艾吉奧回到弗洛倫薩，成功奪回蘋果。隨著艾吉奧收集的阿泰爾密函越來越多，刺客組織也從中拼出了一個世界地圖并通過蘋果找到了更多的神秘地點。艾吉奧為了進入地下密室，獨自闖入西斯廷教堂，擊敗了教宗亞歷山大六世并打開地下室的隱藏通道，從先行者口中得知了人類在未來將會面臨重大災難的預言。
艾吉奧和叔叔馬里奧回到了蒙特里久尼，但這里再度遭到圣殿騎士的攻擊，叔叔馬里奧被殺，艾吉奧中槍逃走，金蘋果也再次落入了圣殿騎士手中。
艾吉奧來到羅馬，不斷地削弱圣殿騎士的勢力，奪回金蘋果的艾吉奧在蘋果的指引下，把它藏在了羅馬斗獸場下的神殿，等待著五百年后某個人的出現。
艾吉奧穩固了刺客組織在意大利的勢力，將整個刺客組織發展壯大。在某次閱讀叔叔馬里奧的文檔時，艾吉奧發現了一封他父親的來信，提及了一個隱藏在著名刺客阿泰爾出生地馬斯亞夫的秘密圖書館。
艾吉奧踏上了前往馬斯亞夫的旅途，經過了整整十個月的長途跋涉才最終抵達。但意想不到的是，迎接他的竟然是大批的圣殿騎士。在幻覺中，艾吉奧看到了一名白衣刺客，也就是宣傳CG中的那一幕。
成功逃離后，艾吉奧詢問了被圣殿騎士劫持的工人，知道原來這些圣殿騎士也在尋找進入圖書室的方法。
在馬可·波羅的父親尼克羅·波羅書籍的指引下，艾吉奧不斷地搜尋馬斯亞夫的鑰匙，還在君士坦丁堡卷入了拜占庭王室的內部斗爭之中。
這些馬斯亞夫的鑰匙從造型上來就是一張張散發著金光的圓碟，顯然是先行者們科技的產物，這其中也蘊含著阿泰爾的記憶，這些記憶是戴斯蒙之前也沒有見到過的。
原來，阿泰爾晚年在馬斯亞夫建立了一個圖書室，把自己的一生簡述給尼克羅·波羅。同時，阿泰爾把刺客們派遣到世界各地，因為阿泰爾刺殺了成吉思汗引來了蒙古軍隊的報復，所以阿泰爾把自己的密函、圖書室鑰匙等給予尼克羅·波羅這位探險家，并希望有朝一日，有一名刺客可以找到這里。
在老宋以戴斯蒙的視角體驗這一切的時候，他的心情是復雜的。
艾吉奧成功打開了圖書室的大門，一路點燃墻壁上的火把。但，那里面卻是空空如也，只有過了那么多年依舊等待著的阿泰爾的遺骨。
在阿泰爾的記憶中，年邁的阿泰爾和自己的兒子道別，而后進入圖書室中，沉重的大門在他的面前落下。
阿泰爾顫顫巍巍地向前走著，將墻壁上的火把依次熄滅，把自己的金蘋果妥善地藏好。
【坐下來休息一會兒。】
視野中出現了一行小字，阿泰爾摸索著房間中央的椅子顫巍巍地坐了下來，看著手中的馬斯亞夫鑰匙，仿佛陷入了沉思。
但，鏡頭一轉，已是四百多年后。
經過無數的波折和坎坷，這兩位最偉大的刺客大師，終于見面了，以一種誰都沒有猜到的方式……
金蘋果亮起了光芒，在與先行者們接觸過這么多次之后，艾吉奧明白了，自己只是一個傳聲筒，他經歷了這么多，都只是為了讓戴斯蒙能夠通過自己的記憶，獲得先行者們的信息。
在游戲的最后，戴斯蒙獲得了先行者們傳達的信息，原來在數萬年前，地球曾經遭遇過一次恐怖的災難，而這次災難直接導致了先行者文明的滅絕。而現在，滅世災難即將再度降臨，而拯救世的希望，完全寄托在了戴斯蒙的身上……