由于荷蘭人搶先一步在1624年占領了臺灣島西海岸的大員港，落后的西班牙人為了能夠安心立足，只能于1626年在遠離大員港的臺灣島北端雞籠港登陸，并且在港灣出口處的雞籠島，即后世被命名為和平島的小島上開始興建定居點。當然了，按照西方殖民者的一貫做法，這個島也被更名為圣薩爾瓦多島，定居點也是被設計為易于防守的棱堡外形。
設計督造這座城堡的，就是雞籠港首任長官瓦爾德斯antoniocarrenodevades。這座被瓦爾德斯命名為圣薩爾瓦多城的堡壘周長約莫400米，下寬上窄，城堡四周還筑有四座小型圓形棱堡作為外圍防護手段。不過西班牙人的殖民活動進行得并不順利，由于他們登陸后武裝掠奪了附近金包里社、大雞籠社等土著村落，當地人拒絕向他們出售食物和補給品，而馬尼拉的補給船又因為臺風季節而無法及時援助，不少西班牙人因此而在當地經歷了十分落魄的一段時間。當時被作為第一批移民派遣到當地的鐵匠何塞，甚至有一段時間不得不依靠吃老鼠來充饑度日，其慘狀可想而知。
到1627年薩爾瓦多城的糧食短缺困境依然沒有得到緩解，瓦爾德斯不得派出一隊士兵前往淡水河地區駐扎，準備與附近圭柔社的土著談判收購糧食。然而當地部落聯合起來驅趕西班牙人，有七名西班牙人在沖突中被殺，剩下的人逃回了雞籠港。次年瓦爾德斯派出了更多的兵力前往淡水，打敗了當地的土著并劫掠了糧食。最后土著以割讓土地為條件與西班牙人議和，圭柔社遷離當地，于是瓦爾德斯下令在當地又新建了一處據點，后來被命名為圣多明哥城santodo。
1630年，瓦爾德斯卸任回到馬尼拉，由阿爾卡拉索juandeacarazo就任雞籠第二任長官，同年格斯曼isdeguzan就任首任淡水長官。
雞籠淡水兩地相隔距離雖然不遠，但由于來往兩地間的海岸線過于崎嶇，海上航路又受限于季風和洋流的時節，西班牙人便開始另行尋找一條陸上通道。1632年阿爾卡拉索派遣80名士兵沿著淡水河逆流而上，尋找到了基隆河的水脈，最終在臺北盆地內找到了一條連接兩地的內陸通道。而這兩條水脈沿途的土著部落，后來也陸續被西班牙人武裝征服。
1632年4月，臺灣島北部還發生了一件大事，一艘西班牙船因為天氣原因漂流到了臺灣島東岸的蘭陽平原，即后世臺灣宜蘭縣一帶。船上的船員和乘客全部遭當地的噶瑪蘭族殺戮，這讓早就覬覦此地的阿爾卡拉索終于找到了動手的理由，派出軍隊摧毀了當地的七個村落，并殺死了不少噶瑪蘭人作為報復。當然了，這塊肥沃的臨海平原自此也就被西班牙人順理成章地收入到囊中。
但盡管西班牙人在臺灣島北部的勢力地盤擴張速度超過了南部的荷蘭人，其經營狀況卻并沒有因此而變得更好。由于近幾年海漢人在福建的強勢介入，福建官府和民間都更傾向于跟“親明”的海漢人做買賣，愿意去往雞籠港交易的明商并不多，所供應的貨物價格相比馬尼拉也并沒有什么優勢可言。而日本在這幾年正處于閉關鎖國的狀態，難以打開貿易大門，光靠著壓榨當地的土著部落是沒多少油水可言的。
為了維持雞籠、淡水等地的駐軍，西班牙人在臺灣北部的經營不得不依賴于馬尼拉的補助。但馬尼拉一方面要應付與南海綠教國家的連年征戰，一方面還得面對1630年之后美洲白銀產量逐年遞減的現狀，支撐日常運行也變得日漸艱難起來。以前何塞帶著四個徒弟一起做事，往往還得加班加點，而現在他卻有了更多的時間消磨在酒館里，原因就是不堪重負的薩爾瓦多城當局削減了軍費方面的開支。
如果說這個時空沒有海漢人的介入，那么按照原本的歷史發展，到1637年的時候西班牙人已經舉步維艱，不得不放棄淡水的據點，退守雞籠。到1642年荷蘭人大舉進攻雞籠，奪取當地并將西班牙人徹底逐出了臺灣島。