作為皇權的干城，在隸屬關系上也和怯薛之間聽命于皇帝不同，侍衛親軍由各衛都指揮使司掌管，除東宮、后宮衛軍外，均隸屬于樞密院。其功能大致有以下幾項第一，作為常備軍，防守兩都及附近地區。第二，作為控御地方的中央武力，逢有反叛，出征討伐。第三，非軍事時期，屯田自給軍食，減輕國家負擔。第四，承任兩都營建、修繕等勞役。
所以其一方面由于它的機要性，使它在君主專制統治中占有重要地位，能否有效的控制禁衛軍軍權以及以何種方式進行控制，是衡量專制君權強弱興衰的一個重要標準。另一方面，由于侍衛親軍是京畿地區的主要武力，地近宮闕，成為元廷的安全屏障。隨著元朝統治者對中原漢地統制和開發，在怯薛的軍事功能逐漸蛻化的情況下，侍衛親軍成為元軍的中堅力量，已經逐步取代了怯薛作為全軍大中軍的軍事地位。
根據各方面的情報，趙昺基本摸清了侍衛親軍的情況。忽必烈于至元年間組建了十二衛侍衛親軍，其主力以漢軍為主。同時，又建有色目人和蒙古人諸衛，將原來隸于蒙古軍籍的色目“諸國人之勇悍者聚為親軍宿衛”，每衛設親軍都指揮使等軍官統轄。
漢軍五衛由前、后、中、左、右組成，除了各地漢軍外，還篩選宋降軍精銳著入充，每衛萬人。屯營地均在大都以南，前衛屯營在范陽，后衛建營于白雁口，中衛建營在漷州，右衛建營在永清縣，左衛建營在東安州，永清縣東。此外又建隸屬于清運糧萬戶的海口侍衛，建營直沽海口，計兵員六千人，給田十萬頃屯駐。
色目衛分左、右，欽察衛親軍都指揮司，以土土哈統領，設行軍千戶十九所，屯田三所，統軍在一萬五千到二萬人之間。其中欽察軍以善戰著稱，尤其在滅宋和平定海都、乃顏叛亂中戰功卓著，建營在清州；哈喇魯萬戶府，以蒙古軍西征時隨阿爾斯蘭歸附成吉思汗的部分士卒，以及匣答兒密里歸順時所率的翰思堅國三千哈剌族兵組成。
在元代貴赤衛和昔寶赤衛也就是打捕鷹坊人戶，多取析居、放良及漏籍勃蘭奚，還俗僧道與凡曠役無賴者等戶為之，入元后又多有蒙古、色目人充任，康安人明安統領，領百戶八十員，統軍在五千人，建營檀州；隆鎮衛是由各色目衛軍士中抽取人員組成，又分欽察、唐兀、西域、左右阿速諸位軍三千人，并舊漢軍六百余，建營居庸關，屯東西四十三處，共四千人。
元朝統一后蒙古軍隊鎮守漠北以及由諸王分領，留在中原地區的不多，其中編入侍衛親軍的一不多，先后只建立了四支蒙古衛軍，其中三支隸屬于樞密院，由左、右翊蒙古侍衛親軍都指揮司。左翊侍衛親軍設百戶六十二愿，統軍四千人，建營滄州；右翊蒙古侍衛設百戶一百零九員，統軍在七千人，建營武清。
東宮侍衛為忽必烈為真金所建，蒙古侍衛親軍為五投下探馬赤軍組成，又分取侍衛親軍一萬戶組成，統兵在八千余人，建營于易州。真金繼位后，作為他的班底又得到加強，具體的情形不明，估計人數大為增加，實力也成為侍衛親軍諸軍之首