李明勛是不是開導自己，西蒙斯等人不太清楚，但是最終東南變亂卻是戲劇性收場的，按照安全局的情報，在沈廷揚原封不動傳達了李明勛的話后，鄭成功氣急敗壞，但是這個識時務的國姓爺可不敢挑釁李明勛親手制定的規則，因此只得按照命令，交出金、廈二島。
鄭成功一面派人悄悄聯絡施瑯軍中的監軍和周氏兄弟，一面派遣大軍南下金夏清剿叛逆，可最終的結局是，施瑯殺了鄭成功的監軍，直接向漳、泉一帶的滿清軍隊投降，引滿清軍入廈門、金門，幸好島上的守軍多與滿清有血海深仇，而短短一個月的時間，施瑯也沒有掌握這支軍隊，在周瑞兄弟的率領下守軍竭力對抗，只是福建沿海，水師以施瑯部為首，金夏守軍只得固守，而鄭成功率水師來援，最終結局也只是撤出島上軍民，返回了舟山，金、廈二島落入了滿清手中。
毫無疑問的是，鄭成功要為金、廈二島的失陷負責，因為他根本沒有為這二島與清軍死戰的計劃，鄭成功知道，守住二島最終也是要交給鄭彩，這種沒好處的事他可不會去做。
施瑯的叛變讓東南變亂戛然而止，金夏易手的責任再難怪罪到鄭成功的頭上，在鄭成功的宣傳里，施瑯本就是叛逆小人，蒙蔽了國姓爺，早前就可能投靠了滿清，借助南下金夏的機會，故意火并，意圖挑起國姓與鄭藩、合眾國的內戰，其心可誅，國姓更是公告天下，必要誅殺此獠。
東南變亂導致合眾國的東南藩鎮盟友的地位變的岌岌可危，舟山藩鎮此刻有陸師沒有水師，而鄭藩有水師沒有陸師，雖然鄭彩提議舟山各藩鎮一起出兵收復金、廈，日后共享福建沿海，但是被舟山藩鎮拒絕了，鄭成功鐵血專權，鄭彩心胸狹隘，都是容不得人的，這些軍閥不想在這二人下聽令，自然也不會幫助鄭藩，一時間，這群盟友沒了根據之地，只能等著兩廣會戰后，聽李明勛安排了。
兩廣會戰從永歷七年的十月中旬一直打到了永歷八年的二月上旬，一開始勝利的進軍在東南亂起之后戛然而止，畢竟有三萬盟軍因為東南變亂而無心作戰，雖然他們不承擔主要作戰任務，但老家失陷讓軍心大損，在很長一段時間里，清軍與盟軍在深圳大營鏖戰不休，雙方誰也奈何不了誰。
而這段時間也給了合眾國集結兵力的時間，當舟山的消息傳到香港，李明勛的第一道命令就是堅持收復兩廣的政策不動搖，他深刻的意識到，合眾國還不具備同時解決兩廣和東南沿海兩場戰爭的能力，兩頭顧及，兩頭可能都不討好，與那些只顧著走私賺錢的東南藩鎮相比，奪取兩廣培養瓊藩和晉藩兩大盟友更具有價值。
在三個月的時間里，李明勛從調來北洋戰區陸軍第二師的一個步兵旅和一個騎兵團，加強兩廣戰場，并且把剛剛完成整編的陸戰隊第一旅從臺灣調集到兩廣，如此，盟軍又相當于多了一個陸軍師的兵力，大規模的進攻從二月中旬開始，李明勛誓言要在廣東濕熱的夏季到來之前結束主要戰事，這樣可保證秋季稻可以順利播種產出，今年瓊、晉二藩可以順利收到秋稅。
盟軍曾經試圖阻止混編步隊一點點的啃下深圳大營，披了兩層甲的西營老兵，手持手榴彈和手槍的擲彈兵，懂的爆破、格斗和槍法的戰斗工兵，另有輕榴彈炮和獵兵的支援，這樣的進攻步隊在清掃戰壕的過程中發揮了重要作用，在塹壕戰中，雙方的傷亡比率一直在六比一以上，但實際上，并不超過三比一。
塹壕戰開始之后，臨時制造的爆炸物、鐵蒺藜、毒煙彈和竹簽子，一系列惡毒的陷阱設置在了清軍壕溝之中，從戰場上下來的士兵飽受毒煙彈里的巴豆、砒霜，竹簽子、鐵蒺藜上沾染的馬糞馬尿和被鐵釘、碎石撕開傷口的傷害，許多人因為內傷、外傷死在了后方野戰醫院的帳篷里，塹壕戰形成了以命換命的局面，當清軍把綠營兵和民夫頂在前面的時候，李明勛和李定國知道，這種戰爭要停止了。