然而此時先期出逃的海盜船已經將逃生航道塞得滿滿當當，這些船當中絕大部分也都因為出逃期間所受的炮擊而導致不同程度的損傷，很難再保持完美的航行狀態，一大堆破船擠在相對狹窄的水道上，船速自然就快不起來了。盡管鄭芝虎是帶兵的大頭領，但他此時連旗號都不敢在船上打出來，唯恐因此而引起了對手的關注，雖然心中焦急，但也只能跟著大隊伍慢慢往前蹭。
此時趕到碼頭的海漢民團已經基本結束了戰斗，開始接管港口地區，并且對俘獲的十幾艘沒有來得及出逃的海盜船清理搜查。被遺留在港口的數百名海盜并沒有給民團帶來太多的麻煩，絕大多數人甚至連像樣的抵抗都沒有，就選擇了投降保命因為他們都聽到海漢士兵在很遠的地方就用喇叭在反復呼喊著“放下武器，投降不殺”的口號，而這個時候再繼續選擇戰斗的方式來對頭目盡忠，似乎也沒什么實際意義了。保住自己的性命，不在大勢已去的情況下繼續作出無謂的犧牲，這才是一個心智正常的人應該作出的選擇。
而最終沒能離岸出逃的海盜船，占了這次來襲船隊總數的大約五分之一。這些船沒能出逃的原因除了船體受損或者是水手們沒及時登船之外，其中大部分是因為根本還沒來得及把補給物資裝上船，就算僥幸逃出去，船上的人也會在一兩天之后就陷入缺水缺食的困境中。而被遺留在港口的最后一批海盜中大部分人都是有傷在身，這樣的出逃幾乎無異于自殺，倒不如留下來向海漢投降，或許還有存活的機會。
極個別試圖要憑借個人武勇作垂死掙扎的海盜，在火槍與刺刀的鎮壓之下也迅速潰敗。在成建制的職業軍隊面前，個人武勇所能發揮的作用極其有限，而且帶兵的高橋南對于抵抗者的態度一向都很堅決戰場上凡拒不投降者，無需請示或警告即可立斃。于是每一個沖出來想要做最后一搏的亡命徒，所得到的都是步調一致的排槍射擊和隨之而來的近身補刀。
被殺死的抵抗者會立刻拖到碼頭上，向那些已經選擇了投降的海盜們展示，以此來告誡他們不要再妄動別的心思，否則這些負隅頑抗者的尸體就將是他們的下場。而這種震懾手段的確也起到了極好的效果，海盜們在看到同伴的尸體之后明顯老實了許多，乖乖地照著海漢士兵的指揮在碼頭空地上雙手抱頭蹲成一列一列。而數名拿著麻繩的士兵則不斷地將海盜們的雙手扭到身后，然后用繩索將其雙手捆住。在這個過程中士兵也會順便進行簡單的搜身，將海盜們身上暗藏的匕首和其他物品搜出來扔到一旁集中處理。
對于接受俘虜的處理，這支來自安南的部隊也算是熟門熟路了。當初在安南內戰后期，這支部隊在安南南部各地所接受的俘虜往往都是數以千計，該如何管理這些戰俘，可以說已經有了一套比較成型的手段和制度。要收押南日島上的這些海盜，也只需照葫蘆畫瓢就行了。
當然了，高橋南也沒有忘記讓炮兵們立刻清理岸邊由海盜所架設的炮臺，并且將火藥集中到一起準備另行處理。這種高危物品就這么隨意敞放在碼頭上的確是一個安全隱患，要是有想不開的海盜拿著火折子沖過去扮演人體炸彈，那樂子可就大了。
錢天敦此時才和明軍代表許甲齊一起抵達港口。許甲齊看到碼頭上蹲伏著的海盜俘虜，一方面驚嘆于海漢民團作戰效率能夠在如此之短的時間內就拿下了港口，另一方面也暗暗有些后悔，早知道這些海盜已經無心抵抗，就應該自己帶兵來揀這個功勞才對。雖然福建官方在戰后的論功行賞中不會漏了他這份，但“坐鎮指揮”跟“親自上陣殺敵”在兵部大佬的心目中還是會有微妙的區別，這也有可能會間接影響到他今后的仕途升遷。
“抓到鄭芝虎了嗎”錢天敦見到高橋南之后第一件事便是詢問鄭芝虎的下落。這次交手的勝負結果已經沒有太大的懸念，錢天敦目前更看重的是能夠取得多大的戰果，是否能俘獲十八芝的大頭目之一，鄭芝龍的親胞弟鄭芝虎，這個象征意義要遠遠大于俘獲數百名殘兵敗將和十幾艘總噸位不到千噸的海盜船。
“報告大人，據俘虜交代，鄭芝虎已經登船出海逃跑，不過從時間上看，他的船應該還沒逃出我軍的包圍圈。”高橋南連忙答道。
錢天敦看了看遠處海面上亂成一鍋粥的海盜船隊，點點頭道“立刻向謝立通報情況，讓他盯緊點鄭芝虎不論死活，都要留在南日島”
許甲齊十分羨慕地看著高橋南拿著一個黑色小匣子，向數里外海上的同僚通報戰況。這種擁有千里傳音功效的小匣子，很多福建明軍的高級軍官都不止一次見到過，許心素在前些日子也曾許以重金向海漢代表寧崎求購，不過并沒能獲得肯定的答復。寧崎也把話說得很明白，不是價格的問題，只是這玩意兒根本就不在海漢的出售清單上，也不會接受任何人的出價。許心素雖然有些失望，但同時也安了心自己花錢買不到的東西，別人也同樣買不到，而唯一擁有這種神器的海漢人，恰好又是自己的盟友。