金門雖然地處安平和廈門之間，但是距離安平也有12海里，使用帆船機動的話，海上航渡時間過長，還要受港灣內水文條件的影響。難以達到突然襲擊的效果。平均航速8節的機動運輸艇在這方面顯然有很大優勢。
“航渡時間實在太長了，敵人如果反應及時，完全可以從陸地上進行救援。”明秋在研究作戰計劃的時候很明確的表示擔憂，他雖然沒有執行過兩棲作戰的經驗，但是知道此類戰斗一般都是速戰速決。但是帆船為主的艦隊顯然做不到這點。加上金門和廈門都是很大的島嶼，在島上展開部隊進攻和搜索都要相當的時間，按照作戰計劃還要有系統的對當地進行破壞和虜走人口，前后可能需要三四天時間才能完成戰役決心。
如果鄭家的中樞沒有在第一時間被打垮失去反應，那么鄭芝龍完全可能在第二天就從晉江等地調來增援部隊。鄭芝龍的軍隊是私軍，不像官兵那么疲敝，一天只走十幾里路，很可能半天左右就能抵達安平反撲。
情報局和大圖書館根據歷史資料上鄭芝龍曾經多次在陸地用兵的記錄，認為這一時期他的陸軍機動部隊在二千人左右。加上能夠動員起來的留守人馬，做多能向安平派出三千人。
“我們沒必要為鄭芝龍的反應速度擔心。”東門吹雨信心滿滿，“鄭家的陸軍，不管是鄭芝龍時代還是國姓爺時代，面對稍有戰斗力的對手表現都堪稱稀爛，不管作戰能力還是戰斗意志都成問題。根據兵棋演習，派出一個配備機槍和輕型火炮的步兵連即可將援軍擊潰。”他舉了一個例子，清軍馬得功部偷襲廈門，幾十騎清軍斥候登陸就造成廈門全島防御崩潰。馬得功在即少海軍支持，總兵力也不占優的情況下輕松的奪取了廈門這一鄭家的核心基地。
“這么說來鄭芝龍部下的戰斗力竟然這么不堪？”
“情報局的看法是，即使按照17世紀的標準，鄭芝龍的軍隊――不管是海軍還是陸軍――都不是強旅。”東門吹雨很有把握的說道，“以我們調動的部隊規模，足以完成所有的戰役任務。”
從此時開始，左營的基地提升到最高警戒水平，取消所有休假和外出。
9月27日凌晨五點，明秋接到了從臨高海軍部發來的電報：“開始行動。”明秋在基地召見第一艦隊所有艦長，下令：“元老院已經決定向鄭芝龍開戰，本艦隊將馬上前往金門打擊鄭芝龍的艦隊，并掩護陸軍部隊在金廈地區登陸。”說完之后，他向各中隊指揮官和艦長下達了命令任務書。
第一艦隊的主力是1艘立春號巡洋艦和4艘混合動力一等炮艦，另有五個中隊的風帆特務艇。戰艦總噸位超過8000噸，載有各種口徑火炮200門。混合動力戰艦上全部裝備了線膛炮。盡管比例不高，但是射程和威力都是特務艇上的滑膛炮所難以企及的。
由于此次作戰距離有限，因而隨行船只不帶運煤船。陸軍、海兵隊、后勤分隊和補給物資由第二輸運船團的35艘大型雜式運輸船承擔運輸――H800由于吃水比較大，不適合在未經過港口建設的港口內使用。
另有四個中隊的巡邏艇配合行動，擔任雜役性工作。