臺島日軍依舊與義勇軍對峙在苗栗，不過韋珣憂心臺中、臺南被掌握制海權的日軍從海陸進攻，所以前往臺中坐鎮，而韋文濟則被派往對岸，聯絡閩粵兩省的仁人志士。
在知曉清廷一系列大失天下人心的操作之后，韋珣火速寫就了說是通電不如是告訴天下人，如果和他志同道合的志士歡迎加入。
與日軍大戰一場之后，軍械彈藥都損失不少，原本計劃支持十萬人戰斗半年的彈藥在韋珣大舉編練義勇軍后才發現并不充足。要說撤離臺島已經是不可能的了，于名聲于內心以及著孤懸海外的處境考慮，撤退都是都不可能的。
既然已經深入局中，韋珣就打算在臺島與日軍死扛硬剛。
七月18日，從朝鮮支援而來的第二師團在澎湖休整兩天之后分兵兩路進犯臺中、臺南這兩個臺島僅剩的大城市。韋珣手中只有三萬四千人，一萬二千人布防在苗栗，九千人布防臺中，一萬三千人布防臺南。
深感時局緊迫以及兵力短缺的韋珣依然讓高呼參戰的臺灣義勇軍繼續訓練。隨后集結苗栗兵力開始尋找進攻石頭上陣地的日軍，力求迅速殲滅近衛師團之后圍殲臺中臺南的敵人。
七月20日起，戰火籠罩在整個臺中臺南，借助臺島人民的力量，兩地的軍隊都采取運動戰的方式襲擾敵人。
文山陣地上，韋珣借著油燈看著手中的鐘表，時間凌晨四點。
沒有任何征兆的義勇軍第一師和第三師一個團朝著三公里外的近衛師團陣地發起進攻，十幾門火炮的尖嘯打破了黎明的寂靜。
沖殺聲響徹了石頭山下的小平原，受限于視線，只見山腳山坡全是星星點點時隱時現的槍口火焰。韋珣的依仗就是刺刀見血的肉搏作戰，日軍正式重視肉搏作戰還是與俄國人在東北大戰的時候，現在的日本人或許當前的步兵戰術訓練學得很好，可近戰能力不算太強。
這一萬兩千義勇軍包括臺中臺南從峴港帶出的兩萬多人都是每天進行兩小時刺刀肉搏戰斗的。
喊殺聲直到早上十點才結束，面對實力接近又突然襲擊的義勇軍，沒有鐵絲網以及機槍手雷的日軍節節敗退。越戰越勇的義勇軍將日軍趕出了陣地，趕出了石頭山。
戰后匯總，擊斃敵人四千三百余人，自身傷亡近兩千七百人。此時的日軍一個師團不過一萬八千人，除了駐防臺北基隆兩地的一個旅團，日軍只有一千多殘余逃走，唯一遺憾的是沒有抓住近衛師團的高層。
將戰場交給周邊前來幫忙的明中之后，韋珣下令全軍休息一天。
七月24日，九千多疲憊的義勇軍乘著火車前往臺中。
接到留守部隊的報告，日軍從臺中港登陸之后，一路從彰化，另一路從沙鹿，南北合圍臺中，但是留守的第二師以大肚山、五股山為陣地成功的阻擊了敵人。
聽到這個消息，韋珣直接命令部隊從五股山北繞道高美濕地直接撲向臺中港，決定以優勢兵力直接切斷敵人退路隨后圍殲。
可惜才到高美，就被日軍偵察部隊看見，只得作罷，又聽漁民說臺中港有日軍兵艦七艘。可開弓沒有回頭箭，韋珣命令僅有從九千人直接對五股山下面的第二師團第一旅團發動強襲。