經此一事，群臣不再彈劾魏忠賢，而是開始擠壓閹黨在朝堂中的生存空間。
凡是彈劾廠衛中人，皇帝一概留中不發，唯有閹黨在朝堂為官者，皇帝才會理會。一來二去，群臣摸清了皇帝的心思，于是到了九月底，魏忠賢在朝堂和軍中辛辛苦苦建立起來的閹黨勢力，被徹底拔除。
但他東廠根基，卻絲毫未動。
十月初一，帝選丁白纓為后。
十月初九，江南民變，帝啟用孫傳庭，派其彈壓民亂，安撫江南。
十一月十五，魏忠賢歸京，押送抄家繳沒所得白銀一千六百萬兩，古玩珍寶多不勝數。
十一月十六，帝訓斥魏忠賢辦事不利，已至激起民變，免其爵位，罰俸一年，責令其思過悔罪。并殺王體乾以謝江南，以安民心。
十一月二十三，帝擢升孫傳庭為江南總督。
此時，朝堂之上已形成浙黨、楚黨、吳黨等多方勢力角逐之局面，錦衣衛和東廠徹底分離開來，錦衣衛指揮僉事裴綸當場訓斥魏忠賢之舉，亦傳遍天下。
但這并不代表著魏忠賢自此失勢，東廠依然是一個龐然大物，只是東廠的勢力，從朝堂和邊軍中，徹底縮了回來。
十二月初五，帝大婚，丁白纓封后。
崇禎元年一月，內閣次輔徐光啟進獻《農政全書》及《火攻要略》《制火藥法》等著述，并進獻甘薯，帝如獲至寶，大悅。命其全力督造火炮之事，啟用大批外國傳教士入火器鑄造局為大匠，不吝重銀賞賜。并命戶部在陜西、山東一帶，推廣甘薯種植。
同月，丁后有孕，帝開恩科，廣取天下士。
五月，陜西全境災荒不斷，發生了嚴重的干旱和蟲災，禾苗枯焦，餓殍遍野。
陜西巡按馬懋才上奏《備陳大饑疏》，云“黃埃赤地，鄉鄉幾斷人煙；白骨青磷，夜夜似聞鬼哭……”
六月，府谷王嘉胤、王自用暴動，攻占黃龍山。接著宜川王左掛、安塞高迎祥、洛川張存孟、延川王和尚、漢南王大梁等響應，高呼“與其坐而饑死，何不盜而死！”
民亂很快呈燎原之勢，戰火燃遍了陜西全境！
帝啟用盧象升為陜西總督，撥款白銀三百萬兩，命其全力賑災，彈壓民變，首惡者殺無赦。
九月，陜西大捷，高迎祥、王嘉胤、王自用等暴民首領，皆戰死于亂軍之中。
十二月，金人寇邊關，孫承宗以袁崇煥、滿桂、祖大壽等人為將，拒敵于寧遠城外，此戰由于孫承宗的謹慎和猶豫，錯失挫敵良機。帝聞之，斥責孫承宗，提議在內閣外另設軍機處，遭百官反對而無果。
崇禎二年元月初八，丁皇后誕下皇子，取名朱慈恒，舉國同慶。
同年四月，張獻忠在定邊縣聚集十八寨農民發動民變，自號“八大王”。李自成在米脂縣響應，一時，陜西戰事再起，二者一路裹挾流民，聚眾三萬。
帝大怒，盧象升身為陜西總督，沒能第一時間做出反應，此為其一，奏折經內閣層層上報，錯失最佳剿滅民亂時機，此為其二，內閣首輔嚴佩韋不知兵事，未能重視，此為其三，帝令嚴佩韋致仕，再提設立軍機處一事，無人敢反對。