貴族沒落后，開始變賣祖上藏品，神秘的母盒是其中被重點宣傳的一個。
而且，這只來自人類社會的母盒，實際上已經引起了布魯斯·韋恩、戴安娜·普林斯乃至萊克斯·盧瑟等很多人的關注，原本要在哥譚市舉行一個盛大的拍賣會，卻被小丑捷足先登。
母盒被搶，蝙蝠俠開始加緊對小丑的追查。
與此同時，小丑拿到母盒之后，又陸續綁架了幾位科學家對母盒進行研究，其中有位植物學家兼極端環保主義者，名叫帕米拉·艾斯利。
強大的母盒絕非渺小的人類能夠輕易控制，一次實驗事故中，妮可·基德曼扮演的帕米拉·艾斯利遭遇了與鋼骨同等的境遇，進化為擁有控制植物超能力的毒藤女。被小丑洗腦的毒藤女繼續為虎作倀，憑借自己的超能力，很快大致掌握了母盒的一些用途。
隨后的一次實驗中，通過母盒開啟的時空縫隙，小丑輕松將一種可以讓人瘋狂的神經毒劑擴散到實驗室所在的小鎮，引發了一場如同末世危機般的大災難。
毒藤女看到小鎮居民的悲慘遭遇后，與小丑分道揚鑣，很快遭遇了貓女。
西蒙在這段劇情中小小地CP了一把，當然，只是點到即止，九十年代的美國還普遍保守，無論是基情還是蕾絲都有些不合時宜，當然，心中有基的人肯定能一眼參悟其中精髓。
試驗成功，小丑要利用母盒開啟的無數時空縫隙，短時間內將自己的神經毒氣擴散全世界，讓所有人都成為‘小丑’。
蝙蝠俠傾盡全力，終究沒能阻止小丑的發動，神經毒劑利用母盒不斷開啟的時空縫隙以哥譚市為中心向整個世界擴散。
關鍵時刻，棄暗投明的毒藤女研發出了神經毒劑的解藥。
最好的方式當然是通過母盒的時空縫隙將解藥擴散出去。
只可惜，相比準備充分的小丑，毒藤女研發出的解藥分量卻很少，不可能短時間內復制足夠的解藥。當局面幾乎就要陷入死結時，毒藤女想到了另外一種方式，利用植物天然擁有的凈化作用破解小丑的神經毒劑。
通過貓女的幫助，毒藤女在哥譚市的植物園找到了一種可以與神經毒劑解藥完美結合并能夠在短時間內進行快速凈化的古老樹藤，于是，在另外一邊蝙蝠俠與小丑展開最后決戰時，哥譚市也出現了一幅震撼人心的場景。
毒藤女以消耗自己的生命力為代價，催生出無數瘋狂生長的藤蔓，同樣以哥譚市為中心向四面八方快速擴散，并成功地對小丑釋放的神經毒劑進行凈化，曾經的鋼鐵叢林，很快變成了一座藤蔓叢生的綠色之城。
激烈的對戰之后，蝙蝠俠成功制服了小丑，母盒開啟的時空縫隙被關閉。
雖然付出了沉重的代價，哥譚市，以及整個世界，再次得到了拯救。
故事的最后，哥譚市重新恢復平靜，拍賣會如期舉行，布魯斯·韋恩卻在對母盒的拍賣中輸給了一位來歷不明的神秘女郎，最后的最后，布魯斯·韋恩與那位自我介紹名叫戴安娜·普林斯的神秘女郎在某個咖啡廳里相對而坐，《蝙蝠俠：黑暗騎士》中的彩蛋場景重現。