但是這穿越神器還有些缺憾，玻璃中含有大量的細微氣泡，密密麻麻――雖然不影響使用，卻嚴重影響外觀。
實際上真正的徹底無色、透明的玻璃制品，在17世紀的任何時空里都是不存在的。早期玻璃制品有偏色和氣泡都是常見的現象。即使現代的玻璃制品，也并非絕對不含氣泡，只不過數量極少不易察覺而已。對于見慣了現代玻璃器晶瑩透明的穿越眾來說，眼前的的原料還是略顯粗糙了。
于是下一步的工作就轉入到脫去氣泡的工作中去了。脫去氣泡，在玻璃業中術語叫“澄清”，有人模模糊糊的記得，澄清是要加入澄清劑的。但是沒人知道具體澄清劑是什么東西。
除此之外，記得攪拌也是去除氣泡的工藝，二者或許可以結合起來使用。
人們隱約記得，砒霜似乎是一種澄清劑。這種劇毒藥品在任何時空都很難到手。好在以前郭逸按照農業部門的要求，早就把廣州城的砒霜搜購一空了――吳南海本打算是用它來浸種用。
所謂砒霜澄清，是向玻璃液中加砒霜，當砒霜進入玻璃液后，由于高溫而生成蒸汽，這些砷蒸氣在玻璃漿中是以大氣泡的方式存在的，大氣泡在攪拌玻璃漿的過程中會逐漸吸收分散在周圍的小氣泡，最終將小氣泡帶走。
這種方法的確是可行的，但是灼熱的玻璃液中加入砒霜，升華成劇毒的砷蒸氣，工藝過程中的污染實在太恐怖了。玻璃攻關小組領了幾個口罩和防毒面具，開始了第一次試驗。
玻璃液融化之后，玻璃工們的人先扔了一些研碎的硝石到坩堝里面去進行脫色。然后開始不停地對玻璃漿進行攪拌，坩鍋的是有蓋子的，攪拌的鋼釬只能通過蓋子上的洞進行，非常費力，不一會就累得人滿頭大汗。每攪拌一個小時，就放些砒霜進去，同時繼續攪拌。
最終獲得的玻璃相當的澄清，但是原料的消耗實在讓人乍舌――用掉了差不多整整一公斤砒霜。
一公斤的砒霜，全廣州城藥店里的砒霜都沒來也沒五六公斤。按這個效率生產，他們還得建立一個砒霜工業才能支持玻璃產業的大規模生產。
顯然這個辦法極不經濟。群策群力的出謀劃策之后，又有人提出了過去從小說里看來的一種澄清法：水泡木強迫沸騰法。――用鋼釬將水泡木強行插入玻璃液中，使其沸騰，帶走其中的氣泡。
這個所謂的水泡木倒是比砒霜好找。博鋪岸邊泡爛的木頭多得很，趕緊去找一些來。用鋼釬戳著狠狠的往玻璃液里按了下去。
當時的情況據在場者說就好像放了煙花一樣，紅熱的玻璃液頓時飛炸開，噴得到處都是，幸虧在場的人都穿著煉鋼工人的石棉防護服，否則就要有人進醫院了。
提出這個建議的人被大家批斗半小時，當然他是很委屈的――這個又不是他捏造出來的。不過生產工藝并非僅僅靠簡單的描述就能模仿出來，既然沒有資料詳細說明這個工藝到底是怎么操作的，只能暫時停止繼續試驗了。
如此折騰了好幾次之后，終于有人從“大圖書館”里的超星電子書中找到了一本玻璃制造手冊，查詢到了如何去除氣泡的工藝：首先是加入澄清劑――砒霜的確是可以的，其實食鹽也能用，加入之后再結合攪拌。
攪拌也不僅僅是拿著鋼釬去攪就可以了。而要在玻璃坩鍋內放入攪拌器，這是一個用耐火泥制成的中空的圓筒，用一根帶鉤子的鋼釬操作在玻璃液內移動。只要攪拌的時間足夠長，不僅絕大多數氣泡能夠消失，玻璃液中的條紋和結石也終將全部消失，玻璃液就會變得完全勻稱透明――早期的光學玻璃就是采取這個方法來制造的，用來制造商業級玻璃器當然更不在話下。
果然，按這樣的操作方法操作再次將坩鍋取出之后，玻璃液中的氣泡幾乎完全消失。整個玻璃液的黏稠度也減低了，玻璃液變得十分勻稱，流動順暢。這種玻璃甚至可以用來做要求不高的光學儀器的材料――比如眼鏡。
年前，攻關小組解決了玻璃的脫色和澄清兩大技術難關，為成功所鼓舞的小組工作人員們約定，過年不休息，連續攻關玻璃器的制造，為早日實現玻璃器生產的明代化做貢獻。