如今社團最大的人力補充是來自于香港來的廣東移民，自香港開埠以來，移民的數量已經超過了萬人，加上原本就控制的居民，社團直接控制的人口超過了0萬，而開臺王顏思齊和大肚番已經開墾的土地，顯然無法滿足這0萬人的需求。大本營需要更多的土地種植甘蔗和水稻。所以，開墾荒地成了社團工作的重中之重，也正是在這個問題上社團遭遇了近乎無解的困難疾病。
瘧疾和痢疾成了社團人口死亡的最大因素，在炎熱的夏季，社團甚至一度命令中高層管理人員不得深入內地。而一些負責重要崗位的人比如阿海和林誠，在炎熱的夏季不許出城。
實際上社團在對抗瘧疾方面已經占據了天時地利和人和。小冰河時期讓臺灣的溫度下降，減少了瘧疾發生，而臺中一帶較高的丘陵地形和相對干燥的環境也讓瘧疾的爆發低于臺灣的其他地方，也正因為如此出現了臺灣土著中唯一的一個政權大肚番。
而在大本營一開始的建設中，華人就占據了主導地位，所以華人的城市村鎮都有完善的排水、排澇系統，極大減少了瘧疾傳播途徑蚊蟲的數量。但是隨著開墾的深入，大量的華人被迫離開相對安全整潔的城鎮，進入潮濕悶熱的叢林和沼澤地，讓瘧疾問題瞬間爆發。
疾病帶來的損傷，一度制約著社團的發展，畢竟每一個來自大陸的華人都是寶貴的技術力量。即便他們不是鐵匠，木匠等匠人，但相對于土著來說，男人都是經驗豐富的農夫，女人也會縫紉裁剪等工作。
瘧疾問題從一開始得到了社團的重視，但是重視并不代表就能夠解決。李明勛從英國東印度公司那里獲得了金雞納樹的種子，金雞納樹作為這個時代治療瘧疾的神藥，一度讓李明勛欣喜若狂，但是金雞納樹需要成長七年才能夠成熟，皮方可入藥。而青蒿雖然也能夠治療瘧疾，但是效果并不是那么的明顯。
社團經過調查發現最容易得瘧疾的工作是伐木和修建水利，特別是修建水利，工作地點主要在河流和沼澤地，那里蚊蟲云集、環境惡劣，而伐木工人還可以通過臺灣特產的樟腦熏蚊蟲等方式防治。
社團在防疫和治療疾病方面沒有建樹，又必須擴張領地的情況下走向了另一個極端，那就是大量抓捕奴隸來進行危險性工作。
世代居住在悶熱潮濕的環境中的土著，他們對抗瘧疾等熱帶亞熱帶疾病的能力遠遠超出了華人。所以阿海命令趙三刀，盡量向北拓展，一則奪取土地，二則抓捕奴隸，而社團也通過與東南亞各個蘇丹國的貿易，大量購入戰爭中捕捉的俘虜作為奴隸，編制成專門的奴隸營從事種植園開墾、水利建設、乃至礦山開采等活動。雖然，仍舊有大量的人口在惡劣的環境中喪命，但是社團的損失卻大大降低了。
對于趙三刀和李山等人來說，這次交接已經結束了。接替趙三刀的李珊將要繼續執行趙三刀制定的開拓計劃，抓捕奴隸的同時注意基隆港的西班牙人。但是對李明勛來說，奴隸帶來的問題才剛剛開始。
社團的高層對于努力的態度是非常支持的，畢竟這種近乎免費的勞動力能夠大大降低各部門的成本，但是奴隸并不只是男性勞動力，還有女奴，很顯然對女奴擁有完全支配權的社團雇員完全可以為所欲為，現在這個問題還沒有顯現，但是在不遠的將來會出現大量的混血兒。
在遙遠的美洲和左近的東南亞地區，來自歐洲的殖民者并不反對混血兒的出生，只是把他們的地位放在了歐洲本土人和殖民地誕生者后面。遠遠高于奴隸和當地的居民。而荷蘭人甚至鼓勵與華人和日本人通婚。
但是李明勛清楚知名者這般做是為了盡快的獲得忠誠于自己的人口，而社團卻沒有這個迫切需求。未來會有源源不斷的大陸移民來到臺灣，特別是大明王朝搖搖欲墜的情況下，移民潮只會越來越洶涌。等到來自大陸的移民把臺灣塞滿的時候，或許華人與土著的混血兒還沒有長大。
所以李明勛對于奴隸的使用持審慎態度，他規定在社團控制的所有范圍內，所有的奴隸全部屬于社團所有，禁止私人擁有奴隸，自然禁止買賣奴隸，而社團的合作伙伴使用奴隸則是以租借的方式。
李明軒并完全不禁止公民與奴隸結合，但是要求，一旦女奴懷孕，肇事者必須對此奴和其腹中子負起責任，收為妾室。并以原價的三倍為女奴和腹中的孩子購買公民權。而拿不出贖買金的公民會被列為奴隸，沒收全部財產。