計的時日，洪旭卻率先把他招到了那個曾經的舟山副將府，正有一個留著辮子的漢子恭恭敬敬的拜倒在地。
“我家大帥久仰國姓爺威名，請求洪伯爺代為接納。我家大帥愿獻寧波府城與王師，以顯至誠心意！”