本次太學入學400名，按學生成份，高門大族分為甲班，寒門士子分為乙班。甲班也叫君子班，乙班也稱術數班。雖然名義上是分開了，但在太學中的主要課程中還是在一起上的，只有少量的專修課程才分開。
北朝太學的主要課程是經學，不像南朝玄學佛學都有。東漢到北魏立國，經書仍主要是以七經為主，包括論語、孝經、詩經、尚書、禮記、周易和春秋。其中論語和孝經是太學前主要學習和入太學主要考試的課程，進太學以后五經為課程基礎。
南朝也很重視太學，而且思維很開放，不拘泥儒家單一思想，玄、佛、道都接納。南齊武帝永明三年，王儉以宰相兼國子祭酒的身份，每十天到國子學一次，“監試諸生”，使衣冠翕然，并尚經學，儒教大興。梁國，五經學館的博士們皆精通儒學。賀瑒精通禮記，館中生徒常百數，弟子明經對策至數十人；沈峻博通五經，尤善三禮，講授時聽者常數百人。
北朝道武帝建國伊始，則以經術為先，置五經博士，到天興二年399年五經群書又各置博士，分科學習。每經的學習除傳統內容外，引入了經注的內容，現在比較盛行的經注有王弼的周易注、何晏的論語集解、杜預的左傳集解、杜預、服虔的春秋注、何休的公羊注、麋信的谷梁注、鄭玄的孝經注等。這些經注不受傳統思想束縛，將經學推到另一個高峰，無論北朝南朝都欣然接受。
除了五經大班之外，甲班的君子班另外學習琴棋書畫，又稱“四君子學”。其中一科為必修，其他三科為選修。此外圍棋對乙班開放，即乙班學生也可以選學。乙班即術數班另外學習一些內容，主要是術數、兵法和技擊。術數教授九章、七曜、以及前算生博士殷紹的四序堪輿等。兵法和技擊都是武官將來用的。太學規定，乙班的課程對甲班全開放。
小班課程教課的博士，有經學博士兼課，也有單獨的。如太學博士柳諧先生，既善于講毛詩又善于鼓琴。他在琴藝上功力突出，曲調與手法皆有獨創，弟子翕然從學。新晉升的博士魏收，善講春秋，長于辯論，還是個圍棋高手，兼講圍棋。
時下文人墨客，附庸風雅，喜歡技擊比賽和對弈比賽，所以太學也設了這兩科作為輔助，并參加官府定期組織的相應比賽。技擊兵法優異的虎賁羽林軍隊會選取做下級軍官或文職。
太學里每個經學內容由一至二個博士教授，每個博士占據一個學館，每個學館再配置兩個助教，這樣每個學館都有了對應的名字，如魏博士館、常漺博士館等，學生依據每學期報名上課內容，經常穿梭于各個教館之間，師從于不同的老師。
太學滿學制為年，每二年一次考試學滿兩年，試通二經補文學掌故；文學掌故滿二年，試通三經，推其高第為太子舍人。太子舍人二年，試通四經，推其高第為郎中。郎中滿兩年，試通五經，推其高第隨才而用。因此，通常新生第一個二年學度，都報名二經以上，這樣兩年大考試的時候，通過兩科的把握性大些。第二個二年學度，多數人把五經剩余的科目一并學習，并重點其中之三，好拔尖晉為舍人。不過除其特殊的天才，多數寒門不可能晉級太子舍人，所以四年太學生涯后，他們拿個文學掌故的文憑，回鄉補吏或改行。
太學的休息制度與官府一樣，每五天一休，月末根據大小月還有時候四天一休。以前歷朝官府要求各級官吏在四天上班時間必須全天值班在崗不得回家，但到魏晉以后開始寬松，各個部曹晚上輪流排班值日，其他人都可回家。不過太學院還是循舊制上學期間不得回家，只準半旬末的下午提前放學才允許回去。另外早課、正課、晚課，無論是講授辯論還是溫習輔導，要求老師都在，因此老師和學生都稱著休息的一天，回家、沐浴、游玩等。