在控制了城區的各個咽喉地段之后，剩下來的事情便是逐戶清查，該抓的抓，該抄家的抄家了。當然城外的目標也沒有被忽視，比如位于會安城外以西兩里地的葡萄牙商會，就已經被王湯姆親自帶了一個連給圍上了。
根據錢天敦上次來會安的偵察結果，常駐本地的葡萄牙人至少有四五百，這些人絕大部分都是商人和水手，雖然不及華商勢大，但其武裝水平卻是大大高于華人，不但擁有大量的火槍，并且還自行在城外以商會會館的名義修建了一座堡壘式的建筑。由于南越朝廷在軍事方面有求于葡萄牙人，因此對于這些有逾矩嫌疑的行為一向是睜只眼閉只眼，不會主動干涉。
但海漢民團軍可不會像南越人那么好對付，這次出兵會安，有很大一部分原因就是要打擊葡萄牙人在南越的勢力。就算不把葡萄牙人趕盡殺絕，至少也要讓他們退出中南半島，為執委會的戰略規劃鋪好道路。錢天敦讓人拿了鐵皮喇叭，開始對葡萄牙會館喊話勸降。
但葡萄牙人顯然并沒有立刻開門投降的意思，事實上他們的求戰欲望似乎比正主南越還強烈一些。幾個葡萄牙人拿著火槍，從會館二樓向著外圍的民團軍陣地開槍。雖然以火繩槍的精度，零星射擊不太可能在百米外準確命中單兵目標，但這種作死的行為還是成功地激起了王湯姆的怒火。他下令終止勸降，將四門6磅陸軍炮推到陣前，對準了會館大門。
隨著兩聲轟鳴，會館的木制大門頓時被崩成了一堆碎片，甚至能夠隱隱聽到會館中傳來的驚呼聲。王湯姆并未立刻下令終止炮擊，而是讓火炮瞄著大門，繼續向會館里發射炮彈。在進行了十分鐘的連續炮轟之后，葡萄牙人終于在斷垣殘骸中打出了白旗選擇投降這倒不是他們畏戰，而是從會館里看到外面的進攻方已經將攻城用的48磅臼炮推到了陣地上，沒人會天真到認為會館的建筑比會安城的城墻更加牢靠，如果還不投降，那接下來可能就會被埋在瓦礫當中了。
商會會長愛德華多最后還是沒能逃過這一劫，他提前了一個小時就讓仆人本托去準備逃命的馬匹和錢財，但當他好不容易支開了眾人準備跑路的時候，卻發現那個平時蠢得嚇人的仆人竟然帶著他的銀箱和坐騎偷偷從會館后門溜走了
而這還并不是愛德華多噩夢的終點，在代表本地的葡萄牙人向攻方部隊投降之后，他才知道攻打會安城的這支軍隊就是老冤家海漢人。而代表海漢民團軍接受投降的王湯姆同時宣布，所有投降的葡萄牙人將得到人身安全的保障，但同時作為他們武力抵抗的代價，海漢民團軍將查抄他們在本地的財產。
這個舉措讓愛德華多等一眾葡萄牙商人頓時如喪考妣，作為搶遍全球的老牌殖民者，他們當然明白海漢人可不是因為商會的抵抗才要查抄自家的財物，而是本來就抱定了心思要搶一把戰勝方想要對戰敗方進行洗劫，總是能找到很多理由的。但他們已經選擇了投降這條路，絕大多數人也沒有勇氣再進行任何形式的反抗，何況王湯姆同時也宣布了，任何形式的反抗都會被施為暴動，而暴動的唯一下場就是立刻處以絞刑。
但人的作死精神真是與生俱來，就算葡萄牙人面對的局面已經如此被動，還是有膽大妄為者試圖要攪出一點水花。五名躲藏在會館旁邊倉庫中的葡萄牙人，試圖對民團士兵進行偷襲，可惜他們的身形暴露得稍早了一點，很快就被一擁而上的民團兵給按在了地上。
于是王湯姆的警告立刻就得到了兌現，五名葡萄牙人以暴亂的罪名被立刻除以絞刑。由于事發倉促，民團士兵們連絞刑架都沒有搭，直接借著路邊的大樹完成了行刑。