清軍再差也不可能像明朝那樣一年之內收稅三次，共計五年的賦稅，還縱容海盜亂兵搶掠。顯然，除了大規模的屠殺，很難能比明軍表現更差了。
在全員惡人的情況下，廣東百姓和南方其他地方的百姓一樣，選擇了一個不太混蛋的混蛋，也讓光復廣東變成了一種奢望。
清軍與聯軍像是兩個進行了幾個回合的拳擊手一樣，紛紛回到屬于自己的角落休整，準備一下輪的戰斗，既然大規模的休戰成為了既定事實，那就有時間和空間進行對軍隊進行改制和整頓。
先是權柄，林士章從廣東巡撫淪落為粵西巡撫，只有粵西四府和肇慶一塊小地盤在掌握之中，但權柄卻是更重，在紹武和永歷相爭的時間，林士章就在社團的支持下對瓊州和雷州的官將進行大換血，大量林姓、海姓的文官執掌了二州行政財政，而二州轄制內衛所和將帥也被黃蜚的義子和袁時中的把兄弟控制，可以說，瓊雷二州已是自成一體的藩鎮，而林士章顯然還不滿足，在成為廣東巡撫之后，廉州、高州也在控制之中，林士章不僅要擴大地盤還要更大的權柄。
林、黃、袁三人已經形成了一個巨大的政治軍事聯盟，林士章直接向瞿式耜討要任命官員和將領的大權，目的就是讓粵西這塊地盤針插不入，水潑不進，用林士章的話來說，他要按照自己的節奏自己的判斷去抗清，不受任何人的影響。
瞿式耜對瓊雷二州也有了解，林士章有大義名分也有軍事力量支持，已經在二州清理了軍屯，強迫大戶縉紳上繳往年欠稅，可謂大權獨攬，瞿式耜想改變這一切也是晚了，而黃蜚更是暗示，在永歷這里得不到的東西，可以在魯監國那里得到。
最終，瞿式耜選擇了妥協，給了林士章想要的一切，粵西事實上藩鎮一方，宛若一個小朝廷，除了名義上尊奉永歷皇帝，每年給永歷朝廷三萬兩白銀的賦稅，其余完全自主，而正是這樣一個政策自主的獨立王國，則是社團愿意合作的對象。
按照李明勛規劃，既然明軍處于守勢，那么就不會把主要的兵力投放在這里，在規劃中，社團在廣東投入九個營，其中三個步兵營，一個6戰營，兩個守備營，一個開拓營和兩個炮兵營，共計一萬五千左右的兵力，囊括了粵西、香港和瓊州三條戰線，香港依舊是兩個守備營，步兵炮兵各一個營的規模，而瓊州則有一個開拓營在五指山中抓捕生黎，穩定地方局勢，為石碌鐵礦人手，高鋒則主管粵西防線，麾下兩個步兵營和6戰、炮兵各一個營，但是李明勛把本土來的兩個新營伍安插起來，把兩個精銳營伍帶回本土休整。
在粵西，社團有七千人馬和一支駐守海陵島的分艦隊，而明軍則比較慘，當初洪天擢帶來的廣西兵只留下了兩千人，其余歸屬林察，要去郁林州，即便逃竄到高州、羅定一帶的惠州總兵李士璉率軍來投，帶來了兩千人，但精兵也只有七千，好在林士章動員了一批衛所兵加入其中，使得正兵過萬，有招募了五千義勇助戰，讓粵西防線總兵力達到了兩萬余。
從陣線上來看，精銳的社團6軍鎮守前線，6戰營與分艦隊駐守海陵島，6軍兩個營和兩千義勇、一千正兵駐守陽江縣城，前線士卒的糧餉由社團供給，所有明軍，無論義勇還是正兵，都按照社團最低的下等兵餉銀，月餉二兩，吃食用度由軍需供給，這消息一出，很多明軍都愿意前來。
明軍與6軍并肩作戰久了，對社團精兵待遇極為艷羨，雖說沒有出戰、開拔等銀子，但每次餉銀是統帥部的軍官親自到手里，武器精良不說，平日吃用也是極好，頓頓有肉，隔三差五的還有酒水犒勞，當初在廣州，很多明軍想前來投靠，但都不被接納，有些索性脫了身上的明軍軍服，跑到勞工營里，至少弄了不少油水填飽肚子。