獨孤無壽倒是經常來安慰獨孤琴不要太過焦急，反正現在已經知道父親安然無恙，等到教主過些日子，心情恢復，也說不定就會和獨孤琴見上一面。
當然，獨孤琴也是這樣希望的，希望父親能夠盡快恢復到從前的父親的樣子。
一段時間過去，后來聽說一向忠于獨孤圣教的功臣左使韓不破，因一件不起眼的小事，竟被父親獨孤慶天逐出圣教總壇，分配到偏遠的襄陽分壇，緊接著右使姜尚全也因其他原因被獨孤慶天無辜逐出，分配到九江分壇，看到此種情況，大家都是疑惑不解，不少教中元老心中甚是不安。
圣教的老臣們接二連三地被排擠出總壇，隨之而來的新近提拔之人卻都是些工于心計，拍馬逢迎之人，尤其是新近收納的一些人如閑得要命任意、死要錢終能等、還有毒婆娘等，很得教主的信任，作為心腹對待，教中大小事務都與這些人商議，教中風氣為之一變，弄得教中烏煙瘴氣，讓教中眾人一時之間各自人心惶惶，不知所從。
獨孤琴本來一向對教中事務不愿過問，只是最近此類風聲不斷傳到耳朵里，讓自己心中頗是煩躁，更是擔憂。
從獨孤圣教的長遠大計著想，父親如此做法實在是有些欠妥。想想左使韓不破、右使姜尚全，全是忠心不二之人，為了圣教不惜性命，披肝瀝膽，獨孤圣教能夠今天，和二人的辛苦付出是分不開的。可如今卻無端遭受貶斥，即使有些過錯，也不至于弄到如此地步，這可都是和獨孤慶天一起喝過血的兄弟，一起拼過命的兄弟。
獨孤琴想想覺得實在不應該這樣，便找個理由想要求見父親獨孤慶天一面，以便當面為左右使求情。不成想，自己還在大殿門外，便遭到獨孤慶天的大聲呵斥，獨孤琴本來還想抗爭幾句，但聽到獨孤慶天那冷冰冰的聲音，全然沒有以前父親寵愛的那種語氣，心生無趣，便只好退下。
獨孤慶天的聲音，獨孤琴一聽便知，大殿里傳出來的的確是獨孤慶天的聲音，但又和記憶中的聲音有些區別，總覺得哪兒有些不對勁，可就是說不上來哪兒不對勁。
對于父親現今如此大的變化，獨孤琴心中不禁忐忑不安起來。到底是為了獨孤圣教的未來，還是為了不能理解父親現在為何如此行事乖張，很顯然，獨孤琴自己也無法解釋清楚。
沒過多久，獨孤慶天作了一個讓大部分教眾都感到驚訝卻又無法理解的決定，總壇搬遷。
就是將獨孤圣教總壇秘密遷往龍門山。理由是為了更好的發展壯大獨孤圣教，重振獨孤圣教的昔日雄風。
獨孤圣教起初創立源于龍門山，只是后來武林各大門派聯合起來一起攻打龍門山，無奈之下，獨孤慶天才在逃亡的路上決定將昆侖之北的傲來山選為復興之地。此時，重回龍門山，臺面上無可非議，但實際上獨孤圣教目前元氣尚未完全恢復，各地分壇還在秘密組建之中，此時返回中原，太過招人耳目，只怕會引起武林各大門派的注意，反倒不好，并且此次總壇搬遷與獨孤慶天原先制定的韜光養晦的策略是相背而馳的。
不過，現在如果有心看看，就會發現圍在獨孤慶天周圍的都是些什么人，盡是些溜須奉承之人，一味的說著順耳的話，做著順眼的事，別說教主的指令是否正確，就是明知教主指令錯誤，他們也都會異口同聲地贊成，因為在這些人的心里都明白一個道理，那就是教主喜歡聽啥，我們就去說啥，教主喜歡干啥，我們就去干啥。
而能夠說真話的人卻已經沒有機會說了。
獨孤教主下令，考慮到一些女眷和老臣的年紀和環境適應的原因，便安排獨孤琴及一些獨孤圣教的老臣依舊留在傲來山，看護圣教舊址。一方面舊址需要留人看護，二方面給獨孤圣教留條后路，至此，獨孤琴便再也未有機會見過自己的父親獨孤慶天。