最終，他還是決定先從基本建設開始。在西南方向修筑一個碼頭。平整駁岸，修筑了一條棧橋，一直延伸到水深超過2.5米的海域。確保海軍和大波航運公司的大中型船只能夠不駁載即可直接裝卸作業。碼頭本身有一座三層的棱堡保衛。在棱堡周圍，是一個小型的設防住宅區。鹿文淵在這里安置三十戶百姓，主要是原先島上的漁民。
這些人就是他的“海軍”，保衛碼頭，在龍口灣中巡邏，少不了還得打魚來改善下伙食。
至于鹿文淵本人的總部，設在屺姆島的山上，在山頂上，先修筑了一個瞭望塔，用于監視全島和附近海域，也作為以后指引船隊進入港口用的燈塔。
島上水源貧乏，水源地全在山地。農莊的選址就在一處水源地之上。
不僅直接控制水源地，還在周圍修筑了集水池和渠道，將山地的水源集中到集水池內儲存。多余的水通過渠道再排到山下，暫時可以用作農業用水。
農莊本身的規模并不大――屺姆島回旋面積小，水源匱乏。長遠看并非一個合適的基地，在計劃表上只是為了配合登州行動而修筑的中轉基地。但是設防農莊本身修筑的非常堅固，里面將囤積大量的救濟口糧和衣被、衛生用品。
農莊內有集水池、大型倉庫、指揮部和居民住宅區。另有可供一個連隊使用的標準營房。除了一道有女墻垛口的磚石圍墻保護之外，還有六座小型雙層凸角堡拱衛。按計劃，每座凸角堡上將安一門火炮。
山地之外的土地稍事平整，海潮線以上的用來種植蘆粟，等孔有德事發就拿來搭帳篷、席棚，一個難民營地頃刻可成。作為一種測試，也為了解決修建基地的勞工們的住所問題，他先搭建了十棟簡陋的木結構框架，蘆席頂棚和墻壁的“長屋”。每個屋子可以容納100人。
另外還有若干廚房、廁所之類的配套建筑，運行下來，認為基本可以滿足需求。
不過，這種席棚的保溫性能很差，也不堅固。夏季勉強還行，到了冬季，不給難民足夠的冬衣和御寒設備的話，恐怕就完全是象征性的了。
但是要更多更好的設施，就又牽扯到從香港調運物資的問題。鹿文淵知道現在大部分的運力都在向新開不久的臺灣基地運輸物資，要給屺姆島這個小小的前進基地專程來運送物資恐怕是不可能的。
修筑屺姆島基地的建材幾乎全部是從本地解決的，工匠也是從當地雇傭的。多虧通過耶穌會的關系搭上了山東的天主教會，有孫元化等各級教友的照拂，鹿文淵在當地辦事總算不是兩眼一抹黑。他在幾乎完全沒有使用歸化民人員的狀況下建設屺姆島基地的第一期。
東三府之窮，物價之便宜，都給鹿文淵留下了深刻的印象。這里遠遠不能和江南和廣東相比，到處有開墾的土地，但是大多數土地的莊稼長勢很差。屺姆島附近的村莊無一例外都非常貧困。鹿文淵在當地雇傭工人干活，甚至低到力工不要錢，只求給三餐飽飯的待遇。
由于勞動力異常的廉價，鹿文淵大量的招募勞工：不論男女老幼，什么人都要。有力氣的干重活，沒力氣的干輕活。利用大量的廉價勞動力，屺姆島基地的第一期工程進展很快，到八月初的時候，工程已經完成了六成。