對一種生物感染，然后控制它的行為，是瘟疫真菌的新反擊方式，最開始，腦經常去尋找一些較為強大的生物，不過那并不是很好找，敵軍依舊慢慢地在摧毀著它所占領的地盤。
這個和瘟疫真菌戰爭的生物種族，琳暫時稱其為亞特種群，并沒什么特別的意思，但琳覺得它們可能和印加蟲群有關系，按照腦的記憶來看，亞特種群的能力和印加蟲群非常的相似，但它們的族群習性有些不一樣
因為被感染的生物是有限的，強大的生物更是稀少，為了對付亞特種群，腦想出了一個新計劃，將那些被感染的生物組合到一起。
這個就叫做瘟疫之首計劃，其實這是琳起的名字。
腦試圖將一些巨大的生物組合成一個生物，然后再以硬化的菌絲包裹起來，用于作戰，這時腦發現它難以指揮太多的被感染生物，于是它特地感染了一些生物，用于傳播信息使用，于是真菌領主就這么誕生了
許多被感染的生物在五座島附近的深海之下被制造成瘟疫之首，腦的原定計劃是將它們制造成一種龐大無比，體型如飛龍一般的生物。
飛龍這塊記憶區突然冒出了飛龍的摸樣，琳感到有些奇怪，之前還沒出現過有關于飛龍的記憶，可能是這個腦的記憶不完整所造成的這種情況。
腦的計劃沒有成功，亞特種群已經打到了瘟疫五島附近，幾乎所有的瘟疫之首都基本還是在未完成品的狀態，腦將它們藏到了島嶼之中。
面對瘋狂的亞特種群，腦幾乎沒有辦法，但就在最后的防線瓦解之前，它發現它能夠感染并且控制亞特種群的兵種。
它那時還是第一次試驗這種事情，之前它都是殺掉這些兵種，于是它立刻大量地控制起亞特種群。讓它們開始自相殘殺，以這種控制方式，腦慢慢地取得了優勢，亞特種群依靠吞噬別的生物來增強自身，但它們找不到免疫真菌感染腦部的生物。
瘟疫真菌通常是通過將菌塵大量擴散，一般先是感染亞特種群的食物，讓它們吃下后感染。有時則能直接感染部隊，對不同的兵種有著不同的方式，因為每次都能感染相當大量，瘟疫真菌甚至等于把敵軍轉化了為自己的部隊。
但是亞特種群也在研究不被感染的方法，而瘟疫真菌在不斷反擊的過程之中，腦發現了亞特種群的一些秘密。它們也有著自己的首腦來指揮部隊。
在發現這件事后，腦就想著要去感染亞特種群的首腦，以此來結束戰斗，很快的它就通過分析信號等方式來確認了亞特種群的首腦位置。
當最初發現目標位置時，它準備了一支隊伍去偷襲目標，亞特種群實際上也和腦一樣，發現了瘟疫真菌有腦作為指揮者。于是它們的首腦想出了一種偷襲的方式去摧毀這個腦。
瘟疫真菌的腦發現了亞特種群的偷襲，它立刻聚集部隊進行防守，同時它躲藏進了海底洞穴之內。
雙方幾乎都在同一時間對對方展開偷襲，然而，瘟疫真菌的腦先成功了，它用大量的菌塵成功地感染了亞特種群的腦
記憶到這里開始變得模糊不清不過有些斷斷續續的內容。
痛苦，控制，戰斗。反應殺殺殺殺殺勝利偷襲重生，分裂，增長，戰斗詛咒死亡
詛咒這是什么東西看到這個記憶時，琳的思緒中第一次冒出了這個詞，這個詞感覺很奇怪，為什么會出現這種詞
接下來記憶似乎到達了終點。不如說腦里的這塊區域沒有再被用來記錄了，但是琳可以知道它們接下來發生了什么
真菌的腦控制了亞特種群的腦，不過對方的腦可能因為過于強大，反倒影響了瘟疫真菌的腦。讓它感受到痛苦，可能就像是被腦袋蟲的腦波影響一樣的效果，亞特種群的腦可能通過此發送了大量的信號導致瘟疫真菌的腦無法承受，記憶部分也應該是在這時受到了損害。
不過瘟疫真菌最終承受住痛苦，成功的殺死了亞特種群的腦，然后徹底屠殺了亞特種群的所有部隊，兵種，琳見到的那大量的殘骸就應該是那次屠殺留下來的痕跡
到此為止，瘟疫真菌可以說是勝利了。
但是亞特種群腦還并沒有徹底的死亡，它似乎用某種方法在瘟疫真菌的腦上重生了。
應該是亞特種群的偷襲部隊也成功偷襲了瘟疫真菌的腦，它們利用這種方法在上面重生，琳覺得是亞特種群的偷襲兵種里有攜帶卵或者能產生腦的某種東西，這個兵種成功地把卵放在了瘟疫真菌的腦上，隨即就增長出一個新的腦然后，這個增長的腦開始與瘟疫真菌的腦互相爭奪控制權。
這兩個腦開始了互相的戰爭，琳認為它們開始只是互相用免疫細胞攻擊，到后面甚至發展成了生產小型部隊互相攻擊。
在互相的戰斗過程之中，雙方的部隊也開始瘋狂殘殺，