按照韋珣的看法，日軍在吃虧一次之后會調集兩到三個師團的兵力，加上臺南臺中的兵力，然后以牽制義勇軍主力，然后分派人馬控制臺北臺中，南北夾擊壓縮義勇軍的活動空間。
對此，韋珣的構想是第二師在臺南進行游擊戰，在運動中牽制日軍。放棄交通便利地區的村落和城鎮，然后分而擊之。
臺北方面只能完全放棄，再熬兩個月新兵應該就可以上陣，到時候擇地決戰，殲滅大量日軍有生力量之后就能獲得半年左右的修生養息。到時候手握雄兵七八萬，還怕日本人登陸作戰嗎？
就憑日軍現在的裝備和戰術以及作戰士氣，比起三十年后的戰斗力估計也就四成左右。論戰斗力，世界范圍只是一支二流偏上的現代軍隊，也就在東亞這邊值得一提。
九月5日，沉寂了兩個月多的日軍逐漸有了動作，日軍第五師團由基隆港登陸，第三師團臺南登陸，臺中港的日軍也在蠢蠢欲動。
原本臺南打得你來我往的戰斗在近兩萬日軍進入戰場后，一路勢如破竹。先是在臺南大屏山擊破了義勇軍陣地，隨后緊追不舍，雙方又在大崗山附近激戰。義勇軍經此一戰損失近萬，其中大多數是劉永福的黑旗軍和臺南附近鄉鎮的義勇，就連韋珣的精銳都損失了三千人。
義勇軍第二師迫于日軍兵威最后只在高雄的上平山一帶略作抵抗后就全師撤退到屏東縣，依托山勢河流與日軍對峙。
日軍占據臺南高雄兩地之后大肆燒殺搶掠，雖然疏散了不少民眾，可人離香鄉賤，不少除了家里那點破盆爛碗之外沒有什么的人都不想離開。
僅一周時間，臺北周邊到高雄，除了交通不便的地方，幾乎沒有哪個村子可以幸免。
而在臺北，日軍第五師團休整兩天后氣勢洶洶的坐火車趕到新竹，被韋珣布置的一個團阻擊了三天，給予日軍兩千余人的殺傷后自身傷亡了一千三百人撤退到苗栗文山陣地。
告急、陷落的書信頻頻傳遞到韋珣的面前，面對臺中城中的質疑和出兵的催促。韋珣沒有多作解釋，也沒有心情解釋。只能心情沉重的將司令部遷到了大肚山陣地。
臺南臺中之間的嘉義、彰化、云林三縣無險可守，日軍除了遇到零星抵抗就在九月26日就肅清臺島鐵路沿線，兵鋒直指彰化。而彰化，乃是臺中西南方向的門戶。
日軍港口的第二師團也在之前運動彰化西面的和安宮附近，若不是大肚山和彰化城東山上都有韋珣布置的陣地，彰化早已陷落。
九月30日，日軍第三師團和第二師團在和慶宮合軍，軍力多達三萬人，若不是日軍需要在占領區留下駐防部隊，恐怕四萬都會有。韋珣一方則是因為要布防臺中城西北的屏障五股山，所以在彰化縣東邊的山地以及大肚山布置了兩個陣地，總兵力一萬兩千人，一旦日軍從兩山之間進攻臺中城必定會被包圍夾擊。
十月3日，日軍占領彰化縣城，兵臨大肚山陣地。