不過幸運的是這個時候巴達維亞的東印度公司總部正陷入一場激烈的意見紛爭之中，而其原因就是因為公司組織的軍事行動在外連續受挫。
六月下旬，原本派出去搜救失蹤商船的船隊在納土納群島撞上了正主，并且爆發了一場武裝沖突。由高級軍官斯派克斯和布勞沃兩人指揮的船隊在一開始還是打得比較順利的，強頂著對手的炮火實施了登陸作戰，并且成功突破了對手的岸防炮臺防御線。就當他們認為可以順利剿滅這股來歷不明的海盜，并且奪回納土納島的時候，接下來的戰局就急轉直下，令人跌破眼鏡。
在兩棲登陸作戰中取得優勢的荷蘭軍隊，竟然在圍攻島上小鎮的陣地戰中被對手打得抬不起來頭。布勞沃本人也在突襲小鎮的戰斗中戰死，這也是后來導致荷蘭軍隊發生潰敗的主要原因之一。最終逃離當地的船隊已經無力再發動第二輪攻擊，只能在海上兵分兩路，一路由范隆根帶領，依然北上前往大員港。另一路由斯派克斯收攏的殘兵敗將則是原路返回巴達維亞，并向公司呈報了這次交戰的經過。
自從進入遠東地區以來，東印度公司的武裝船隊在絕大部分的沖突中都以勝利而告終，這也是公司所轄殖民地能在短短十多年內迅速擴張的根本原因。即便是天啟年間在澎湖敗給了明軍，那也是因為雙方的兵力差距實在太過懸殊，抵抗了半年之后已經幾乎要彈盡糧絕才不得不選擇了撤退。然而一支陣容齊整，訓練有素，有高級軍官指揮的武裝部隊，居然會在納土納島敗給了一群不知何時從何地冒出來的海盜，而且結果可以用慘敗來形容，這讓董事會的絕大多數人都感到實在難以接受。
在斯派克斯的描述中，這群海盜被形容為“訓練有素的軍隊”，其裝備的槍炮數量甚至超過了武裝船隊，并且從其在島上修筑的工事狀況來看，這些家伙并不是打算搶劫一番就離開，而是要在當地長期落腳了。
這樣的描述在董事會中也掀起了一片嘩然，東印度公司在數年前奪下這個島之后，還從沒有外來勢力打過當地的主意，就連一直不那么對付的葡萄牙人，也并沒有將納土納島群島當作爭奪的目標。這倒不是葡萄牙人打不下這個地方，其實當地的防御力量并不算強，勉強能夠自保不受海盜騷擾而已，真正的原因是這個地方的港口條件有限，即便奪下也無法進行大規模的開發建設，而且也沒什么天險可以據守，戰略價值比較有限。
然而這群來歷不明的海盜卻似乎并沒有這樣的覺悟，不但不聲不響地攻占了當地的港口和小鎮，而且還實施了規模不小的工程以斯派克斯的觀點，當地的防御工事至少需要上千勞動力花費一個月以上的時間才能建成，而這樣的工程量也正是當地多年以來都一直沒有像樣防御工事的客觀原因。
不得不說斯派克斯的推斷還是有一定的事實根據，而且與荷蘭商船在這條航道上開始失蹤的時間也比較相符，可信度是相當高的。但公司高層們所不能接受的是代表公司戰斗力的武裝船隊竟然會在作戰中敗給一群海盜，而且斯派克斯關于戰斗的描述中似乎也存在著相當多的漏洞。