抓捕順利完成，趙昺也松了一口氣，聽著外邊陣陣的爆竹聲，顯然城中百姓并不曉得宮中剛剛經歷了一場兵不血刃的戰斗。但他是無緣了歡樂了，對于被抓捕的人員要盡快的進行甄別、審訊、收集證據，為定罪做好準備，同時要從各部和州府地方官員中抽調人員參與審訊，駐鄂州文武主官皆要聽審。這樣一來既可體現公開、公正，免得被人說成莫須有；另外也以此作為警示，讓他們現場接受下教育。
在解決了威勝軍這個威脅之后，趙昺立刻詔令尚駐扎在瓊州行朝派員前往漳州、建安等閩廣地區改組州縣地方官府，清除秦林鋒的殘余勢力，進一步查找、收集其犯罪證據。而他之所以沒有從鄂州及臨安方面調派官員，一者現在秦林鋒被控制的消息還沒有傳開，趁其同伙還未反應過來宣旨強勢入駐；二者瓊州離閩廣最近，可以及時趕到控制形勢。
與此同時要取消威勝軍軍號，但對所部軍兵妥善處置。趙昺的意思是經過甄別后，對老弱軍兵發給遣散費歸鄉，青壯整訓后打散補入禁軍各部。可江鉦提出不同意見，他以為以其將威勝軍打散，不若將他們改變成屯駐地方的獨立師，即可以鎮守地方，也可減輕禁軍的壓力。
趙昺想想深以為是，禁軍是征戰的主力，而現在卻還要承擔鎮戍地方的任務，這等于分散和削弱了禁軍的戰斗力。另一方面在以后相當長的一段時期內戰事仍頻，不僅要抵御蒙元的反撲，還要繼續復國之戰。使得禁軍不可能久駐一地，要隨時接受調遣備征。于是他令江鉦編制湖廣及江西兵要及兵力配置曁要，報于兵部，待集議后再行定奪。
另外鄂州及江陵兩地共俘敵近四萬人及龍興水軍一部，降軍中所有蒙古人及色目人皆被處死，除部分新附軍及老弱自愿返鄉外，大部分北人皆留置軍中。趙昺早答應陳奕的要求，準其返鄉，并賞賜其田地二十頃，錢五萬貫。同時從董義成部抽調骨干，以龍興水軍降兵為基礎改編為荊湖水軍，并以其兼任統制，年后移駐岳州洞庭湖進行整編，并對繳獲的戰船進行改造。
此外還尚有二萬多人的降軍，趙昺建議也將他們編成兩個獨立師，一則這些人必定是當過兵的，熟知軍旅，又有作戰經驗，比之那些新征募的新兵能夠更快的適應軍旅生活。不利的是他們要重新適應宋軍的規則和作戰方式，尤其是宋朝失去中原已經百余年，北人對大宋朝一直視為敵國，要想從心中改變他們的思想并不是件容易的事情。
但是趙昺以為自己終將面對這一切，當戰場轉移到江北的時候，物資和兵員補充都需要就地解決，摸索出一套改造其的方式和經驗。并可以在接觸中更進一步的了解蒙元軍隊的訓練和作戰方式，及兵員的征用、物資調撥的運作方式，總結出一套適合自己將來在中原地區作戰的戰術。
沒有遠慮必有近憂，對于小皇帝的考慮大家深以為是，畢竟在奪取江南后形勢與作戰方式將發生很大的變化，那么己方的戰略和戰術都要進行轉變。而此前在瓊州實施的是決戰海上為主，陸地防御為輔作戰方針。但是在那時候，小皇帝就開始針對江南的地形進行登陸作戰，山地和水澤地帶作戰及野戰進行訓練，并通過小規模的實戰積累經驗，這才有了今日一連串的勝利。
但是到了江北以至中原地區，以步軍為主的宋軍將面臨著巨大挑戰，那里不及江南水道縱橫，他們可以憑借水上的優勢，以戰船為機動工具快速的到達戰場，進行增援和補給。而江北氣候與江南又有很大的差異，雨季和旱季水文情況變化很大，冬季江河更會結冰，那么他們這種依托強大水軍的作戰方式就難以適用。
另外內陸地勢平坦、遼闊，步軍作戰在沒有城池和山地、河流依托的平原上作戰，時刻會受到敵騎兵的突襲，交通被截斷，導致物資難以運輸，沒有了補給大軍終將不戰自潰。但是蒙古人卻可以在沒有后勤供給的情況下千里行軍作戰，這其中也是有可以借鑒的經驗。同樣也可以從中找出敵軍的弱點，畢竟沒有人不吃不喝可以活過十天的，而這些曾與蒙軍長期配合作戰的敵漢軍就是最好的活教材。
在江南行政區劃和戰區設置上，趙昺打算仍然暫時采用元廷的行省制，不過當前只能體現在軍事上，能否在行政區劃上使用還得在回京后進行集議。他認為元行省制是古代多民族統一國家發展壯大過程中中央與地方權力結構不斷調整、完善的產物，并非單純的中央集權或地方分權。
而元行省制的歷史價值在于它創立了一種以行省為樞紐，以中央集權為主，輔以部分地方分權的新體制。該體制有具有兩重性又長期代表中央分馭各地，主要為中央收權兼替地方分留部分權力，所握權力大而不專。且元代的行省制引起了中央與地方權力結構的較大變動，就中國的歷史環境、具體條件而言，中央集權比地方分權的合理性與進步性明顯多一些，當前社會和后世，乃至現代影響至深。
趙昺清楚自隋唐以降，中央集權逐漸取代地方分權割據，也表明了這種優勝劣汰的歷史選擇。但極端的中央集權很大程度上又是以中央對地方政府無所分畫和無所寄任為基礎的，是與皇帝專制制度相適應的歷史產物，從這種特定性質、目標及消極后果來看，兩宋式的極端中央集權并不是古代中央與地方權力結構的最佳模式。從當前國情看，以中央集權為主體，適當添入地方分權的若干內容，應是比較合理和有益的