兩艘帶隊的旗艦被擒，剩下的船只也就再無作戰的心思，紛紛四散逃命。而王湯姆心里惦記著澎湖的正事，也沒有放手讓麾下的部隊去繼續追擊逃散的海盜船。
下午五點，鄭芝龍已經接到了阻擊失敗的戰報。這個消息其實并沒有出乎他的預料，但讓他有些失望的是劉香和李魁奇二人非但沒能有效地阻止敵軍艦隊的進軍，反而連自己都沒能逃得出來。這樣一來，除去戰死的鄭芝虎，叛逃的何斌、郭懷一，十八芝已經少了五個首領，就算能保住這個團體，今后大概也只能更名為“十三芝”了。
而隨著敵軍艦隊的靠近，留給十八芝撤離澎湖的時間也已經進入到倒計時狀態了。然而從劉香、李魁奇率部出擊，到戰敗的消息傳回來，這段時間里登船離開馬公港的人員數目也僅僅只有幾千人，距離撤離全部人員的目標還有著比較大的差距。
“傳我的命令，原本安排留守島上的隊伍，立刻登船出港，攔截敵軍”鄭芝龍無奈之下，只能是把壓箱底的敢死隊也搬出來用了。
按照事前的計劃，十八芝會留下一支兩千人規模的武裝在島上跟敵人進行周旋，為大部隊的出逃爭取更多的時間。這兩千人中有一半是鄭芝龍的私軍，另一半則是由抽簽出來的幾家一起湊人頭。這支部隊既然要留下來跟敵人戰到底，自然就得要做好戰死的準備了。但為了能夠擋住來勢洶洶的敵軍船隊，鄭芝龍現在也只能提前動用這支力量了。
在這支部隊出發之前，鄭芝龍讓人擺出銀箱，給每一名參戰人員都發了五兩白銀，如果能夠活著回來，還能拿到等值的另一半獎勵。不過收到銀子的海盜們大多都沒有任何輕松的表情，因為他們也知道這一去之后還能好手好腳活著回來的機會已經不大了。
第二支阻擊船隊在馬公港以西十海里處迎上了聯軍艦隊。與第一支很快覆滅的阻擊船隊有所不同的是，這支船隊幾乎已經出動了十八芝現有的全部戰船，而指揮這支船隊的也是鄭芝龍的族人鄭芝莞，戰斗意志遠比被強迫上陣作戰的第一支船隊要堅定得多。
在海漢戰船的炮火打擊之下，這支船隊沒有再次一擊即潰，而是頂著炮火沖上來，以十艘或更多艘戰船齊攻一個目標的戰法進行作戰。
不得不說這樣的戰法雖然代價慘重，但的確還是有一定的效果。開戰不久便有一艘“探險級”戰船“梭子蟹號”因為未能及時轉向，被五艘海盜船直接貼了上來。盡管船上利用葡萄彈迅速清空了其中一艘船的甲板，但另外幾艘海盜船仍然成功地實現了接舷戰。
大呼小叫的海盜們揮舞著鋼刀和魚叉，踩著船舷跳向“梭子蟹號”的甲板。不過在排槍的迎接之下，也只有十之三四的海盜能夠成功地跨過兩舷之間的距離，其他的倒霉鬼基本都中槍栽進了海里。
讓海盜們感到很郁悶的是，即便成功登上了敵軍戰船的甲板，短兵相接之下他們也仍然沒能取得什么優勢。這些身著靛藍色短衫，皮膚黝黑的海漢水兵居然統統都配備了一種前端配著閃亮矛尖的火銃，稍有戰斗空隙便是至少兩到三輪的排槍，然后便以手里如同短矛一般的火銃接戰。雖然個別武勇突出的海盜也能憑借手里的武器傷到對方，但往往都會立刻招致三四把短矛的夾攻。而這玩意兒的威力也絲毫不亞于火銃，被捅上一記往往馬上就倒地不起了。