大運河博物館是一個圓柱形的建筑，半徑在四十米左右，一層的面積大約在五千多平方米，地下兩層，地上四層。
進入到博物館大門之后，首先就是一個就是一個長約三十米，寬約十五米的大房間，這是博物館的隔離區。
在這個隔離區的兩側，是樓梯間和電梯間，不過這里的樓梯間和電梯只能下不能上，有專人看守，和隔離區之間也有兩道全封閉的不銹鋼柵欄相隔。在一層大廳正對大門的另一端，也有樓梯間和電梯間，游客游覽完一樓之后，從那邊的樓梯間上樓或者乘坐電梯上樓繼續游覽，一旦游覽完畢，就可以從隔離區的這兩個樓梯間下樓，然后直接從出口出去。
在這個隔離區內靠墻位置有十個大型的密碼儲物柜，按照規定，游客進入到博物館時是不可以攜帶包裹之類的東西，這些東西需要存放在這些儲物柜中。
在隔離區的另外一邊，是十五個安檢門，在每個安檢門的內外兩側，則各有一名身穿制服的保安手持金屬探測器進行檢測。
想要進入到博物館的游客，必須要從這十五個安檢門中的一個通過，然后經過保安的檢測之后，才可以進入到博物館進行參觀。
從隔離區的安檢門出去之后，就是一面巨大的迎賓墻，上面寫著“大運河博物館歡飲您”幾個金色大字。在這面迎賓墻的前方是一個半徑大約在五米左右的隔離區域內，這片區域的外圍用不銹鋼柵欄隔開，不銹鋼柵欄里面站立著四個荷槍實彈的武警戰士還有兩大兩小四個防彈玻璃柜。
其中那兩個分列在兩側的大防彈玻璃柜中，有一金一銀兩座“金山銀山”！
這兩座金山銀山就是楊靖用沐天波寶藏中的那些金元寶和銀元寶壘砌來的，呈金字塔形，高大約有兩米，在射燈的照射下，散發著金銀獨有的動人光彩。
而在這兩座金銀山之間的那兩個小不少的防彈玻璃柜里面，則擺放著一方玉璽和四個頭蓋骨化石。
那四位武警保護的并不是那兩座金山銀山，而是這方傳國玉璽和北/京/人頭蓋骨花石。
迎賓墻前面的這塊隔離區域面積足夠大，而且這里是博物館的進口，所以一進來的游客，第一眼就能看到這兩座金銀山以及那方傳國玉璽和那四個擺放在一起的北/京/人頭蓋骨花石。
光是一進門的這兩座金山銀山就足以讓人驚嘆了，這可是正兒八經的明朝金元寶和銀元寶，金銀本身的價值先不說，光是這份沉甸甸的歷史，就足以讓這兩座金山銀山價值大增。
至于傳國玉璽和北/京/人頭蓋骨花石，那就更不用說了，那才是最吸引人的鎮國之寶。
所以，哪怕迎賓墻外面到安檢門之間的這片區域面積足夠大，可這里也成了游客最多的地方。要不是有數十個保安維持秩序，這里恐怕早就已經亂了套。
不過這里有足夠的保安，在保安的引導下，眾多戀戀不舍的游客只能慢慢的向別的展廳分流。