但是這種制度在南朝復國的戰斗中被打破，以漢軍和新附軍為主體的江南諸都萬戶元帥府幾乎全軍覆沒。而后的北侵之戰中，以山東河南蒙古都萬戶府和荊襄萬戶府的衛軍遭到毀滅性打擊，宿衛京畿的侍衛親軍也受到重創。
在此情況下，元廷不得不調草原宗王軍入衛中原，并重建侍衛親軍。而受制于經濟制度和國家制度及政治局勢，真金試圖建立的以宗王軍充當戍守宋元邊境，重新攻取兩淮的主力，以侍衛親軍遏制草原諸王，宿衛京畿的構想，在其死后，很快就趨于崩潰。
朝廷財政困難無法供養這么多軍隊，入衛的宗王軍又不適應農耕，最后只能讓地方行省供養。而屬于行省管轄的地方衛軍由于兵餉微薄、兵力不足、士氣消沉，沉重的賦役導致軍戶大量逃亡，已經是名存實亡，無法承擔其戍衛地方的職責，只能出錢雇傭那些民團來平亂剿匪。
至于那些宗王們在自己的封地內為所欲為，私征賦稅，強搶良田，擅自頒布政令，對朝廷陽奉陰違，甚至縱兵過界劫掠富戶。而臨邊的宗王還勾結不法商人參與走私，販賣人口，倒賣軍用物資，甚至向南朝倒賣嚴禁過境的戰馬。
正如賀惟賢所言行省官員不能禁止，他們或是徒嘆奈何，或是干脆與宗王們坑愜一氣，充當其的幫兇。他們的妄為使得地方政治糜爛，盜寇橫行，百姓怨氣載道，動亂不止。而這些又成了他們濫用武力的緣由，向朝廷邀功請賞的籌碼。
對利益的爭奪，使得宗王間矛盾重重，相互間明爭暗斗無所不用其極，僅發生千人以上的沖突就不下十幾起。而這種情況下，指望他們在南朝大舉入侵的情況下，相互配合和支援好像是強人所難了。
面對這種混亂的情況，朝廷也沒有什么好辦法，可又需要這些宗王衛軍守邊抵御南朝的進攻，只能睜一眼閉一眼。在去歲干脆一紙圣命任命這些宗王們為封地的達魯花赤，兼管地方行政，可以任免官員。如此一來他們就成了真正的土皇帝，行省制度已經是名存實亡了。
“樞帥此去總領前方軍事，在此局勢下真是為難你了”見闊里吉思面色陰沉，賀惟賢輕嘆聲道。
“知天命盡人事罷了”闊里吉思也意識到指望這些衛軍是難以遏制日益強盛的南朝，更無法在可能隨后爆發的北侵戰爭，他有些無奈地道。
“樞帥，當下局勢雖然看似難以收拾，其實還是有轉機的，但這也需要大汗的支持和強硬的手段”賀惟賢想想緩聲道。
“哦，賀萬戶還有好的辦法，快快講來”闊里吉思聽了急問道。
“既然行省已經難以維持，干脆就重立都元帥府，將宗王衛軍及地方戍衛軍置于其下，重整軍備，統一調度，或許還能撐過這段艱難的時期”賀惟賢鄭重地道