朝會結束后，光緒帝回到書房，這時一個太監向他通報說：“陛下！李中堂大人（李鴻章）在外面侯旨見駕！”
光緒帝回答：“請他進來吧！”李鴻章在太監地攙扶下走進朝房行禮之后，光緒帝說：“給李愛卿看座！”
李鴻章說：“皇上！老臣有幾句話，可能觸怒龍顏，不知當講不當講？”
光緒帝說：“朕恕你無罪，有話但說無妨！”
李鴻章說：“皇上！依老臣之見，與日本合作之事，還須三思而后行啊！”
光緒帝皺著眉頭不悅的看著李鴻章，說：“朝會上大臣們都說過了，你怎么回事啊？”
李鴻章說：“為了大清國，我思來想去，總覺得與日本國合作不妥。因為日本人早在明朝萬歷二十年（1592年）就以朝鮮拒絕與其合作為由，發兵進攻朝鮮，六年之后在明朝軍隊和朝鮮軍隊的聯手抗擊之下宣告失敗。同治十三年（1874年）日本陸軍中將西鄉從道率領三千士兵，以護僑為名，進攻臺灣，當時同治皇帝委任老臣為欽差大臣，負責與日方談判，最后此事以大清賠款日本五十萬兩白銀而宣告結束。光緒二十年（1894年），日軍以護僑為名出兵朝鮮，進而入侵我國，如果不是唐峰率軍增兵旅順，我軍很難取勝。綜上所述，日軍多次進攻我國，意在占據我清國土地，奪取資源，通過條約獲得特權。所以這次他們提出主動出兵幫助我國平定叛亂，實為黃鼠狼給雞拜年，沒安好心。老臣所說皆肺腑之言，望陛下三思啊！”
光緒帝聽后說：“愛卿可能有些杞人憂天了，不過你放心，朕會慎重考慮你的意見，你先回去吧！”
李鴻章說：“老臣告退！”
看著李鴻章蒼老的背影，皇上點點頭，自言自語的說：“忠心耿耿的老臣啊！”
李鴻章的話讓光緒帝腦海里久久不能平靜，覺得在這個事情上進退兩難，讓日本人來幫助平叛唐峰的部隊，可能造成引狼入室。不讓日本人來幫助，清國可能被唐峰的雷霆縱隊推翻，總而言之，不管怎么著，幾百年的大清國，都可能要不保了！”
皇上派人把負責對日談判的恭親王奕?叫到書房，對他說：“皇叔！李中堂剛剛分析說，日本人此舉是黃鼠狼給雞拜年，沒安好心。所以你在談判的時候，必須提出以下兩個條件：一是日本援華派遣軍總兵力不得超過三萬人；2二在我們要求他們撤出的時候，日本援華派遣軍必須無條件撤出我國。避免落下賣國投敵的罵名!”
恭親王回答：“陛下放心，臣一定照辦!”
恭親王奕?以欽差大臣的身份約見日方談判代表，正式開始談判。經過三輪談判，雙方達成協議：1.大清帝國允許日本援華派遣軍入境與叛軍作戰;2.日軍總兵力不得超過三萬人;3.日軍的一切軍需由日本國負責;4.兩軍在合作過程中保持相對獨立的的狀態，戰斗中情報共享，互相支援;5.平叛結束后，日軍必須無條件撤出清國。
協議達成后交給光緒帝過目，光緒帝在協議上加蓋玉璽，批準了這份協議。
就在同一天，日本明治天皇也在東京召開御前會議，批準了這份協議，兩國正式開始合作。
幾天后，日本援華派遣軍司令長官山縣有朋和參謀長水木長田來到金陵，山平修德約見恭親王奕?，請求皇帝召見山縣有朋和水木長田。恭親王報告皇帝得到批準。
山縣有朋和水木長田在山平修德陪同下來到兩江總督府大門外，一個衛兵來到山縣有朋面前：“將軍閣下！請下馬，交出武器！”山平修德把衛兵的話翻譯成日語，山縣有朋聽后翻身下馬，交出了自己的配槍和軍刀，水木長田也交出了武器，他們在衛兵的帶領下向大堂走去。