赤木律子知道碇源渡沒有死，并且和碇真嗣在一起，直接回到了碇真嗣的老家，動用了全部力量，在東京市搜尋著碇真嗣和碇源渡，卻一無所獲，她有一個大學同學，在醫院工作，告訴她似乎發現了她要找到的人，她趕到醫院的時候，才知道碇源渡瘋了，一個十四歲的孩子帶著一個瘋子老爹，唯一的去處，只有自己最熟悉的地方，她來到碇真嗣的老家，果然找到了他們，不過情況的嚴重超出了她的預計。
經過這幾日的漂泊，本就自閉的碇真嗣，變得更加警惕，他去警察局報案，被人趕了出來，他終于明白，那個男人的勢力非同小可，碇真嗣不敢相信什么赤木律子，但他畢竟只是個十四歲的孩子，經過赤木律子的一番開導，終于說出了事情的所有經過。
聽完的赤木律子又帶著他去了一趟醫院，果然還是一樣的結果，赤木律子留下一些錢，又給他找了一個新的住處，安排了一個保姆伺候碇源渡，叮囑他這件事不可以對任何人說，然后回到了東京，每個月都給他寄來生活費。
碇真嗣很感激赤木律子，每日上完學，回家照顧父親，正當他以為一輩子都這樣了，不久前他在放學的路上碰到一個少年，自稱渚熏，碇真嗣不以為意，等他回到家的時候，發現那個少年竟然在他的家中，而少年的腳下還躺著一個全身白色的怪物，那熟悉的模樣，碇真嗣一輩子無法忘記。
他慌忙沖進了屋子，發現父親躺在床上，安然無事，而保姆卻不見了，正當碇真嗣不知所措的時候，渚熏告訴他保姆就是那個白色的怪物，其實他的一切都在宇智波斑的監視下。
碇真嗣先是不信，隨著少年的敘述，明白了一些事情，碇真嗣心中大怒，他一直當作恩人的赤木律子，竟然和那個壞蛋是一伙的，其實碇真嗣完全誤會了赤木律子，白絕的出現，她根本不知情，她太低估宇智波斑了，從她去找碇源渡開始，已經掉進了斑的陷阱。
渚熏告訴他，自己是色ee的人，碇真嗣并不知道什么是色ee，但根據渚熏的講解，色ee是他父親的上屬機構，宇智波斑改寫了他父親的記憶，獨占了nerv的總部，并且毀滅了整個色ee，讓他更驚訝的是，整個日本竟然都在宇智波斑的掌控下，想到自己在警局的遭遇，碇真嗣開始相信渚熏的話。
父親變成白癡，恩人是內奸，一切都和宇智波斑有關系，甚至父親的大腦損壞，也是宇智波斑親自動的手，碇真嗣心中又憤怒又迷茫，他慌忙求助渚熏，畢竟渚熏可以消滅恐怖的白色怪物。
結果讓他大失所望，渚熏也幫不了他，還未等他多想，渚熏又告訴他，要趕緊離開這里，用不了多久宇智波斑一定會發現他們，憑借他的力量，沒有把握擊敗宇智波斑。
碇真嗣有些籌措，這段時間他經歷的事情，超出了十年中所見過的事情，經過赤木律子的前車之鑒，他不知道該不該相信渚熏，他和渚熏才認識一天，不明白渚熏為什么要幫他。
此時的碇真嗣神經高度緊張，這些復雜的事情，搞的他近乎崩潰，他不知道為什么宇智波斑將他父親變成了瘋子，還不放過他們。
但是渚熏告訴他，以后自己也許可以修復碇源渡的記憶，這個事情擊破了碇真嗣的心理防御，大喜過望的他，不再遲疑，帶著了碇源渡，跟著渚熏離開了日本，來到了美國，一個完全陌生的地方。
他從小到大只去過一次東京，出國對于他說是不可想象的事情，這一路上，碇真嗣經歷很多第一次，他見識了渚熏的厲害，心中更加的肯定，渚熏一定有辦法醫治父親。
到達美國以后，他和父親被渚熏安排到一個隱秘的住所，有時候渚熏會來看他，只不過不讓他出現在城市中，只有夜深人靜的時候，他才能偷偷的跑出屋子，望著滿天繁星，感受一下新鮮的空氣。
雖然他被限制在一個狹小的地方，但他并不后悔，心中想著有朝一日，父親的大腦被治好，如果渚熏打敗了宇智波斑，就更加的完美，那樣他能回到日本，說不定父親恢復了記憶，知道了全部的事情，不會在拋棄他，碇真嗣越想越開心，快快樂樂的度過了一段時日。
但時間越來越久，他的父親依然沒有好，宇智波斑也沒有被打敗，據說更加強大了，雖然渚熏一直安慰他，但神經緊繃的碇真嗣，終于受不了，對著渚熏大發脾氣，渚熏依然在安慰他，冷靜下來的碇真嗣慌忙道歉，渚熏卻不以為意。
雖然碇源渡沒有復原，但兩人的友誼已經建立起來，越來越牢固，超越了普通的友誼。
碇真嗣想著心事，嘴角不時的露出一微笑，偷偷的撇了一眼身旁的渚熏，發現他也在看自己，碇真嗣臉色一紅，慌忙移開視線。
“我還有些事情，今天就此告別吧”渚熏站起身，向著門口走去。
“吶，再呆一會兒吧我們一起看星星吧”碇真嗣慌忙挽留。