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談判終于有了結果。雖然極不情愿，但是幕府還是向清國賠禮道歉，承認由于自己保護不周全，導致了刺殺事件。
幕府將抓捕的可疑武士、浪人，一百多人全部交給淮海軍處置，這些將會被送到遠東做苦力或者在與俄國人戰斗的時候充當敢死隊。
幕府賠償清國白銀50萬兩。既然幕府沒抓到人，當然自己得做冤大頭。不過最后劉青北還是同意日本以江戶關稅分期償還。
負責江戶守衛的若年寄（相當于禁衛軍統領）賜切腹謝罪。
后面就是刺殺事件之前雙方準備的談判內容，通過協商，最終形成了一份《清日親善條約》：
一、清國將為日本的“閉關鎖國”國策提供保護。為此日本將浦賀的一個港口租借給清國，清國在該處駐扎一支不多于也不少于一個團（2000人）的陸戰隊。但是該駐軍未經允許，不得離開基地范圍之內。
同時軍艦也可以在這里停靠，今后未經日本同意，清國軍艦不得再深入江戶灣，當日方同第三國發生戰爭時，清國有義務進行必要的援助。為此幕府為該駐軍每年提供是20萬兩白銀的駐軍費用。
這樣相當于淮海軍為幕府提供一支雇傭軍，而幕府則會繳納保護費。
二、幫助日方擴建浦賀炮臺，所需火炮從清國購買。幕府的意思是只要能夠保住江戶就好了，至于其他的藩屬你列強可以進攻，但是只要你登陸了，就會陷入日本人無止境地進攻騷擾中。
三、派遣一個軍官團，幫助幕府訓練一支新式軍隊。幕府要想有安全感，自己的手上必須有自己的武裝力量，當然這支軍隊還可以用來鎮壓其他藩屬國。這符合淮海軍的既定目標。當然，由淮海軍來訓練這只軍隊，可以更好地把握好度。
四、清國商船可以在江戶自由經商，軍艦可以在江戶、函館、馬關、長崎等港口臨時停靠補給。
幕府堅持商船只能在江戶停靠，其實是江戶的一幫大佬想要繼續把持清國商品的獨家代理權，以及日本出口商品的銷售權。他們已經從這段時間的交易中嘗到甜頭，又如何愿意松口呢？
通過這個條約，幕府算是在經濟上和軍事上都和淮海軍捆綁在一起了。
對此以阿布為首的武家勢力樂見其成，目前來看這是加強幕府統治的最好、最快方式。
淮海軍也沒有一下吞并日本的打算，董書恒現在還沒有精力去處理日本這個泥潭，他需要一個聽話的代理人，而腐朽的幕府恰恰是最佳的選擇。
淮海軍雖然看起來是侵占了一些日本的主權權益。但是在幕府看來，這些都是無關緊要的。
清國不像西方列強那樣干涉日本的內政，也不會對日本的文化結構有多大的影響，因為雙方本身在文化上就有同源性。
不過這份條約卻引起了一些強藩的反感，比如土佐、長洲、薩摩、佐賀這四大強藩。
島津齊彬知道這個條約的內容后，再次把有村次左衛門給暴揍了一頓。第二天就找個借口返回薩摩藩。他必須要為幕府與清國的締約做好應變的準備。
《清日親善條約》仿佛是一劑催化劑，讓原本還處在萌芽階段的日本內部矛盾迅速發酵，一場暴風雨即將降臨日本。
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