整個故事的主線，也逐漸明朗，當母體誕生時，出現了一個能夠隨意讓母體隨著他的意志而改變的人（黑客）。
除了人類最后的城市錫安外，從母體誕生的少數人類，都是被他所釋放的。
他死后，先知曾預言他會歸來，并帶領人類走出矩陣，重獲自由。
接下來的劇情其實很簡單了，恢復、強化，并且熟悉如何在矩陣中，讓自己以此為基礎變得更強。
如何利用矩陣中的規則，顯然與現實是不同的，特警可以隨意借用矩陣中任何一個人類的身體，將其變為自己，甚至可以完美地利用矩陣中的規則，在矩陣中，他們幾乎可以媲美神明。
不死、化身萬千、改變規則、操控時間，各種讓人匪夷所思的能力，一切的一切，都能辦到。
人類進入矩陣，所有遇到特警的，基本上都死了，解放人類之路，顯然極為艱難。
而他們又需要進入其中，先拯救人的意識，才能拯救人的肉身，否則只能是一具沒有意識的軀殼。
看到這里，基本上整個電影的世界觀也在所有觀眾腦海中有了個雛形：對于他們這些修士武者來說，這些人就是一群科技樹點偏了，全程發展法器，卻不進化自身的群體，這個世界中的人類制造出了極為恐怖的人工智能法器，并且是一大群，自己一手將自己送進了地獄。
單看制造出矩陣這種東西奴役這么多人類就知道這些機器AI有多恐怖了。而現在，是這些“黑客”們的自我救贖之路。
這不是一部普通的，討論黑客的電影，而是末日中，一場人類的革命。
這樣的科技水準，顯然不是他們現有的研究手段能夠觸及的，但這并不妨礙他們了解這一體系。
對于大部分人來說，他們可以當一部普通的電影來看，畢竟不是所有人都研究法器。
而電影中的事情也跟他們無關，他們是電影外的人。
但他們看這部電影，卻確確實實地，是帶著一種與以往完全不同的震撼在看的。
眼前的世界，簡直是大開眼界！雖然說世界之大，無奇不有，但能到這種程度，已經完全超出所有人的想象能力了！
以至于大部分人全程都是瞪大眼，張大嘴，幾乎全程沒合攏過。
到了這個時候，他們相信的救世主已經找到了，或許……
他們相信，反擊的時刻到了。
很顯然，這一次的進攻是極為失敗的，或許沒發生意外還好，但意外的是，他們之間出了一個叛徒。
一個厭倦了每日都在末日的恐慌中抗爭，想回到矩陣中去，當一個無知的普通人的家伙。
畢竟，無知是福。
而尼歐也并不是救世主，至少，現在不是。
或許他有那份潛力，但現在遠遠沒達到那種地步，母體改變了設置，所有人都被困在矩陣之中。
矩陣中死亡，代表著現實中也同時死亡，這一戰的傷亡可謂極為慘重，除了尼歐與女主兩人逃出來，甚至連他們的首領莫菲斯都留在了矩陣中拖住特警。
與原版有些不同，原版在意識沒出來的情況下，拔掉了大腦的插孔，人是立即死亡的。
但眼下系統版是意識在矩陣中慢慢消亡，而肉身則腦死亡。