大乾目前的軍種有四種，車兵、步兵、騎兵和水兵，四大軍種的編制、從屬人員等等大部分都不相同。也許現在的人看來沒什么，但對于后世的人而言，感覺就非常的混亂。尤其是素凌軒能夠修煉后，神智清明，已經忘得差不多的“前世”記憶大多都已經復蘇，更讓他對大乾的軍制感覺無語，什么伍長、什長、屯長、百將、五百主、二五百主之類的軍職聽得有點摸不著頭腦。
因此，他改革軍隊的第一步就是規范編制和軍職，把大乾目前正在采用的步兵編制全都舍棄，采用了他最熟悉的后世三三制軍制，不過人數有變動，即8人（設正副班長）、30人（設正副排長）、120人（設正副連長）、500人（設正副營長，有警衛編制50人）、2000人（設正副團長，警衛編制200人）、8000人（設正副旅長，警衛編制800人）。
按照這個兵制劃分，廖海領導的這支隊伍，即便再加上一千多人的山賊土匪，也只是一個不滿編的團級軍隊。
原本旅級以上的軍隊機構在素凌軒的設想里也有，但無奈現在人數太少，一個團尚不滿編，旅以上設了也是百設。而且，始皇帝對于軍隊掌握的極嚴，軍隊非戰時最大的軍職就是校尉，領一萬人，素凌軒旅的編制就有8000人，再往上就超出了始皇帝的容納極限，就算他不在意，朝堂里的那些大臣也不會善罷甘休。
除了改變軍制軍職以外，素凌軒也對軍法進行了大幅度的變動。大乾治國治軍都推崇法家，因而軍隊里的軍法極為嚴苛，甚至可以說是無情，比如軍法規定，射手發弩不中，御手不會駕車，騎士和馬匹課試最劣者均要受嚴厲處罰，有關督訓官吏和負責招選士兵的主管也要受到牽連。
素凌軒在改動軍法時，充分參考了自己腦袋里的那些“雜學”，讓軍法變得更加合理，減緩嚴酷性、殘酷性的同時，也增加了許多教條戒規，比如后世中國人都知道的“三大紀律”：一切行動聽指揮；不拿群眾一針一線；一切繳獲要歸公。還有“八項注意”，即說話和氣、買賣公平、借東西要還、損壞東西要賠償、不打人罵人、不損壞莊稼、不調戲婦女、不虐待俘虜。
這些改革和變動對于任何一個延續了七百多年傳統的軍隊而言，都是一件難以接受的事情，尤其是后面那“三大紀律”和“八項注意”，更是超出了士兵對于職責的認知，若是有人在軍隊里真的實行這一套，只怕第二天就被砍死，尸體扔給野狗了。
不過，事情到了素凌軒這邊就大不相同了。
首先，追隨他走出京城的這三百多人，再加上后勤的幾十人，嚴格意義上都屬于他的私兵，身家性命全都掌握在他的手里。他對軍隊編制的變動，在軍隊里是“大逆不道”，可對于這些人來說，主公的意愿是絕對不許質疑的，就算不理解為什么要變動大乾實行了數百年的軍制，為什么把軍職稱為排、連、營、團、旅，又為什么立下那么多“奇怪”的規矩，他們也仍是會堅決執行素凌軒做出的任何決定，不帶半點猶豫和遲疑。
其次，素凌軒在完善軍中懲罰制度時，也確立了新的獎賞制度。簡單來講，軍士在平時表現優異，三大紀律和八項注意執行的好，或者戰斗中獲得功勛，就會得到豐厚的獎勵，除了正常的軍制晉升和調動外，還能從素凌軒這里兌換武器、功法、丹藥等等。
尤其是素凌軒公布他已經研制出了壯大氣血的血元丹和增強精神的精元丹，也同意把至尊功放到兌換名錄里后，所有參與素凌軒主持改革軍制會議的各級軍官，一個個的全都呼吸急促，眼光放光，就跟色狼看到了絕世美女一個模樣。
“這支改編后的軍隊，由廖海任職旅長，典慶任職副旅長，原下屬三個百將，擔任團長，分別掌管一個團，團級以下的軍官由原本軍隊中的軍官擔任，不夠的話，從士兵中挑選出來優秀者補充。總之，我要各位以最快的速度將一個旅的編制框架給我搭建起來，士兵不足就可以從剛抓捕的山賊土匪挑人補充。截止到我們進入薛郡為之，沿途碰到的山賊土匪，除手上犯了人命的要死，其他人一律充入軍中，交由老兵和班長負責改造。”
素凌軒沉聲下令，底下在座的各級軍官全都心中一驚，暗暗為素凌軒的儀態和意圖所動，廖海更是又驚又喜，心想：“少主原本不在意軍隊建設，我還以為他對軍隊不感興趣，不想和大帥一樣縱橫沙場。可是現在從少主的所作所為來看，他分明是早就胸有溝壑，不然，絕對無法提出如此有卓越前瞻性的改革。”