在杭州進行的兩教辯難始于崇禎八年三月，黃貞造訪寧波天童寺禪師密云圓悟，圓悟遂寫下《辨天初說》，交由禪師唯一普潤于杭州張榜公布。天主教會方面未對此舉有過回應。
已圓寂的高僧云棲（蓮池）和尚的弟子張湉（廣字輩）遂于八月持《辨天初說》至杭州觀巷天主教堂，將《初說》交予耶穌會士傅泛際。
然而根據《辨天二說》的記述，耶穌會士并未回應此次辯難。于是圓悟于九月寫下《辨天二說》，繼續在杭州張榜公布。教會方面繼續避戰，只有部分奉教儒士以云棲和尚生前所作《天說》辯難利瑪竇而失敗為理由回絕論戰。
隨后，圓悟和尚再作《辨天三說》，而張湉則根據教會發布的傳教文獻《辨學遺牘》考證出，昔日作《復蓮池大和尚<竹窗天說>四端》者并非利瑪竇。而在福建刻本《辨學遺牘》則有“彌格子”（御史楊廷筠之教名）之序言，該序言中，楊廷筠編造了云棲和尚臨終向上帝懺悔的故事。
于是，張湉作《證妄說》再次攻擊天主教會。
在這場圍攻中，天主教一直處于避戰的地位，采取了不參與辯論的龜縮政策。盡管教會中的一些奉教儒企圖進行反擊，但是教會的首腦人物始終堅持不回應不辯論的方式――這大約是吸收了南京教案中的某些教訓。做出一副“清者自清”的摸樣來。
事實證明教會的這一策略是有效的，因為很快就有非佛教徒的普通儒士站出來指責佛教徒：“云棲弘濟利生之德，昭如日麗中天，人孰得而掩之？彼誣謗者徒自誣耳，何足以損其光明哉！胡不聞古德云：‘一切是非莫辨之’說耶，子烏用是喋喋也？”
很顯然，天主教會采取的退讓政策，將自己打扮成了受害者的形象，使弱小的杭州教會免于受到進一步沖擊，最后安然度過了危機。
“現在可只有崇禎四年。”趙引弓提醒他。要等到崇禎八年，說不定形式已經發生了大變化。
“你聽我說下去。”張應宸象賣關子一樣，繼續說道，“明末的儒士大多有‘逃禪之癖’，以回避社會現實。所以禪宗勢力很大。寧波、杭州、嘉興等地區這一帶又是禪宗臨濟派的主要活動地區。我們新道教的傳播會非常的困難。要知道這些佛教徒對道教的態度也不怎么樣，我現在擠進去傳教，恐怕不會比天主教傳教容易。你們知道成熟市場里搶顧客有多難嗎？”
眾人點頭，新道教能在瓊州取得很大業績，無非就是鉆黎區沒有成熟宗教的空子。到大陸上可就沒這么容易了。
對于佛教勢力根深蒂固的兩浙地區，新道教想要一舉從虎口奪食是不可能的，但是提前挑起佛教與來華耶穌會傳教士的爭論，首先可以削弱天主教的影響力――他們雖然弱小，卻有一批熱心，愿意奉獻一切的教士教徒，發展潛力很大。其次，是利用此次教案打擊佛教的聲譽，畢竟在整個教案中，佛教徒一直表現出咄咄逼人的態勢。必然會招來一部分中間人士的反感。
“我現在想在這里分上一杯羹，只有來搞驅虎吞狼之計了來敗壞兩教的影響了。”張應宸舉起酒杯，小飲一口，“我準備提前引發這項爭論，借兩虎相爭之勢而從中漁利。”
“你搞提前引發教案，把水攪混，這個意思我很明白。”趙引弓說著提出了疑問，“但是對爭取教會的幫助有何作用？”
“老趙，你真是聰明一世糊涂一時。”張應宸含笑道，“杭州教會眼下是四平八穩，天下太平，你不過是錦上添花的那朵花。我把事情弄起來，就等于給他們狠狠的下一場大雪，你拿根炭過去人就得對你感激涕零了！”