寧志遠還對各級部隊做出了一定的調整，除三旅六團外，各師還直屬炮兵團、輜重營、裝甲騎兵偵察營、警衛營、防空營、裝甲營、通信營、工兵營、醫療營、憲兵連，第五騎兵師所屬炮團為裝甲炮兵團、偵察營為裝甲偵察兵營，且不轄裝甲營，步兵師滿編后每師約25800人至26500人，騎兵第五師滿編后約23400人！
師屬炮兵團轄三個12門的九四式75MM山炮的山炮營、一個12門105MM榴彈炮的榴彈炮營；裝甲騎兵偵察營轄兩個騎兵偵察連（每連120名騎兵）、兩個裝甲偵察兵連（每連裝備八輛通用裝甲車、四輛多功能步兵戰車、兩輛LT-38坦克、十二輛挎斗摩托）、一個支援連（裝備六輛自行火炮，暫時沒有自行火炮，以三級自行防空炮代替）；防空營裝備6門105MM防空炮、6門40MM雙聯裝防空炮、六門20MM雙聯裝防空炮）；裝甲營轄四個17輛LT-38坦克的坦克連、一個維修連、一個支援連（擬裝備六門自行火炮，暫以三級自行防空炮代替）。
旅轄炮兵營、偵察連、警衛連、反坦克連、防空連，每旅約6200至6500人，炮兵營裝備12門九四式75MM山炮；反坦克連裝備12門KwK38型37MM反坦克炮炮；防空連裝備六門40MM雙聯裝防空炮。
步兵團轄三步兵營、團部連、反坦克連、勤務連，每團約兩千四百至兩千五百人，團部連裝備六門九七式90MM迫擊炮或六門九四式75MM山炮（以后視部隊作戰性質，增加六門105MM榴榴炮、120MM迫擊炮、76.2MM加農炮，也就是說團一級的炮火竟然達到了五種之多）、四門雙聯裝20MM防空炮；反坦克連裝備12門KwK38型37MM反坦克炮、四挺捷克ZB-26輕機槍（后換裝MG-34、MG-42）。
步兵營轄三步兵連、火器連、營部連，每營約650至700人，火器連裝備六門米國M-1式81MM迫擊炮（原來部隊普遍反應原本營一級裝備的重達一百七十多公斤的九七式90MM質量過重，不利于步兵營快速機動，朱正剛等人建議換裝一款80MM口徑的迫擊炮，寧志遠遂解鎖了米國M1型81MM迫擊炮，這款只有六十一公斤的迫擊炮拆開后三個后可以拿著滿山炮，很適合步兵營）、九挺馬克沁重機槍（后易M2HB型12.7MM高平兩用重機槍）；營部連裝備3門KwK38型37MM反坦克炮、四挺捷克ZB-26輕機槍（后易MG-34、MG-42）。
步兵連轄三步兵排、機炮排、連部，每連約150人，機炮排排取消擲彈筒編制，裝備三門M2型60MM迫擊炮，三挺捷克式輕機槍（后易MG-34、MG-42）。
步兵排三十八人，轄三班，每班十二人，包括一個二人機槍組，一個狙擊手，一名班長，一名副班長，七名步兵。二人機槍組裝備一挺捷克ZB-26輕機槍（后易MG-34、MG-42），副射手使用M1931沖鋒槍，狙擊手使用毛瑟98K狙擊步槍，正副班長使用M1931沖鋒槍，步槍手使用M1加蘭德步槍，機槍主射手、狙擊手、正副班長每人一支M1911手槍。
這只是上報軍事委員會的編制，除此之外，新二軍還將統轄兩個補充旅、一個教導旅、一個重炮旅、一個輜重旅、一個獨立騎兵旅，裝甲團、警衛團、裝甲偵察團、工兵團、憲兵團、防空團、通信營、軍屬野院各一個，四個基地守備營以及四個要地防空營。
按照此時國民政府保安團的普遍編制，一個團只有區區數百人，但是這顯然滿足不了寧志遠，在他眼中，保安團可不只是保障地方治安的民團性質部隊，而是正兒八經的作戰部隊，主力遠征后需要負責西北的安全，如果需要，甚至要隨時整編為正規軍，走上不久后的抗日戰場，所以委員長給的二十個保安團，寧志遠打算全部按照正規軍編制來組建，只是在炮兵數量上略少，每個團的人數在兩千人左右。
除上述各部外，另組建有一個未公開的軍事情報處，軍事情報處有生化特工三百余人，普通人約一千余人，目前主要活動在西北、華北，慢慢會延伸到華中、華南，乃至整個種花家、全球。
