最后總參制定的作戰方案是，在9.20發動陸海軍聯合登陸作戰。海軍第一艦隊主力突入圍頭灣，一舉摧毀停泊在海灣內的全部船只，同時海兵隊和陸軍對安平、廈門島、鼓浪嶼和大小金門島進行登陸占領。
占領這些區域之后，將對各島嶼的堡寨、城池進行全面的掃蕩，逐一摧毀。人口、糧食和財物全部掠走，城池燒毀。使得圍頭灣“焦土化”，失去對外貿易能力。大圖書館和情報局都認為通過一次戰役徹底消滅鄭家是有困難的，必須最大程度的摧毀其經濟和物質基礎，再配合下一步的貿易封鎖和軍事打擊，才能最終將鄭家消滅。
這一計劃中陸海軍對安平、廈門島、鼓浪嶼和大小金門島地區只進行摧毀作戰，不占領。總參考慮一旦直接占領這些區域，勢必造成大規模的分兵守備。而且對于福建官場來說，廈門、金門被占領，等于是漳、泉地區遭到了直接威脅，勢必造成較大的反彈。福建官場會拼了命的支持鄭芝龍反撲。
反之，他們只是狠狠的打擊了鄭家，福建官場原本對鄭芝龍家族看著不順眼的官僚縉紳們反而會群起而攻之。
對貿易來說來說，福建沿海也不是必不可少的地方：殖民和貿易部的船只可以從上海、廣州或者高雄出發航向任何貿易地點，從收購大明的貿易商品的角度來說，福建的商品也不具備不可替代性。
這一計劃被東門吹雨惡趣味的命名為“霸王”――一旦戰役達成，元老院就真正成為整個東亞海域的霸王。
預計使用的兵力為海軍第一艦隊全部、幾個中隊從臨高調來的海岸警備隊巡邏艇、幾個海軍火力支援中隊，陸戰部隊海兵隊第一遠征隊和陸軍的步兵第1營全部，二個炮兵連和一個重炮兵連。另有二個特偵分隊。
在左營基地的指揮室里，東門吹雨正在沙盤前用指揮棒指點沙盤，闡述行動方案。
“本次行動的進攻的第一目標是金門島。”東門吹雨指點著沙盤，“金門島是廈門咽喉，正處于廈門灣和圍頭灣的結合處，不但是廈門的鑰匙，更是九龍江入海口的屏障，對漳州的海上安全有著至關重要的作用――單單對鄭芝龍來說，金門島也是安平的重要海上屏障。對鄭芝龍來說，金門一旦失守，安平就難以保全。所以這是他必守的重鎮。”
金門土地貧瘠，又無地表徑流，屬于缺水地區，自然環境十分惡劣。養活不了太多的人口，但是整個金門諸島多港灣口岸，可停泊艦船的碼頭有30余座，其中大金門17座、小金門6座。是個停泊船只的好地方，所以金門島一直是鄭家艦隊的主要停泊場之一。鄭成功進攻臺灣也是從這里出發的。
其二的目標則是廈門島。廈門島距離金門島18海里，與安平正好在金門島的一東一西。如果說安平是鄭家的老巢的話，那么廈門島就是鄭家經營商業活動的大商站。無數的商品和財富都囤積在此地周轉。后來鄭家兄弟們紛紛在島上修葺起豪華的宅邸，移居此地。清將馬得功偷襲廈門得手，據說從廈門一次掠去白銀九十萬兩，糧食十萬石。考慮到馬得功在廈門立足未穩就逃走，并未進行徹底的搜刮，加上他勢必還還自己吞沒了一部分，鄭家在廈門島的積存到底有多少，恐怕鄭芝龍自己都未必清楚。