但太古人的折磨，還遠遠沒有結束。
因為他們過去的文明程度以及技術手段，實在太高了，高到失控的程度。
如果是今日的地球，損失70%人口的戰爭，一定無法持續下去。
但太古人不同。
他們擁有可以自我思考的納米機械。
“徹底消滅對方，直到末日為止！”
在意識到憑借太古人本身的力量，無法贏得戰爭之后，三個世界的太古統治者們，紛紛以各種不同的方式，向他們的納米機械，下達了這樣的命令。
于是，戰爭進入了第二階段。
如果說，第一階段的太古內戰，還是太古人之間的互相殺戮。
那么，到了第二階段，戰爭的主要方式，就變成了可以隨心所欲凝聚各種恐怖形態，永不疲倦，永不枯竭，永不毀滅，還可以無限復制的納米機械，對太古人的屠殺。
納米機械不止是可以化作水銀般的液態金屬機器人那么簡單。
納米機械還可以侵入動植物和真菌類的體內，把他們改造成各種兇殘絕倫的“妖獸，魔獸”，“妖化植物”以及“菌毯”，并且，植入“殺死敵對太古人”的命令。
于是，在太古人的眼里，就好像整個世界一夜之間，全都“瘋了”，無論花草樹木還是蛇蟲鼠蟻還是豺狼虎豹，都變成了冷酷無情的殺戮機器，向他們發動源源不絕，潮水般的進攻。
這一階段的戰爭，又殺死了90%的幸存者。
殘存下來的太古人，只能蜷縮在一個個貌似堅固的避難所里瑟瑟發抖，看著外面“嘶嘶”作響的菌毯和妖化植物無限生長，等待著死亡的喪鐘隨時敲響。
所謂的文明，國家以及社會結構，都被徹底瓦解。
昔日燦爛輝煌的太古文明，以及高高在上的太古人，并沒有毀于靈氣枯竭和超空間的狂亂風暴。
卻是毀于自身的野心，**和愚蠢，是自己吞噬了自己。
直到此刻，幸存者們終于醒悟，卻是悔之晚矣！
三個世界最后的清醒者，終于想方設法搭上了線，下定了無論如何都要控制住戰斗納米機械的恣意屠戮，結束這場荒謬戰爭的決心。
他們用了整整一百年，才關閉或者修改了肆虐三個世界的全部納米機械的模式，從“屠殺模式”切換成了“正常模式”。
這期間，自然又發生了無數驚心動魄的冒險，涌現出無數可歌可泣的故事，太古文明的英雄們終于在窮途末路的盡頭，重新煥發出一絲人性的光輝。
但這樣的落日余暉，并不足以照亮前路。
就算他們將所有納米機械都切換回到了正常模式，卻仍舊無法阻止太古文明的崩潰和湮滅。
這場戰爭持續實在太久，造成的創傷實在太嚴重，所有幸存下來的太古人，眼里全都失去了智慧的神采，甚至比茹毛飲血的野獸更加不如——至少野獸還有生存的希望，還有野獸的驕傲。
而這些太古人已經變成了行尸走肉，背負了太多恥辱的他們，已經沒辦法再重建一個燦爛輝煌的文明，只想早日結束眼前荒謬和殘酷的一切。
更加重要的是，他們缺乏能量。
納米機械雖然能無限復制，自主思考并且重建一切，問題是，它需要輸入大量的高純度能量——也就是靈氣。
但專家學者們曾經預測無數次的靈氣枯竭，終于在短暫的停滯之后，再度啟動。
無論地球還是修仙界、幻魔界的靈氣濃度，一天比一天更低。
太古人沒有靈氣，就像魚兒離開了水，只能日漸憔悴，奄奄一息。
而納米機械缺乏了靈氣，也不得不進入休眠狀態，變成各種結晶和礦石，或者沉睡于天地萬物的細胞最深處。