克拉克·肯特提前悄然帶著露易絲·萊恩離開。
南極冰層氪星飛船內與生父遺留信息的溝通中，克拉克·肯特知道母盒蘊含著強大的能量，喬·艾爾也一再叮囑克拉克·肯特守護好母盒。
超人原本沒有想過動用母盒的力量，因此也不知道佐德將軍一行人打算利用母盒做什么。
不過，肯特和萊恩兩人都感受到了強烈的威脅，本能地認為應該把母盒搶回來。
故事線繼續推進。
聯邦政府很快找到了氪星飛船的下落，試探接觸過程中遭遇攻擊，緊要關頭超人及時趕到。
第二場高潮戲份。
聯邦軍隊在超人的掩護下撤退，超人與佐德將軍對峙過程中，得知了對方的目的。
為了重建氪星的大局，佐德將軍還試圖招攬超人，遭到拒絕。
再次一番激戰后，超人意識到自己必須與聯邦政府合作，于是主動與軍方展開接觸，試圖阻止佐德將軍的陰謀。
這個過程中，母盒激活完畢。
氪星飛船出現在大都會城市上空，利用母盒提供的能量開始對地球進行改造，大都會遭到巨大破壞。
開篇的氪星大戰場景之后，丹妮莉絲特效再次貢獻了一次極其震撼的城市遭遇摧毀的畫面。
而且，不同于幻想中的氪星，這次被摧毀的，完全是現實中存在的城市，因此不可避免地引發了觀眾的強烈代入感。
最后大戰。
為了拯救世界，超人與軍方攜手摧毀了氪星飛船，并且在一場‘超人’與‘超人’之間的對決中殺死了佐德將軍。
現階段的CG特效雖然還無法完全展現出西蒙記憶中《超人：鋼鐵之軀》那種摧天滅地的特效場景，但在最大程度利用現階段技術資源的情況下，最后的一場大戰，對于九十年代初的觀眾來說依舊驚心動魄，震撼程度絲毫不亞于去年年底那頭霸王龍在大銀幕上的摧枯拉朽。
故事的最后，全世界都陷入大都會這場人類與外星人戰爭的討論，超人的形象也頻繁出現在媒體上。
有人敬仰，有人忌憚，有人大聲指責，有人頂禮膜拜。
克拉克·肯特重新隱沒在人群，加入《星球日報》的臨時總部成為一名記者，在性格暴躁的主編指派下忙里偷閑，與露易絲·萊恩一起站在正在報道‘超人’新聞的壁掛電視前，喧嚷雜亂的畫面中，一個穿著仿制超人制服的孩子說，他是個英雄。
兩人對視一眼，雙手悄然握在一起。
畫面暗下。
宏大的背景音樂響起。