就在帕杰羅等待軍事派和科學家派相互和解，然后攜起手為帕杰羅科學發展做出貢獻的時候，兩派之間的仇怨卻越來越激烈。兩派不但在媒體上相互指責對方，相關的行動也開始展開。經過五十多年的發展，兩者更是到了不死不休的地步。每一次召開會議的時候，雙方就會開始無休止的爭吵。
以至于那些秉持中立立場的帕杰羅人不得不選邊站隊，因為一旦他們不做出明確的選擇,就會在這場戰爭中被當做異類對待。
沒錯，當帕杰羅人終于從咕嘟獸的陰影下掙脫出來后，又陷入了內部的分裂。原來只是兩派人對于帕杰羅文明發展途徑的爭論，正式開始撕裂帕杰羅文明。
由于帕杰羅軍事派掌控了大部分軍隊，他們自然擁有了天然的優勢，逐漸占據上風,畢竟再利索的嘴皮子也不可能比一顆子彈厲害。
軍事派掌控著的軍隊開始封鎖科學派的實驗室,并且向外界宣告那些科學家們正在制作可以屠殺所有帕杰羅人的武器。這是一個相當荒謬的借口,因為帕杰羅人當時正處于一級文明的頂端，能制作出來的威力最大的武器也只不過是核武器，壓根無法對全帕杰羅人造成傷害。所以大部分帕杰羅人壓根不相信。不過帕杰羅軍事派并不指望他們相信，他們只需要一個借口，一個可以大肆屠戮科學家們的借口。
沒錯，帕杰羅軍事派已經對于讓科學家們臣服失去了耐心，他們決定從肉體上把這些頑固的科學家們消滅掉。
于是，軍事派開始籌劃計劃，不過他們也知道這次行動會引起巨大轟動，可能會讓大部分帕杰羅人反感，于是在任務執行的時候，必須靜悄悄的，更加關鍵的是，必須選擇一個帕杰羅大科學家都聚在一起的場所。因為只有那樣才能一舉把那些頑固的科學家們殲滅。
和咕嘟獸的戰爭中，軍事派的領導人變得異常有耐心，他們等待了足足五年，終于等到了帕杰羅大科學家們聚集在一起機會,然后立刻迫不及待的發動攻擊。
所有的耐心總會有所回報，待帕杰羅軍事派把那個用作實驗室的地堡團團圍住的時候，大部分科學家都在地窖里。面對全副武裝的士兵，科學派的科學家們開始拿起武器全力反抗，當然，戰爭的結果以帕杰羅科學家們的失敗而告終，他們留下的只是一具又一具尸體，然后軍事派的人又用燃料把地窖全部都清洗了一遍，直到地窖內看不出任何戰斗的痕跡，所有的士兵才算是撤出地窖。
然后軍事派的首領對外發布消息，聲稱帕杰羅科學派的大科學家們在一次實驗中，一不小心，意外事故導致了實驗失敗，而實驗失敗的結果就是發生了一場大爆炸，所有參與實驗的大科學家們都在爆炸中死亡了。
這是一個蹩腳到極點的借口，因為所有的帕杰羅人都知道一件事情，那就是帕杰羅科學院的大科學家們一向很謹慎，他們從來不會讓自己置于危險的境地。在咕嘟獸同志帕杰羅星時期，那些科學家們在簡易的實驗室里就可以制作出高能炸彈。從來沒有發生過任何意外事故,從來沒有。
但是，就在這個地堡中,這個擁有無數精密設備的地堡中，參與實驗的人還都是帕杰羅最優秀的大科學家，他們絕對不可能會出現任何失誤。