黃金山炮臺主將黃仁林見后路失陷，立即恐慌起來，丟下土兵們不管，自己一個人溜了，士兵們無人指揮的情況下丟了黃金山陣地。日軍得了黃金山炮臺，旅順城失去了炮臺的保護。
指揮官山地元治舉起指揮刀，大叫一聲，命令所屬部隊全線向旅順城展開進攻，命令炮兵炮擊守城清軍掩護日軍攻城。日軍火炮鋪天蓋地的炮擊，頓時炮聲隆隆，密集的炮彈飛向清軍陣地和城里，硝煙彌漫，山崩地裂。旅順城城墻多處被炸破，許多房屋被炮彈炸的墻倒屋塌，天昏地暗，狼煙四起，燃起熊熊大火。
在猛烈炮火的掩護下，命令步兵組成敢死隊運動到清軍陣地前沿。乃木西典站到高處，把東洋刀往城墻方向一舉，嘴里唔里哇啦狂叫一聲，日軍士兵像打了雞血一樣，在炮火的掩護下，高聲叫喊著，飛奔向旅順城發動了猛烈進攻。
日軍炮火停息后，清軍立即飛奔進入到前工事，清軍占據有利地形，居高臨下對日軍進行射擊，清軍看到狂妄的黑壓壓的日軍跳躍著往城墻進攻，不顧死活向城墻上爬來，激起了清軍的憤怒，好多士兵不顧自身安危，站起來向日軍射擊，密集的炮火和子彈射向日軍，擊殺了日軍，但是也把自己暴露在日軍面前，造成了不必要的傷亡。日軍遇到激烈的反擊，頓時被打的暈頭轉向，匍匐在地上，不敢抬頭。這時候，清軍從沿戰壕運動到日軍側翼，對日軍進行射殺，日軍發現情況不妙，扔下十幾具尸體，連滾帶爬的退去。
乃木西典看到在徐邦道指揮的清軍的反擊之下，被清軍擊殺十幾人，無法進攻取勝，只好退了下來，氣的哇哇直叫。心里想，如果攻不下，是我極大的恥辱，會被那些無恥的軍官取笑，同時也無法向司令官交代。于是把村三富友等各大隊長叫來，組織敢死隊一批接一批向前進攻，命令只準前進，不準后退，后退者格殺勿論。他站在一個高臺上，舉著指揮刀說，“誰攻進城，我會為首先攻進城的官兵請功嘉獎，如果再攻不進去，你們去向天皇謝罪吧！進攻開始！”
正在乃木希典歇斯底里暴跳如雷的時候，通信兵報告，部隊的后邊遭到攻擊。乃木西典站在那里急的跳腳，往后看了看，又往前看了看，仍然不打算放棄進攻，瞪著血紅的眼睛，歇斯底里的哇哇大叫，命令敢死隊接著沖鋒。
雷霆縱隊所屬的部隊得到旅順城被突破的消息心急如焚，趕來解救守城的清軍。總指揮唐峰立即命令包括師屬各戰斗部隊向攻城的日軍發起全面進攻。三個支隊的裝甲營的裝甲車掩護步兵從日軍的后邊向攻城日軍攻擊，
雷霆縱隊在日軍向旅順城開炮的同時，第二支隊的炮營構筑了炮陣地，集中火力向日軍的一個火炮陣地開炮，壓制日軍的炮火，日軍的炮陣地遭到猛烈炮擊，被炸翻了一部分火炮，炸死了一部分炮兵，日軍炮兵立即臥倒躲避。裝甲營的坦克車的炮彈接著落下來。日軍畢竟訓練有素，沒有被炸死的幾個鬼子，冒著槍林彈雨，爬起來跑向炮位，快速的調整火炮，這時，一顆炮彈落在他們跟前，他們連同大炮一起被送上了天。接著炮兵和坦克車轉向另一個日軍炮陣地。
這時，烏云翻滾，瓢潑的大雨下了起來，頓時天昏地暗，守城的清軍饑餓勞累，遇到的是不怕死的日本鬼子，有的慢慢軍心動搖，偷偷逃跑。盡管徐邦道和程允和的部隊還在抵抗，但是也有士兵逃離，已經支撐不住日軍的進攻。各路清軍無法控制大軍崩潰局面，諸將也混雜在敗退兵潮群中逃亡。途中連續遭遇日軍阻擊，兩軍發生多次拉鋸突圍戰。旅順西面的部分清軍守兵，當夜沿西海岸躲過日軍封鎖線突圍。
日軍冒雨開始了第二輪進攻，由于日軍改變了戰法，進攻猛烈，致使清軍防御受到損壞，造成了清軍的傷亡，在日軍接連不斷的強烈攻擊下，守城的清軍被打開了一個缺口。日軍蜂擁進城。清軍看到無法抵擋，紛紛棄城逃跑，有的脫掉軍服混成老百姓，日軍迅速占領旅順城。乃木西典揮舞指揮刀帶頭沖進城。
日本第二軍大山巖指揮官，看到自己的軍隊進了城，不顧衛兵的阻攔跑步跟進了城。師團長山地元治，旅團長乃木希典少將和第二旅團長西寬二郎少將，秋山好古、益滿德次等向野獸一樣簇擁著大山巖，來到城里。大山巖哈哈大笑，像魔鬼一樣狂妄的嚎叫，“為了震懾清廷，報復清軍，必須殺、殺、殺，殺個雞犬不留，殺光、燒光！給辮子國點厲害瞧瞧！”
他的下屬像惡狼一樣的嚎道：“嗨！讓他們通通死啦死啦的！”然后分別去指揮對城里的百姓大屠殺。
一個一手抱著孩子，一手拉著孩子慌忙奔跑的婦女，孩子嚇的哇哇大哭。慌亂中跑到離大山巖他們不遠的地方。大山巖的衛兵走那個婦女跟前，舉起軍刀砍死了婦女的兩個孩子，又砍死了那個呼天喊地抱著被殺死的孩子的婦女。大山巖向衛兵伸出大拇指，哈哈大笑：“吆西，吆西，大大的，好樣的！”。日軍指揮官洋洋得意的站在街頭，眼看自己的部下們燒殺奸掠，拄著指揮刀哈哈捧腹狂笑。
在大山巖的帶頭下，日軍軍官揮舞著指揮刀，狂叫著帶領日本士兵沖向大街小巷，去燒殺搶掠，挨門挨戶，一戶不漏，見人就殺。殺紅了眼的日軍根本不分男女老幼，到處是揮舞著刀槍的日本兵，到處是掙扎著、慘叫著的手無寸鐵老百姓，他們哪管什么“婦女老幼”?整個旅順城籠罩在血光刀影之中。到處是槍聲和中國百姓的慘叫聲，血流成河，慘不忍睹。
山地元治走到大山巖跟前說：“將軍！請你放心，我們的日本軍人對付這些老百姓是沒有憐憫之心的，無情的槍殺才能震懾清國的朝廷，保證不會留一個活人，日本軍人會讓你滿意的，請你到城樓上去觀看戰果吧！”