十八芝這次總共出動大小帆船八十余艘，參戰人員兩千余人，雖說規模似乎還比不上過去攻打中左所的幾次大型會戰，但這次出動的人員和船只都是經過了一定的篩選，船都是船齡短速度快的好船，人都是在福建海域征戰多年的老海狗，可以算得上是十八芝中的精銳了。
當然兵力越多把握越大的道理不是鄭芝龍不懂，實在是有心無力辦不到。十八芝說起來現在還有上萬成員，但這么多人就算窩在澎湖不動，每天的消耗也是一個極為驚人的數目，就更不用說打仗了。而十八芝近兩三年屢戰屢敗，非但沒有從戰爭中獲得好處，反而是開銷巨大，入不敷出。如果不是還有東北亞的幾條走私航線支撐著，說不定十八芝早就已經破產散伙了。
這次攻打南日島也是如此，雖然人有的是，但十八芝卻難以足夠的作戰補給。派出的兵力與能夠持續的作戰時間是成反比的，派出的兵力越多，所能在戰場上作戰的時間就越短，如果十八芝傾巢而出，那大概就只能來個南日島一日游然后就得趕緊回家了。經過各方面的權衡之后，才最終決定了派遣的兵力至少后勤補給方面能支持他們在南日島進行十日以上的作戰。
十八芝畢竟只是一群海盜，作戰紀律之類的約束十分松懈，光是這些人登陸集結，就足足搞了一個多時辰。等這一攤子搞完，天色也慢慢暗下來了。鄭芝虎雖然也對這種情況極其不滿，但他唯一感到慶幸的是對手并沒有抓住這個機會從南日寨出擊，否則以碼頭上這么亂糟糟的狀況，基本上不太可能很快組織起有效的反擊。
看著帆船緩緩駛離港口，錢天敦最后一次向甲板上的羅舞丹揮了揮手，轉過頭的時候臉上已經沒有絲毫笑意“傳我的命令，從現在開始，所有人員停止輪休安排。海軍巡邏保持十海里半徑，發現可疑船只立刻執行驅離，船長擁有開火決斷權。碼頭上的物資盡快都運進南日寨，通知明軍讓他們派人來幫忙，免得這些懶人閑出病來”
按照錢天敦的要求，福建官方要在開戰前給島上駐軍送來至少一個月的補給。這兩千人一個月的消耗也著實不是一個小數目，各種物資在碼頭上堆得小山一樣。守島一方有意沒在碼頭附近修筑防御工事，眼下開戰在即，自然是得盡快將這些物資統統都運進南日寨的庫房里存放起來。當然錢天敦并不會真的認為十八芝有能力在南日島上和自己對峙一個月的時間就算他們的戰斗力足以跟海漢抗衡，也難以組織起有效的海上補給線來維持參戰人員的作戰所需。如果十八芝真打算嘗試一下，那錢天敦也不會吝嗇讓手下的八條戰船給海盜們上上課，教教他們什么才是真正的海上游擊戰。
命令下達第二天，海軍的巡邏船就在海上與十八芝的船有短暫的交火。不過當對手發現自己船上的土炮連對手射程的五分之一都不到的時候，就果斷調轉船頭往東跑了。而巡邏船也并沒有追擊的意圖，他們所接到的命令就是驅離，以免這些海盜船輕松抵近南日島附近進行偵察。
五天之后，在外海游弋的海漢戰船發現那些隸屬于十八芝的海盜船開始在南邊的湄洲島附近集結，似乎有意要切斷南日島與泉州之間的海上通道。錢天敦認為這是十八芝即將發動攻擊的一個訊號，便命令海軍作戰船只將活動范圍全部回收到南日島附近五海里內，而其他后勤船只則是向北退到了十多海里外的平潭島一線暫時躲藏起來。
八月三日，在湄洲島附近海域聚集的帆船已經超過五十艘，但對方似乎并沒有要立即北上開戰的意圖，而是繼續在湄洲島駐留。
“五十艘船，應該也有上千人了，不過這點兵力肯定不夠我們吃的。”錢天敦趴在桌上一邊研究海圖一邊吐槽道“他們要來打南日島，起碼還得集結一倍以上的兵力才行。”