開發臺灣島的事情，主要參與的部門就是軍方、海運、民政和商務幾方，最多再加個建設部。不過現在海漢殖民地的建設過程中，建設部往往只出規劃圖紙和少數幾名工頭，施工人員則都是采取就近解決的方式。這幾個衙門將決定臺灣移民開發過程中九成以上的事務，同時也將決定臺灣島的海漢殖民地是否進行對外招商、何時開始招商，以及招商中條條款款之類的細節問題。
按照一般的辦事流程來說，澎湖基地那邊和荷蘭人簽署了協議，就意味著基本掃清了海漢登陸臺灣島的主要障礙，而接下來各部門便會就建設殖民點的后續步驟開始溝通，指定相應的計劃。不過這其中需要做的工作也是千頭萬緒，要走到招商這一步，一個月的時間都算很快了。如果涉及到一些農業項目的開發，很有可能還得讓農業部派去過去實地考察之后才能制定相應的規劃，接下來才能對外招商。
不過李奈的突然到來著實打亂了這種按部就班的工作安排，因為海漢本來的確是打算要在臺灣島開發的過程中采取一些新的做法。
在過去的招商項目操作過程中，地方主義的傾向還是很明顯的，大部分項目都會優先或者有意識地照顧本地投資商，比如海南島本地開發的種植園項目，投資商主要是以海南本地和廣東出身居多，而在安南修建的海港則是首先要顧及安南達官顯貴們的投資需求，其次才是分配給大明商人的份額。類似福瑞豐、許心素這樣的區域大代理商，對于外地客商在本地項目中的介入就更加警惕，一般都會要求海漢的招商措施對外地競爭對手施加種種限制，以保護本地商人的利益。
這種狀況當然并不是施耐德心目中理想的商業形態，雖然海漢推廣的商業是以區域代理商為基礎，但目的是能夠將更多地方的資源分配利用的大權集中到自己手上，這就需要更多的跨區域商業流通活動。要達成這個目標，就需要建設更多的中立自由貿易港，但現有的港口往往都會受到比較明顯的地方主義干擾，并不能達成施耐德的構想。
不管海漢將港口設在香港還是澎湖，這種干擾和影響都是難以避免的，但安不納島的操作過程給商務部帶來了新的啟示，類似這種從對手手里奪來的領地，或者說是無主之地，開發過程中就不會有那么多的外界干擾，不管是安南、大明還是來自其他地方的投資商，都會更好地遵循海漢所規定的游戲規則，以更為公平的方式參與開發和競爭。
但安不納島有一個無法克服的短板，就是當地沒有良好的港口條件，不可能成為南海中的大貿易港，頂破天也就是一處海上中轉站和盛產熱帶作物的大型種植園。而相比之下臺灣島這個地方條件就好多了，雖然有土著也有外來殖民者，但在今時今日的海漢眼中，這里就是一塊開發潛力巨大的無主之地。
不管是財大氣粗的廣東商界，還是在福建只手遮天的許氏利益集團，對于臺灣島都沒有任何的直接影響力。這就意味著海漢在臺灣島所建立的港口和其他產業，不需要再照顧任何人的情緒，可以完全按照海漢執委會，或者更準確地說是施耐德領導的海漢商務部的規劃來一點點實現前提是海漢能夠在公開相關消息之前把該做的準備工作都做好。
但如果有人像李奈這樣注意到了某些細微的動向，提前察覺了海漢在當地的謀劃，那么事情的走向很可能會發生改變。錢天敦第一次率部考察濁水溪流域的時候，就已經是以秘密任務的方式在進行，為的便是防止福建軍方過早發現了海漢的意圖。而之后第二次前往臺灣西海岸，錢天敦也是打著海上訓練的名義帶著艦隊出海，而且連一個隸屬于大明的培訓人員都沒有帶上。至于與荷蘭代表菲利普的前后幾次接觸，以及后來與東印度公司大員長官漢斯在大員港外簽署的條約，也統統都被列為最高機密，所有知悉內情的軍方人員都被下了封口令。
之所以軍方要如此謹慎，主要還是擔心讓許心素提前得到消息，而以他的風格，八成都會向海漢提出直接參與開發過程就如同之前介入澎湖的開發建設一樣。
五月澎湖戰役結束之后，許心素就主動向海漢表示了可以派出大量的勞工到澎湖協助海漢修筑港口和其他基建設施，并且當地所需的物資也可以就近從漳州泉州運送過來。至于說海漢所缺乏的運力，許心素也表示可以一力解決。當然了，這樣的協助并不是無條件的，畢竟海漢出兵驅逐十八芝的交換條件是澎湖的治理權，在此之后的事情福建官方并沒有義務承擔。