雖然準備不足，但是太平道教主張角依然高喊“蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉”的口號，自號“天公將軍”，其弟張梁、張寶為“地公將軍”與“人公將軍”，帶領走投無路的貧苦農民，紛紛揭竿而起，他們頭扎黃巾，于冀州巨鹿發動叛亂。史稱“黃巾之亂”。
分布在漢朝各地的太平道教徒揭竿而起，攻打州郡，斬殺官吏，廣大貧苦的農民群起響應。
各地守軍遭受突然打擊，防備不足，黃巾黨早就圖謀不軌，導致漢軍節節敗退，黃巾黨繳獲大量的兵器盔甲，勢力不斷膨脹，大有一舉推翻漢朝統治的態勢。
張角的野心隨著戰況不斷有利于黃巾黨，不斷地膨脹。同時也開始了腐敗的生活。原本以推翻暴政、救民于水火的黃巾黨，開始變味了。四處劫掠，所過之處如同蝗蟲過境，不論好壞全部毀滅。
靈帝被全國各地的奏報也弄暈了頭。好好的天朝盛世，怎么一下子就變得岌岌可危了。一個不小心，亡國之君的帽子就套在了靈帝頭上了。想到“亡國之君”這四個大字，靈帝終于怕了。不相信這是真的，靈帝還掐了自己一下，感覺到疼，不是做夢。
“現在怎么辦啊”靈帝現在真的是慌了。
“陛下放心，眼下組織兵力前往鎮壓，必能消滅黃巾叛賊。”何進這時候表現出以往不常見的氣勢。
“準奏”靈帝見太平道如此厲害，十分同意何進的建議。
何進和眾大臣們很快就商議好了應對方案，十常侍也不敢在這樣的情況下添亂，甚至還給出了不少寶貴的建議。面對如此嚴峻的形勢，大漢朝的君子與小人們十分難得站在同一條戰線上，刀口一致對外。
十常侍最大的依仗就是靈帝，大漢要是完了，首先遭殃的就是張讓這些閹人。所以十常侍他們無論如何都不會在鎮壓叛亂這樣的事情上添亂的。
大臣們更加不用說了，黃巾黨殺的都是官吏，滅的是廣大世家，大臣們都是黃巾黨必殺名單上的人物。滿朝大臣終于爆發出小宇宙，不用一個響午的時間，就制作出了應對方案。若是他們平時可以這樣，就不會有現在這樣的亂世了。
靈帝慌忙同意了大臣們的應對方案，除了相信這些臣子，靈帝也沒什么其他辦法。
大將軍何進率左右羽林五營士屯于都亭，整點武器，鎮守洛陽，何進真正開始擁有了屬于自己的軍隊，并牢牢控制了洛陽。為之后的爭斗埋下了伏筆。
靈帝又下詔，自函谷關、大谷、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津等各京都關口，設置都尉駐防，原本位高權重的都尉，開始變得不值錢了。
再次下詔各地嚴防，命各州郡準備作戰、訓練士兵、整點武器、召集義軍。劉備這樣的草根人物，終于有了出頭之日。
皇甫嵩上諫要求解除黨禁，拿出皇宮錢財及西園良馬贈給軍士，提升士氣。現在江山都快保不住了，錢財什么，靈帝就覺得不是那么重要的，至于解除黨禁，靈帝也不當一回事，自己是天下之主，巴不得全天下的人為自己拋頭顱灑熱血。靈帝十分英明地接納提案，大赦黨人，發還各徙徒。并要求各公卿捐出馬、弩，推舉眾將領的子孫及民間有深明戰略的人到公車署接受面試。解除黨禁，就是在打十常侍的臉，十常侍們也是敢怒而不敢言，心中把皇甫嵩給記恨上了。
何進展露出高人一等的軍事能力，派出多路精兵鎮壓各地亂事。盧植領副將宗員率北軍五校士負責北方戰線，與張角主力周旋。皇甫嵩及朱儁各領一軍，控制五校、三河騎士及剛募來的精兵勇士共四萬多人，討伐潁川一帶的黃巾軍。
漢軍做好了充足的計劃，開始鎮壓黃巾黨。可是已成氣候的黃巾黨，可不是那么好對付的。
漢軍在首戰并未得利。朱儁軍就被黃巾波才所敗而撤退，皇甫嵩唯有與他一起進駐長社防守，被波才率大軍圍城，漢軍人少，士氣低落。
又汝南黃巾軍在邵陵打敗太守趙謙，廣陽黃巾軍殺死幽州刺史郭勛及太守劉衛，黃巾軍并未因漢室的動作而有敗退的跡象。