靈隱寺被譽為凈壇的入口，千年歲月中廟宇經歷大小數十次修繕，輝煌氣派，神圣莊嚴，寺廟占地廣闊，布局是其他所有僧院都無法比擬的，主要分為六個部分。
一是門殿，靈隱寺建立在長安城地勢最高的地方，通過山門便開始向上攀爬，普通百姓只能到達天王殿那里，再往前就不允許進入了。山門為三扇門，中間一扇大門常打開，左右兩扇小門只有特定時候才會開啟，大門代表著空門，東側的小門是無相門，西側的小門是無作門。無法無相，無垢無凈，是僧人進入靈隱寺的先決條件。
山門連接著一百九十九層臺階，全部走完了到達門殿，掛在門殿正中位置的牌匾上寫著慈悲為懷四個字，是用來迎客的，氣派恢弘，殿內宿有高達三丈的觀世音菩薩像，為純金打造，手持蓮花瓶，微笑面對世人，慈愛祥和。
神像之下放著三個蒲團，前來祭拜的人需要依次跪在蒲團上叩拜神像，祈求祝福，旁邊擺著兩張桌子，桌子后面坐著寺中的和尚，在此可以求姻緣，求富貴。
二是鐘樓、鼓樓，走過門殿，經五米回廊進入一片空地，空地上建有鼓樓、鐘樓，鐘、鼓二樓相對，鐘為洪鐘，鼓為大鼓，早晨敲鐘以鼓相應，晚上敲鼓以鐘相應，鐘鼓之間夾著一個長三米、寬三米，離地也是三米的高臺，寺廟開放的時候，高僧便在高臺上講經，信眾坐在高臺下面聆聽，值得注意的是，靈隱寺的講經人并不是主持，而是寺內的講經堂堂主，每日如此，只有發生大事的時候才會中斷。
三是天王殿，再往后就是平民百姓不得進入的地方了，叫做天王殿，是建造在鐘樓、鼓樓后面的一座殿宇，遠遠恢弘于門殿，供奉彌勒金身像。佛像高達十五米，為純金打造，袒胸露腹，隨意地坐著，充滿歡喜地看待世人。彌勒金身像旁邊，有著四尊小一些的佛像，由石頭雕刻而成，幾乎與殿宇融為一體，這是四大天王像，各個兇神惡煞與彌勒的開心笑容形成鮮明對比。他們是彌勒佛的守衛，是保護彌勒繼承佛祖之位的人，傳說佛祖離世之前將一個重要的任務交給彌勒，彌勒完成的很好，便將彌勒封為未來佛，亦即死后繼承自己意志的人。卻萬萬想不到彌勒對佛祖的愛超越了世間的所有規則，在佛祖釋迦摩尼圓寂后，居然將自己的血肉連同神力一起注入舍利子當中，使得佛祖重生，失去了成為新一任佛祖的機會。佛祖醒來后，認為是自己害了彌勒，便將一身神通散于天地，為信仰堅定的人給予指引，使得信奉佛教的人從中獲得力量。負責守衛彌勒的四尊天王像分別是，東方持國天王身青色，拿琵琶、西方增長天王身紫色，持金剛杵、南方廣目天王身肉色，肩頭盤著一只怪物、北方多聞天王身青黑色，掌心里托著一顆寶珠。
四是堂口，天王殿后面連接著四座堂口，分別是經堂、講堂、羅漢堂和戒律堂。靈隱寺的弟子，初入門的弟子進新人院，做做飯、挑水、掃地等粗鄙的工作，榮幸拜師之后會被分在四座堂口中學習，而四大堂口職能各有不同。所謂經堂，是僧人講經的地方，終日參研佛經，參悟佛祖的意志，參悟慈悲的真意，經堂中的僧人在四堂中數量最少，地位卻最高，非具有慧根之人不得進入；所謂講堂，便是誦經之堂，每天戊時帶領全寺僧人念經一個時辰，聽從于經堂高僧的號令；所謂羅漢堂，是專門修煉武藝、磨練肉體的地方，負責保護經堂高僧；所謂戒律堂，是專門用來懲戒破了清規戒律僧人的地方，戒律堂中的弟子與其他堂口素有嫌隙，據說是因為本身負責懲戒，欲念太重所致，最近這些年戒律堂名存實亡，靈隱寺對破戒僧保持容忍態度。
五是大齋堂，過了堂口便是大齋堂，是僧人們吃飯的地方，佛祖言眾生平等，僧人不管地位高低集中就餐，不可分散就食，他們吃飯的地方叫做大齋堂，同時也是睡覺的地方。大齋堂旁邊連著廚房，背身建造了一排小房子，小房子里有通鋪，低階僧人在此就寢。高階僧人的房間距離他們不遠，房間面積也不大，只是不用再睡通鋪了，可以擁有自己的房間。
六是方丈院，靈隱寺設監院和方丈兩個最高職務，監院是靈隱寺的總管，地位僅次于方丈，方丈則是最高長官。兩人職責各有不同，打個比方，如果說方丈是德高望重，學問高深的精神領袖，那么監院就是寺院最高行政長官，負責寺院日常大小事務，是實際管理者。如今凈靈和尚是方丈，原來的靈隱寺主持在他到來之后主動放棄主持之位，做了監院。
方丈院是監院和方丈的正寢之所，面積不大，也并不奢華，在一個小院子里，氣息祥和。
方丈院后面有一堵墻，墻上開了一道一人通過的小門，平日里鎖著，預示著后面的地方外人輕易不可進入。據說門后面有著藏經閣和佛塔。藏經樓中儲存著記載有佛祖言論的經文，佛塔奉著得道高僧圓寂所化舍利子，是寺廟中最崇高的地方。
沈飛和納蘭若雪隨著信徒們走到山門前，看到今日三門齊開，非常不解，問左右皆不知，便產生了猶豫。
“沈飛哥哥，人家有種不好的感覺，不如打道回府吧。”納蘭若雪在沈飛臂彎處撒嬌。
“既來之，則安之，怕什么。”沈飛自然不會應允。
“沈飛哥哥，你想想咱們這樣做是不是太過分了，靈隱寺可是僅次于凈壇的地方，是佛宗高僧的老巢，咱們身為道宗傳道之人公然闖入進來，是不是太不給對方面子了。”納蘭若雪不想放棄，因為女人的直覺很準，來的時候，她已聽府上的管家詳細講述了靈隱寺的情況，如今三門齊開，要么就是新收了弟子，要么就是另有深意。
“不行，既然來了，靈隱寺是一道我們繞不過去的坎，況且我身為傳道使者，背后有整個道宗做靠山，相信他們不敢怎么樣的。”話及此處，沈飛猛然想起了什么，面色一變。他想起了普德大師的警告，如果凈靈和尚真正的目的是挑起佛宗和道宗的異教清洗之戰，那么所謂的靠山非但并不成立，反而會成為害死自己的緣由。
“沈飛哥哥，你相信人家的直覺，人家真的不想走了嘛。”