這封奏折如何寫卻讓他很花了一番功夫。
孔有德之叛，他是絕對第一責任人，在失去登州之后這是沒法洗刷的，所以奏折勢必要涉及到請罪的內容。
天主保佑！他被教友澳洲人救了出來，抹去了最危險的“陷敵”、“附敵”的罪名，那么余下的左不過是“用人不明”、“失察”、“縱容”之類的問題。不管這么說都不算非常嚴重的罪名――不是原則性的。
不過，事情遠沒有這么簡單。自己失陷登州這一軍事重鎮，這一罪名也是相當嚴厲的。喪師失地被朝廷追究最終乃至掉了腦袋的文武官員也是有得。自己要如何才能避免落到這個下場，是需要好好考慮一番的。
幸好，孔有德嘩變不是在他的防區，甚至連山東都不是――他們已經進了直隸的地盤，其次，孔有德兵變的時已經被調撥薊遼，不屬于他的節制。
雖然這多少有強辯的嫌疑，但是起碼有了開脫的余地。這方面可以做做文章。
還有一件事他必須盡快和人溝通立場，那就是王家。
在屺母島上，呂洋和鹿文淵已經將孔有德兵變的全過程一一向他說明，這使孫元化第一次對整個事件的過程有了全面可靠的了解――原本他只有一些零散又互相矛盾的消息。有了可靠的情報也就有了斟酌朝中關系采取不同態度的可能性。
孫元化心想，事情的導火索，雖說是偷雞，但是說到底，和吳橋縣“閉門罷市”有直接的關系。
而閉門罷市的原因他十分清楚：除了士兵紀律太差，屢次騷擾地方之外，吳橋縣令畢自寅的主導肯定是主要原因。這位畢縣令和自己“素不快”――原因和遼事有關。
畢自寅對遼人有很深的仇恨，其兄畢自肅在擔任遼東巡撫的時候，在崇禎元年的寧遠兵變中曾經被索餉的遼兵捆綁拷打，以至于事后畢自肅引咎自殺。
他在登萊重用遼人，多次為遼人說話，儼然是遼人利益的代言人，畢家兄弟對自己不滿已經是很長時間的事情了。
眼下出了這樣的大事，要認真追究起來畢自寅“激亂”、“啟釁”的罪名是跑不掉的。
同樣的，還有新城王家。孫元化當然知道為什么孔有德要對偷了一只雞的士兵處以極刑：首先王家科舉極盛，在當時是出了名的。
王家在光、之、象連續三輩子弟中，共出進士十四名。其中象字輩就有十個。王象春官至南京吏部考功郎中，從兄象乾曾兩任兵部尚書，崇禎元年以少師兼太子太師兵部尚書兼右都御史的身份督師宣大。崇禎二年才告老回籍。象春同父的兄弟當中，亦有多人出任文武官員。
其次，也是最要緊的是，孫元化在萬歷四十年鄉試中舉的時候，座師正是王象春。徐光啟與王象晉是同年，同教前輩楊廷筠與王象節同年。