照這個編制的話，新二軍及保安司令部總兵力將達到二十萬人，而寧志遠目前只有生化士兵三萬余人，完成整編俘虜、起義部隊一萬五千余人，未完成整編俘虜及起義人員約兩萬，招收新兵一萬一千人，即使這些人俘虜、起義人員和新兵全部編入部隊，亦僅有七點六萬人，還有十二萬人的巨大缺口，即使寧志遠有生化軍營存在，也需要兩年多的時間才能補滿這個缺口！
寧志遠只能寄希望于在西北征召普通人從軍，此外，等到委員長遣送的災民到達西北后，應該也可以從那里面召到許多新兵，畢竟對那些活不下去的災民而言，從軍不失為一條活路，再配合生化兵營的生產，應該可以在最短的時間內完成滿編，在此之前，寧志遠只得暫時停止組建保安團，每個旅也暫時編成一個團，軍直屬部隊先編組警衛團、裝甲偵察團、工兵團、憲兵團、、通信營、軍屬醫院、四個基地守備營、四個要地防空營，至于其余部隊，只能暫時先搭一個架子在那兒！
對于各部的駐地，寧志遠也做出了安排，按照他的計劃，未來獨立師將駐寧廈、慶陽、平涼，三十五師駐菁海，一百師駐甘粛西北等地，騎兵第五師駐阿拉善。
軍隊的事情安排了，寧志遠又對行政長官作了安排，寧廈省政府主.席由他本人兼任，菁海省主.席由朱正剛代理，隴北行政公署主任顏清，各級政府機構中，亦以大量中級、普通間諜為主，整個西北實際上幾乎是實行的軍管，這雖然會一定可能的影響當地百姓的生活，但這也是寧志遠的無奈之舉，誰叫他沒有辦法找到合格的行政管理人才？當然了，軍管實際上也有好處，比如實行了軍管，寧志遠就可以調動整個西北的力量，往同一個方向努力，能夠按照他的意愿在最短的時間內組建起一支強大的軍事力量，能夠集中西北所有人的力量去改善百姓的生活狀況、改善教育、醫療、就業、道路狀況等等！注：隴北行政公署實際上就是寧志遠依靠委員長給他的西北軍政公署而成立的統治甘粛西北部及慶陽、平涼等地的機構，名義上聽從甘粛省政府領導，但實際上處于寧志遠的控制之中。
各地警察局也和政府部門一樣，一律去蕪存菁，又加入一批生化士兵，既增加了警察部隊的戰斗力，還使警察從個別權貴的謀取私利的工具向真正保衛百姓生命、財產安全，維護地方治安的治安部隊轉變。
九月四日，第三座發電廠在玉門建設成功，機動基地車立即重置，變為車輛行態，在剛剛抵達玉門的第四基地守備營的保護下駛向西寧（第三基地守備營留玉門保護自動鉆油井、自動煉油廠、火力發電廠等設施），幸虧鉆油井和煉油廠耗電量很低，依靠發電廠內部配給的燃料也能夠堅持很久一段時間了，不過燃料的問題依然存在！好在發電廠還可以直接以原油來作為燃料，寧志遠對比了一下，發現用原油發電竟然比煤炭還便宜，如果加上從銀川將煤炭運往玉門的費用，使用原油將更加的劃算，當然了，種花家嚴重缺乏原油，而煤炭資源則很豐富，所以如果可能，他還是更愿意以煤炭為發電廠的燃料，就如同盡管他知道原油的回收價格幾乎是普通煤炭的四倍，他還是情愿回收煤炭以換取資金一樣，不過眼下嘛，一旦發電廠內燃料耗盡，他也只能暫時以石油作為玉門發電廠的燃料了，等到他的運輸能力上來，再由銀川等地運送煤炭前往玉門，替代寶貴的原油。
同日，四百八十七名被處槍決的原馬家軍官后和獨立師獲罪官兵被押上了銀川、西寧、固原、武威等地的刑場，提前一天得到消息的西北百姓紛紛涌向了最近的刑場，他們要親眼看到那些惡貫滿盈的人被槍斃，以告慰他們死難的親人和受到迫害的親人！
西寧南山腳下，安立綏、馬思融、馬瑜等四十五名穿著囚衣的官兵被憲兵押了上去，數以萬計的百姓看到這些昔日高高在上的人一臉死灰，如死狗一般從他們身邊拖過，不由得激動的大喊大叫起來，“殺了他們”的呼喊聲不絕于耳，如果不是憲兵把他們和罪犯隔開，恐怕他們早就沖上去，用牙齒將他們嘶咬成了碎片，然后和血吞下。
昔日威風無比的安立綏聽人聽到周圍那陣陣喊殺聲，一股溫熱、臊臭的液體浸濕了褲襠，雙腳仿佛失去了骨頭一般，不要說走路了，站都站不穩，只能由憲兵架起來拖到行刑之處，四十五名即將被執行槍決的罪犯全都被反綁著雙手跪在百姓面前。
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