開篇的直升機編隊大戰無齒翼龍劇情來自于《侏羅紀公園》第一部結尾埋下的伏筆，歷經磨難的主角們乘坐直升機離開時，由于恐龍島上的基礎設施嚴重損壞，一群無齒翼龍逃脫牢籠，飛往島外的世界。續集的時間線與現實并行，設置在恐龍島事件三年之后。
三年時間，這些在現代社會天空中完全沒有天敵的遠古生物迅速繁衍，并且引起越來越多的注意，世界各地都出現諸如各種水怪傳說一樣的奇聞報道。
關于恐龍復活的消息也開始頻繁地夾雜在這些報道當中。
直到續集開場，一群無齒翼龍襲擊了夏威夷的一座小鎮，造成嚴重傷亡，事情才徹底無法隱瞞，全球各國民眾都走上街頭要求政府公開真相，還有動物保護組織在報道公開后指責美軍對無齒翼龍的屠殺。
輿論喧嚷紛紛。
大銀幕上，開篇的現代科技與遠古生物大戰迅速將觀眾引入劇情，正式片頭開始，伴隨著主創人員字幕，通過電視播報和報紙特寫等方式，大概介紹了無齒翼龍襲擊事件之前三年時間關于恐龍復活的各種新聞。
正片開始于美國國會的一次非公開聽證會。
接受國會質詢的是恐龍島的主人約翰·哈蒙德博士，主要向一干議員解釋恐龍島的來龍去脈。
這次聽證會正是無齒翼龍襲擊事件的延續。
經過調查，聯邦當局已經掌握了恐龍島存在的真相，只是對于如何處理這些被復活的遠古生物出現了嚴重的分歧。
有人認為應該徹底摧毀，因為擔心這些遠古巨獸會如同侵入澳大利亞的兔子那樣嚴重破壞地球生態，短短三年時間已經在全球各地繁衍生息的無齒翼龍就是最好的證明。還有人覺得應該保留，這不僅是人類科技創造的奇跡，復活之后的遠古生物還能夠給人類社會的方方面面帶來積極影響。
當然，普通人注意不到的黑暗角落，還有人看到了巨大的商機。
聽證會現場的鏡頭并不多，結束這次聽證，哈蒙德博士與相熟的一位議員阿德里安·蘭特瑞一起離開國會大廈，兩人言語間的信息透露聯邦政府對于恐龍島的處理意見還沒有徹底敲定，議員先生表示可以幫忙說項，前提是他必須親自去恐龍島對一些事情進行確認。
哈蒙德博士同意下來。
兩人分別，哈蒙德上車之前被攔住，一位自稱伯克遜集團代表的中年人表示希望能夠買下恐龍島，毫無意外地遭到拒絕。
恐龍島是哈蒙德博士一生的心血，不可能輕易出售。
畫面切換，鏡頭重新來到觀眾在第一部中已經相當熟悉的熟悉恐龍島。
曾經的混亂已經被恢復。
簡樸的鐵皮板房內，打開的電視機里依舊在播放無齒翼龍襲擊事件的消息，房間墻壁上則掛著各種恐龍照片和密密麻麻的相關資料，鏡頭游移，還出現了一張特別的結婚照，穿著西服婚紗的新婚夫婦坐在一頭巨大的長頸龍背上，笑容燦爛，這是山姆·尼爾飾演的古生物學家艾倫·格蘭特和蕾妮·羅素飾演的古植物學家埃莉·斯特勒。
三年時間，兩人已經結婚，成為格蘭特夫婦。