因為每年有很多人朝拜，宗教局免除了所有信徒的朝拜的宗教稅，但是卻委任經學院出身的阿渾出任麻扎的謝赫管理人，主持宗教活動，負責宗教教育的伊瑪目、穆艾津也都是經學院出身，也是從朝拜麻扎開始，西域的天方教開始了本土化、世俗化。
天方教反對崇拜一切人或者物，朝拜麻扎本身就是違反了教義，而隨著朝拜儀式的豐富，懸掛羊皮、掛旗幡、立高桿這些薩滿教、佛教的因素開始了介入。
阿帕克或許從未想過自己會死在巴爾斯手中，更沒有想到死后會得到敵人賜予的榮耀，當然，更不可能想到自己的尸體會成為帝國統治和改良西域的工具，當然，他也沒有遺憾，因為他一生的敵人，一生想要殺死的人，黑山派的阿都拉和卓很快也來陪他，二人的麻扎也相距不遠，永遠相伴。
隨著阿克蘇河之戰的結束，天山南路的大戰也結束了，收尾工作自然有司馬依去完成，當然，現在他不再是伯克，而是司馬依大汗了。戰爭結束后，司馬依帶領軍隊和陳端率領的一支帝國騎兵直接前往了葉爾羌城，這一路基本是武裝游行，抵達都城之后，陳端宣布皇帝圣旨，赦免所有參與叛亂的人，無論是領主還是教民，而司馬依也鄭重發誓，絕對不會戕害任何一位叛亂分子，之后便是入城。
入城之后，司馬依先放歸了部分俘虜的領主，隨即召開忽里勒臺大會，這是源于成吉思汗時期就有的會議，集結所有的實權領主和貴族，商討戰爭、繼位等大事，一般來說，先汗任命的繼承人必須得到忽里勒臺大會的承認才有效，而當兩者矛盾的時候，以忽里勒臺大會的推舉結果為主。
顯然，沒有人是司馬依的對手，司馬依得到了所有人的
支持，成為葉爾羌大汗，而陳端也宣讀了承認司馬依為大汗的圣旨。
司馬依成為大汗后，一方面承認了帝國對哈密和吐魯番的占領，理由除了酬謝帝國出兵平叛再就是作為巴拜屢屢侵擾帝國邊境的賠償。而在另一方面，司馬依大汗痛斥了葉爾羌汗國自立的其他領主，宣布對未與會的領主進行討伐，主要就是喀什噶爾以西的那些領主，維護汗國的疆土。
獲得了汗王位置的司馬依伯克前往了哈密，得到了林君弘的接見，
成為汗王之后，他比過去更恭敬了，奉上了寶石、金銀作為對林君弘的私人謝禮，對于這些東西，林君弘自然不會拒絕，而是問道“司馬依大汗，我聽說在忽里勒臺大會上，最支持你的人是阿都拉和卓，對嗎”
“是的，就是這個叛徒。”司馬依淡淡說道，看不出高興還是憤怒。
林君弘問“有人告訴我，您已經原諒他的背叛了。”
“不，殿下，我沒有，他背叛的不只是我，還有帝國，我沒有資格原諒他，只有您原諒他，我才能原諒他。”司馬依很清楚自己的地位，小心解釋著。
林君弘微微搖頭“我是個小肚雞腸的人，可沒辦法原諒他。可是他不知道這件事，你知道嗎，他派了使者來，帶來了信件，大汗可以看一看。”
司馬依小心拆看了信件，瞬間怒不可遏，罵道“這個叛徒，您沒有追究他的罪責，他還敢提出如此狂妄的要求，簡直該死”
實際上，在葉爾羌汗國，阿都拉找到了司馬依，坦誠了自己的一切，當然，給巴拜伯克送信的事他說是徒弟不小心被巴拜汗捉住，才泄露的。由此希望得到司馬依的原諒和支持，司馬依實際上也不愿意深究阿都拉，阿都拉的背叛沒有造成壞的后果，在沙漠里差點失去水源的是西征大軍又不是他司馬依的軍隊，所以司馬依想要利用阿都拉，在汗國內部進行統治。司馬依很清楚，先汗阿布都拉大汗能創造中興時代，就是靠了阿帕克父親的幫助，當然，司馬依也計劃在統治穩固后除掉阿都拉，以免出現先汗時代，宗教領袖反客為主的情況。