手里有一支現成的力量，趙昺當然不能放過。因此戰兵脫離艦船部隊，獨立成軍毫無疑問的勢在必行。由此下船的戰兵數量將有兩萬人左右，正好可以編成兩個師，但他打算仍將陸戰隊劃歸水軍司管理，算是其一個分支力量，畢竟他們還需依托水軍完成跨海登陸及需要其火力支援，而編制暫時先參照步軍進行設置。
解決了水軍劃分的問題，趙昺面臨的是如何對各種戰船進行編組。當下瓊州水軍戰船按照噸位大小劃分，有百石以下的小船，也有萬石的大舟，跨度很大。其中最多的是介于千石至兩千石之間的戰船最多，其次是五百石至千石的舟船，多數都是繳獲的戰船或商船通過改造入列，標準也難以統一。
如果按照作戰性能劃分，既有用于突擊作戰的龜船，也有專門用于火力打擊的火箭船和炮船，還有綜合性的大、中型戰船及輜重船、運輸船、醫療船。另外就是偵察和巡海用的哨船，轉運人員的小艇等等專用船只，此外還有自己的巨舟，當然這只是趙昺自己的分法。
這個時代還有名稱各異的戰船，作戰時位于最前列的戰船叫“先登”；還有狹而長的沖擊敵船的戰船“艨艟”；有又輕又快如奔馬的赤色快船叫“赤馬”；此外，有上下都用雙層板的叫“檻”，四面設板防御矢石，其內如牢檻的重武裝船。還有主力戰艦露棧、冒突、戈船等等。樓船、戈船都是大戰船，此外還有號稱更大的船，豫章大舡上面起宮殿，可載萬人。當然“萬人”也許太夸張了，千人還是可以做到的。
趙昺想想還是按照用途劃分比較合適，這樣即使作戰的需要，也便于統一調度和訓練。于是他將三千石以上，自持力時間長，并具有遠航能力，配備弩炮和火箭發射器，可獨立作戰的戰船稱作甲級戰船支隊。這樣既可作為一個編隊的旗艦，也可以自行編隊進行遠海作戰。
三千石以下，二千石以上的戰船稱為乙級戰船，這類船戰船用途很多，既可以作為運輸船，也可以作為火力艦，還可以作為護航之用，是水軍的主力戰船。于是趙昺將這些中型船和用途相同的兩千石一下，千石以上的丙級戰船混編成運輸支隊、火力打擊支隊。可以根據需要編隊進行作戰，也可以獨立使用。另外趙昺還將龍船編成突擊支隊，近海巡查支隊等。
趙昺計劃針對戰船功能不同制定相應的訓練計劃，使用統一的標準和條令進行專業訓練，然后通過與其它戰船根據任務的不同進行合成演練，從而形成戰斗力，作戰時就能根據作戰形式抽調各種戰船組成編隊，而不是烏龜、王八一起上的局面。
戰船各自編隊了，但是也不會都給他們單獨建個水寨，趙昺計劃將三個水營變成水警區，平時戰船依托各個水警區進行訓練和駐泊，作戰時根據任務從各個水警區抽調戰船組成大小不同的分艦隊出海，當然船到哪里便要接受這個水警區的管理和指揮。接下來趙昺又對各種戰船進行定崗定員，確定職級，以便作戰時不會出現混亂，不知道該聽誰的