而那些逝去的人，亦被莊重又嚴肅地予以紀念，深深刻在這段歷史中。
警校五人組同樣來了個聚會，萩原表示自己竟然被瞞著這么多，伊達航表示他好像完全被隔離在世界之外，他們笑鬧著，聚會進行到一半再度化為友情の拳腳\交流。
江萊并沒參加他們這段聚會，倒是用另一種方式聯系上鬼冢教官，透露地址和時間并誠摯歡迎鬼冢教官前往這場五人聚會，來個“巨大的驚喜”。
漫畫論壇紛紛尖叫著，一邊撒花一邊哭著說不要完結，各大文手畫手上陣，來了番最后的完結儀式。論壇群眾們開貼接龍，說著“永不離別”的話語。
既然旅途終有末點，故事總有結局，就在最后一刻獻上最誠摯的愛與感動。
江萊的洗腦治療套餐包隨遲但到，不過，與赤井那次不同，面對絕對配合的江萊，過程當然要溫和許多。
不過疼痛并不會因此減少，治療過程永遠是冰冷客觀的。
但是，在江萊疼得蜷縮成一團發抖、口中漏出絲縷喘息的泣音、生理性淚水從眼尾泌出的時候，身邊時刻有人輕拍與安撫著他，一邊又一邊輕聲細語、舒緩著他緊繃的精神。
為了防止江萊攥拳的指甲刺傷自己，同樣有人握住他的手，即使江萊用力收緊也不松開，傳遞著溫暖和耐心。
家人們和朋友們都陪伴在他身邊。
針對組織的覆滅行動大體結束后，便是漫長的追捕和各方利益分配、以及世界各地的炸\彈拆除進展。
那些犯罪分子的處決、組織資料的歸屬、實驗室的分配問題，都是接下來會議所要一一商討、你來我往的。江萊本身對這個不感興趣，不過，轉念一想小昭的情況后，還是重新提起精神，百分百凝聚起注意力參加了。
解除凍齡以及atx4869的解藥，都依然交給之前有經驗和部署的公安研究所來進行。有了江萊從組織里拿到的完整的藥物數據，解藥的幾乎是短短時間便被制作了出來。
在確保藥物安全后，江萊拿到了解除凍齡的解藥，遞給了黑澤昭。
他溫和地注視著黑澤昭，沒有多言什么，靜靜等待著對方的選擇。
銀發小少年有些發愣地看著手中那一顆小小的解藥。他一直期盼的長大就在眼前，而一旦他吃下這顆小藥片，一切或許就將發生翻天覆地的轉變。
“江萊哥哥。”黑澤昭遲疑地叫了一聲。
“我在。”江萊回答，他堅定語氣、笑道，“我一直在。”
黑澤昭抬起灰綠色的眼眸，注視著面前的黑發青年，輕風拂起他的發絲，溫柔地撫摸過臉頰，挾裹著青草和遙遠的花香。
銀發小少年慢慢露出一個燦爛的笑容“嗯。”
而后他毫不猶豫地拿起一側的水杯，喝下了這枚解藥。
缺失的童年早已被彌補，而未來還有家人們相伴。就算不在身邊，也是永遠的家人。
小昭已經可以從膽怯失去的殼中走出，成長為真正的大人了。
atx4869的解藥也被制造出來，給了江戶川柯南和灰原哀。曾經的東京救世主工藤新一終于再度回歸，小蘭的等待也終于迎來相遇的時刻，新聞上重新出現他年輕又有朝氣的面孔。
宮野明美還活著，灰原哀也喝下解藥、變為宮野志保，和姐姐相互陪伴。
柯南、灰原哀、黑澤昭離開帝丹小學，對少年偵探團孩子們的解釋是出國，孩子們雖然有些失落，但他們依然真誠祝福朋友們未來更好。
他們很快又迎來了新的朋友。新的學期重新分班，小夏目和小黑子轉到了少年偵探團的班級，并也加入了少偵團，大家一起歡快地繼續孩子們的破案游戲。
組織被搗毀，但是隱藏陣營的人還在，他們中的很大一部分是曾經的科研人員，經過高層們許久的討論，最終決定如當初那些人的愿望一般，恢復曾經造福人類的聯合研究所。