因為木葉高層和宇智波一族的關系很微妙，在戰爭結束后，兩方勢力便開始了暗斗，木葉高層用著九尾入侵的借口，在村里散播謠言，說是宇智波一族的人控制的九尾，造成的奇襲。
雖然大部分的忍者都知道事情是小智做的，但普通村民不知道啊，而且小智也擁有寫輪眼，這些村民自然就認為是小智是宇智波一族的叛徒。
隨著宇智波一族越來越被村民們排斥，最終，宇智波的族長宇智波富丘，也就是鼬的父親，終于忍不住了，想要篡位，將火影的位置搶到手。
從小就知道戰爭的殘酷和經歷過九尾入侵事件的宇智波鼬，自然不希望再次發生這種大規模的災難，因此開始當起了雙面間諜，在暗部中，一方面給予宇智波一族虛假的情報，另一方面又將宇智波一族的情報交給了木葉。
隨同的還有他的摯友宇智波止水，只可惜宇智波止水是在團藏的手下做事，而團藏偏偏又是那種寧可殺錯一千，也不可放過一個的人，對于宇智波止水送來的情報，根本不抱有任何信任。
宇智波止水的寫輪眼是幻術系的，在三勾玉狀態時，就能夠控制一些同級的忍者，再加上速度其快的瞬身術，讓人對止水的幻術防不勝防，因此有了個瞬身止水的稱號。
再一次任務中，宇智波止水開啟了萬花筒寫輪眼，知道這件事情的人，只有宇智波鼬和團藏，在看到止水的萬花筒后，團藏終于忍不住了，想起小智控制九尾的那股瞳力，團藏的黑手，伸向了宇智波止水。
在一番戰斗下，宇智波止水的左眼在被團藏搶走后，勉強逃了出來，隨機將事情告訴給了自己的好友宇智波鼬，在得知了宇智波止水的事情后，宇智波鼬這才了解了宇智波一族和木葉高層之間的嚴重性。
將僅剩的右眼交給了宇智波鼬后，止水跳河自殺，親眼看著止水自殺的宇智波鼬，在內心痛苦之下，開啟了萬花筒寫輪眼，也是自宇智波斑去世以來，第四個開啟萬花筒的人。
宇智波斑是第一個，隨后是面具男，再然后是小智，止水，最后就是宇智波鼬。
為了防止木葉高層和宇智波之間的斗爭波及村
子，宇智波鼬在無奈之下，接受了木葉上層給予的將宇智波一族滅族的任務，其中也提了一個條件，那就是保護好他的弟弟，宇智波佐助的安全，宇智波滅族之后，鼬便加入了曉組織做木葉的臥底。
“宇智波一族的駐地分為abcd四個區域，角都和飛段負責a區，大蛇丸和宇智波鼬負責b區，鬼鮫和絕負責c區，我和蝎負責d區，至于阿飛自由行動，沒問題吧。”
看著宇智波一族駐地的地圖，小智將任務分配給了組織成員們，而眾人也都是認同的點了點頭，反正無論去哪一個區，都是一樣的。
“動作要快一點，雖然和木葉的團藏有著交易，但也不能防止對方會臨時反叛，這點要尤其注意，團藏這個家伙，為達目的不擇手段，大家要小心一點。”
說完后，小智一揮手，眾人便四散而去，負責各自的區域，而小智帶著蝎，一個月步，來到了木葉的上空，朝著d區飛去。